民國22年期間，溧陽路1359號的房東姓阪本，是內山完造的朋友，其他住戶也都是日本僑民。淞滬戰爭期間魯迅因日軍曾藉故搜查寓所，在決定遷居大陸新村9號時，將寓所與大量藏書分開，通過內山完造以內山書店職員鐮田誠一的名義租了這間存書室。存書室有兩扇門，朝北的門通向樓梯間，平時由此門進出，另一扇門通向二樓中間陽台，此門常年關著。存書室東、南兩面有窗，窗下有書桌和椅子，中間一張方桌，靠牆是用本色無漆的木板製成的書箱疊成書架，由上而下幾乎到頂，存放著魯迅從寓所移來的馬克思、恩格斯、列寧、史達林著作及其他社會科學、文學、美術等方面的書籍約6000冊，並珍藏著瞿秋白、柔石等人的手稿和紀念物。存書室平時門窗緊閉，並得到內山完造和同宅日本友人掩護，在魯迅存書期間未受租界當局和國民黨特務的干擾。
抗日戰爭勝利後，日僑回國，溧陽路1359號由中國居民遷入。
因魯迅在上海的藏書絕大部分於1950年由許廣平送交北京魯迅故居保存，魯迅存書室未按原狀恢復，房屋基本上保持了歷史原貌。
1977年公布為上海市文物保護單位。
