教育經歷
1985年9月～1989年7月江西中醫藥學院攻讀學士學位。
1989年9月～1992年7月 中國中醫科學院中藥研究所攻讀碩士學位。
1992年7月～1995年7月 北京大學醫學部（原北京醫科大學）攻讀博士學位。
工作經歷
1992年7月～1995年7月中國中醫科學院中藥研究所助理研究員。
1995年7月～1997年11月 中國中醫科學院中藥研究所生藥室副主任。
1997年11月～2000年7月 中國中醫科學院中藥研究所副所長。
2000年7月～2002年11月 中國中醫科學院中藥研究所代所長。
2002年11月～2012年10月 中國中醫科學院中藥研究所所長。
2012年12月至今中國中醫科學院中藥資源中心主任。
2008年10月至2015年8月 中國中醫科學院副院長。
2015年8月至2018年12月 中國中醫科學院常務副院長。
2018年12月—中國中醫科學院院長、中國中醫科學院研究生院院長。
北京市第十五屆人民代表大會代表， 第十三屆全國政協常務委員。
研究方向
分子生藥學、中藥資源學。
學術兼職
中華中醫藥學會中藥鑑定分會主任委員，中國藥學會第23屆理事會副理事長，中國植物學會藥用植物及植物藥專業委員會主任，國務院學位委員會中醫學、中藥學學科評議組召集人，國家藥典委員會委員，國家生物物種資源保護專家委員會委員。
科研成果
作為全國中藥資源普查試點工作專家指導組組長，牽頭編制了《全國中藥資源普查技術規範》，指導31個省976個縣的中藥資源普查工作，主持建設28個省級技術服務中心、65個監測站組成的中藥資源動態監測信息和技術服務體系。實現了稀有野生中藥資源的遙感動態監測，形成了五種資源保護模式。
建立了中藥材鑑別新方法。“高特異性聚合酶鏈式反應技術鑑別中藥材烏梢蛇真偽的方法”榮獲中國專利優秀獎，取得了顯著的社會及經濟效益，被2010年版《中國藥典》收載，這是分子鑑別方法首次收載於國家藥典。
提出了道地藥材形成的三個模式理論。發現了丹參酮合成的關鍵酶基因及一條二萜生物合成新途徑。
提出了“分子生藥學”，出版的專著及教材發行海內外，全國己有30餘所高校開設該課程。
先後負責國家級和部局級課題幾十項，以第一作者或通訊作者發表論文400餘篇，包括PNAS，JACS等SCI文章130餘篇，獲國家發明專利24項。1999年起擔任博士生導師，培養博士和碩士研究生總計89名，畢業博士研究生31人，其中獲全國優秀博士論文獎1人、提名獎1人，1人獲中國青年科技獎，1人獲國家自然科學基金優秀青年基金資助。憑藉在中藥資源保護與研究這一領域中取得的突出成績,他所帶領的團隊入選科技部2013年重點領域科技創新團隊。
獲獎情況
獲國家科學技術進步二等獎4項（第一完成人3項，第二完成人1項）、省部級一等獎3項、二等獎7項（第一完成人）。先後獲“全國優秀科技工作者”、“中國藥學發展獎”、“中國青年五四獎章”、“中國青年科技獎”、“新世紀百千萬人才工程國家級人選”、“中國中醫藥十大傑出青年”、“衛生部有突出貢獻中青年專家”、“中央國家機關十大傑出青年”、“中國標準創新貢獻獎（突出貢獻獎）”、“北京十大傑出青年”等榮譽稱號，2015年入選中國工程院院士。
2014年 中藥材生產立地條件與土壤微生態環境修復技術的研究與套用 國家科技進步獎二等獎。
2011年 道地藥材形成機理研究及套用 國家科技進步獎二等獎。
2008年 珍稀瀕危常用中藥資源五種保護模式的研究 國家科技進步獎二等獎。
2003年 栝樓屬植物的系統演化及其藥材的分子鑑定研究 國家科技進步獎二等獎。
2015年 丹參酮生物合成途徑解析及其合成生物學研究 中國藥學會科學技術獎一等獎。
2010年 道地藥材研究模式及模型構建 中國中西醫結合學會科學技術一等獎。
2009年 藥用植物種質資源標準化整理、整合及共享試點 中華中醫藥學會科學技術獎一等獎。
主要論文
1.黃璐琦,等. 中藥分子鑑定發展中的若干問題探討[J].中國中藥雜誌,2014(19).
2.黃璐琦,等. 雙分子標記法的構建及在中藥研究中的套用[J].中國中藥雜誌,2015(02).
3.黃璐琦,等. 合成生物學在中藥資源可持續利用研究中的套用[J].藥學學報,2014(01).
4.黃璐琦. 中藥怪象:“洋中藥”橫行[J].中國戰略新興產業,2014(09).
5.黃璐琦,等. 第四次全國中藥資源普查試點外業調查情況簡報[J].中國現代中藥,2013(07).
6.黃璐琦,等. 中藥資源發展的趨勢探討[J].中國中藥雜誌,2011(01).
7.黃璐琦,等. 動物藥材分子鑑定研究策略[J].中國中藥雜誌,2011(03).
8.黃璐琦. 論中藥藥性理論的研究方向[J].中藥與臨床,2011(02).
9.黃璐琦,等. 系統生物學方法在藥用植物次生代謝產物研究中的套用[J].中國中藥雜誌,2010(01).
10.黃璐琦,等 論中藥用量的特點及研究的關鍵點[J].中醫雜誌,2009(03).
11.黃璐琦,等. 探討道地藥材研究的模式生物及模型[J].中國中藥雜誌,2009(09).
12.黃璐琦,等. 我國野生藥材資源管理制度的分析及建議[J].中國中藥雜誌,2009(15).
13.黃璐琦,等. 道地藥材形成的分子機制及其遺傳基礎[J].中國中藥雜誌,2008(20).
14.黃璐琦,郭蘭萍. 環境脅迫下次生代謝產物的積累及道地藥材的形成[J].中國中藥雜誌,2007(04).
15.黃璐琦,等. 藥用植物受威脅及優先保護的綜合評價方法[J].中國中藥雜誌,2006(23).
16.黃璐琦,等. 印度尼西亞傳統醫藥概況[J].中國中醫藥信息雜誌,2005(04).
17.黃璐琦,等. 中藥材道地性研究的現代生物學基礎及模式假說[J].中國中藥雜誌,2004(06).
18.黃璐琦,中藥白芷種質資源的系統研究[J].江西中醫學院學報,2004(06).
19.黃璐琦,等. 中藥材GAP實施的複雜系統論——生產基地的選建:生態、文化和經濟[J].現代中藥研究與實踐,2003(06).
20.黃璐琦,等. 中藥材GAP實施的複雜系統論——中藥材種質資源的現狀、問題及方向[J].中國中藥雜誌,2002(07).
出版著作
著作12部，代表作有《分子生藥學》、《分子生藥學》（第二版）《分子生藥學》（第三版）。
