組織介紹
不問國籍、流派，由學習魔術的人們結成的自衛團體（當然，是名義上）。 管理、隱匿魔術，並將其發展作為使命。 為了從威脅自身之物（教會，對自己以外的魔術團體，觸犯禁忌的人進行處罰的怪異存在）手中保護自身而持有武力， 為了魔術的進一步發展（也有說衰退的），持有研究機構 ，為抑制魔術犯罪頒布了法律。
組織構成
三大組織
魔術協會魔術協會，能夠粗略地分為3個部門：
•時鐘塔
被當成是現在的協會本部的部門，存在於英國的倫敦，大英博物館內部。時鐘塔這個名字，與那座大本鐘有關。比其他部門新，其歷史大概是2000年。創立於西曆元年（《2015年的時鐘塔》中說是公元2世紀），作為最新的研究機關得到成長與發展。
西歐圈為時鐘塔的勢力範圍，九成的西歐魔術師會選擇時鐘塔。相較於落伍的彷徨海，這裡充滿著嶄新的學說。
•阿特拉斯院
存在於埃及的阿特拉斯山脈的部門，別名稱為“巨人之地窖”。也是鍊金術師聚集的研究組織，同其他部門相比，也是貫徹著算是很徹底的秘密主義，因此詳細不明。根本和外界毫無交流，據說連光線也溜不出去的“活地獄”。
阿特拉斯院專心鍊金術，著重於事象的變換，同時鐘塔的現代鍊金術研究的物質變換不同。
•彷徨海Baldanders
是彷徨於北大西洋的巨大山脈其本身，也被稱為“移動石柩”。組織內部沒有一般的上下關係，被認為不像時鐘塔般期望著“魔術更進一步的發展”，但其真相不明。
彷徨海被視為魔術協會的原型，專心於人體改造和神代魔術的研究。認為神代的魔術至高無上，西曆紀元後的魔術等同兒於戲。同時鐘塔處於冷戰狀態。
三大部門整體規模相當。
以上的三部門同心合力，運營著魔術協會……這是場面話。這三部門老早就不太進行交涉。雖然不是敵對關係，不過三者的想法都不相同，考慮成它們有著相當大的隔閡也沒關係吧。
掌握有聖杯戰爭相關大部分的權利，和教會協調派遣「監督者」監督聖杯戰爭。因為對於聖杯「到達根源」機能的興趣，也會派遣魔術師參加聖杯戰爭。但是不允許失敗，而勝利了也沒有任何榮譽。因為參加名額只有一個，傾向於派遣武鬥派的魔術師參加。
還有，除了魔術協會以外，日本、中國和中東等各地域也存在管理神秘的組織，但因為思想的不同而沒有公開的交流。
魔術師們
除掉像衛宮士郎那樣的例外，魔術師通常都所屬於魔術協會。名門出身的遠坂凜不說也罷，本來屬於聖堂教會的言峰綺禮，也以派遣的形式在魔術協會設有戶籍。話雖如此，協會的魔術師並非一條心，這看『Fate/stay night』也一目了然了吧。
魔術師全都抱著“到達根源”這個共同目標。不過那是指，自己一個人能夠到達就可以。因此，協會內部化成了成員們間對立與策謀、疑惑與敵意的漩渦。
時鐘塔
組織簡介
時鐘塔現代魔術協會的中樞， 現在說到“魔術協會”的話多是指時鐘塔本身。西歐圈九成的魔術師都會選擇時鐘塔。 全世界的魔術師聚集，並於此日夜刻苦鑽研魔術，同時也為了拉下其他派系以及競爭權力、獲得預算等而鼓足幹勁。組織的構造複雜奇怪，決不能稱作為一條心，但他們的魔術研究確實是世界最尖端。
經營有關魔術的專利權的也是時鐘塔，遠坂家現在的財政，是用至今所存入的專利費來維持。
魔術世界的最高學府。這裡雖然有校規，但沒有人類社會的法律。 入學需通過考試。不過受協會邀請入學者可免試，且擁有帶一名關係者的優待。非協會的人員如有推薦也可入學。 時鐘塔的授課是以只要能跟得上就儘管來這樣一種形式進行的。所謂魔術幾乎可是說是由家系和才能來決定一切。因此也沒有必要認真進行授課。適當得散布一些可以成為誘餌的情報，然後挑選出一些有前途的傢伙，將其收為自己的助手，這是時鐘塔講師的常見做法。
“汝當隱匿”是協會的三大原則之一。由此形成了魔術師（無論是否隸屬協會）把秘密泄露給一般人的話就會受到來自協會的懲罰這么一種規定。
| 歷史： |
| 成立於公元二世紀 。據說創設者中存在過很多被彷徨海或阿特拉斯院趕走、失去投奔處的異端魔術師。 以倫敦總部為發祥地，經數百年發展擴張，在公元十二世紀建成以倫敦為中心的各所學術都市。最近數個世紀裡因為君主們的理念分歧而分為兩個勢力，據說相距於內訌僅一步之遙。 二十世紀初因現代魔術科成立，“時鐘塔的大門僅為積累了五個世代的家系打開”這條潛規則被瓦解，許多新人加入，取回了全盛時期的繁華。 |
| 名稱： |
| 來源與大本鐘有關。 時鐘塔這個名字有兩個意思。一個自然就是指作為魔術世界大本營的一大組織。而另一個指的是擁有存在於倫敦內側的第一科——全體基礎（密斯提爾）及五大教室和七十多小教室的，最高學府的校舍。 |
| 地理： |
| 總部在倫敦大英博物館內部 。倫敦內側的主校舍“時鐘塔”，再加上以獨立的學園都市形式點綴在倫敦近郊的其他十一科，這基本上可以說是魔術協會在地緣政治學上的全貌。 本部地下是以工房和書庫為首的魔術師們的研究區域。理所當然，對一般人來說只是“來歷正當的博物館”，但其最深部有著被稱為“橋底”的特別區域（牢獄?），幽禁著很多被協會判斷為“才能太過突出所以危險”而被“封印指定”的魔術師。還有，倫敦塔的地下，似乎幽禁著被當作是魔術協會第一災難話題的“惡靈“加沙米（ガザミィ）。 據說地下深處是巨大龍種的遺骸形成的迷宮（人外魔境），名曰【靈墓阿爾比昂】。為了尋求神秘的殘骸和幻想種的屍骸，現在還在向下進行挖掘。哪怕是高位的魔術師如果輕易踏入也不一定能平安歸來。 |
權力結構
院長
身為時鐘塔最高負責人的“院長”，自創立以來經過2000年都是同一個人一直在任，因此被認為是脫離人類的存在。 窩在時鐘塔中心部分已有多年，很少拋頭露面。
十二君主（Lord）家系
十二君主被時鐘塔授予君主（Lord）階級的十二名門。掌控了時鐘塔近千年。 從前為建造時鐘塔提供土地和資金，如今仍然提供著營運費用。他們分別管理著時鐘塔的十二個學部。
已知家系：特蘭貝里奧、索羅尼亞、尤利菲斯、埃爾梅羅、蓋烏斯令、布里西桑、阿切洛特、阿尼姆斯菲亞、巴魯葉雷塔、吉古馬列、梅亞斯提亞、巴瑟梅羅。
時鐘塔將十二君主（Lord）中的巴瑟梅羅、特蘭貝里奧、巴魯葉雷塔並稱為【三大貴族】。其中巴瑟梅羅被認為是分量最重的。
三大貴族的親屬大約存在二十家，都是在表社會裡也很著名的名門。 雖然不太正規，但在時鐘塔，“Lord”這一稱呼有大小兩種含義。大的含義所指的十二君主（Lord）已無需說明。與之相對，在使用小的含義——貴族（lord）這一含義時，多數是用來稱呼三大貴族的親屬，足見這三家有多特別。當然這並不正式。只是君主制度成形以前的慣例而已。
| 巴瑟梅羅 學部：法政科 魔術協會的名門貴族。現當主巴瑟梅羅·羅蕾萊擔任著時鐘塔的院長輔佐。列席於家系的人其精英意識極為強烈，是藐視著自己家系以外幾乎所有人的程度。另外，現當主被看做是“現代最高峰的魔術師”。 除卻幾乎不會現身的院長，在事實上立於時鐘塔的頂端的家系。 |
| 巴魯葉雷塔 學部：創造科（巴魯葉） 現任君主（Lord）是伊諾萊·巴魯葉雷塔·阿托洛霍姆。一位年過七旬的老婦，時鐘塔有名的女傑。蒼崎橙子的老師。 巴魯葉雷塔一門以追求“究極之美”來到達根源。 |
| 尤利菲斯 學部：降靈科（尤利菲斯） 尤利菲斯的君主（Lord）代代都是從分家選出來的，正式上位就收為本家養子改姓尤利菲斯。 現任君主（Lord）是路菲勒烏斯·娜澤萊·尤利菲斯。下任繼承人是他的兒子布拉姆·娜澤萊·索非亞莉 ，也就是肯尼斯的未婚妻索拉·娜澤萊·索非亞莉的兄長。 |
| 埃爾梅羅 學部：礦石科（基修亞）→現代魔術科（諾利吉） 屬於名門阿奇博爾德家的學派。第四次聖杯戰爭中，身為貴族的肯尼斯·埃爾梅羅·阿奇博爾德以一名Master的身份參戰。不過由於肯尼斯突然的戰死，阿奇博爾德家、埃爾梅羅學派一起遇上將要沒落的苦頭。其後，基於曾是肯尼斯弟子的韋伯·維爾維特的幫助，家門、學派雙方都得以完成復興。學派由韋伯繼承，而他則被稱為君主·埃爾梅羅Ⅱ世。 |
| 蓋烏斯令 學部：動物科（奇美拉） 巴瑟梅羅事實上的傀儡。 |
| 布里西桑 學部：傳承科（布里西桑） 所羅門的弟子之一。 雖然家門所有的權力不及巴瑟梅羅，但在歷史和研究實績上毫不遜色，是典型的中立派。 |
| 阿切洛特 學部：植物科（尤米娜） 久遠寺有珠的童年玩伴——梅·莉黛爾·阿切洛特的家系。題外話，有珠的魔術系統和植物科的別名都叫“ユミナ”。 雖是貴族主義，但媒體傾向強烈，直到前代為止甚至還染指過軍用企業。 |
| 阿尼姆斯菲亞 學部：天體科（阿尼姆斯菲亞） 現任君主（Lord）是馬里斯比利·阿尼姆斯菲亞。他在FGO的世界裡創設了人理存續保障機構菲尼斯·迦勒底。 《FGO》中死後由女兒奧爾加瑪麗·亞斯密雷特·阿尼姆斯菲亞繼承。 |
分家
所謂魔術師家系，指的是以一子相傳的方式繼承魔術刻印的“魔術刻印的接替”。由於這個“接替”才是最重要的，所以即使生物學上的血緣斷絕了，只要魔術刻印被他人的肉體繼承了，那個魔術師家系就算是延續下去了。還有，即使持有魔術迴路的子孫仍然繼續存在，但要是失去了魔術刻印的話，那個家系也等同於在魔術上斷絕了。
多數派閥都會以通過把一小部分魔術刻印分株給他人來設立分家為基本發展勢力，而作為原點的本家魔術刻印在習慣上被稱為源流刻印。雖然這么做會使作為母株的魔術刻印受到損傷，但這種程度只要接受調律師的施術，大概幾個月到一年時間就能恢復。
三大派閥
三大派閥以十二君主（Lord）為中心，各大家系根據自己的政治立場分成了三大派閥：
•貴族主義：以巴瑟梅羅為首，包括埃爾梅羅派、尤利菲斯派、阿尼姆斯菲亞派、蓋烏斯令派。認為時鐘塔的運營應該是交給優秀的貴族血統。
•民主主義：以特蘭貝里奧為中心，包括了另一大貴族巴魯葉雷塔，以及艾德費爾特。認為就算血統不盡如人意，也該多多任用有才能的年輕人。
•中立主義：以梅亞斯提亞為代表，包括布里西桑派、吉古馬列派。只在乎研究其他都隨便。和其他兩派不同，這個派閥的內部意志並不統一，只是出於比起主張主義還是想要優先研究這種想法，幾個家系聚集在一起而已，什麼時候內訌也不奇怪。平時用勢力最大的梅亞斯提亞派之名來統稱他們。
冠位決議（Grand·Role）
為了跨越學科與派閥的隔閡對時鐘塔的運營進行審議，而召集君主（Lord）及其代理人舉辦的會議，時鐘塔的最高決定機關。對於埃爾梅羅而言，最重要的就是在以前臨時召開的冠位決議（Grand·Role）中，決定了失去君主（Lord）的埃爾梅羅派被開除出礦石科（奇修亞）。
歷屆冠位決議基本都選址於古龍心臟。
組織部門
十二學部
十二學部和法政科魔術協會把神秘學分為十二個領域；以堪稱必需的 全體基礎作為Ⅰ，繼而分別是 個體基礎（Ⅱ）、 降靈（Ⅲ）、 礦石（Ⅳ）、 動物（Ⅴ）、 傳承（Ⅵ）、 植物（Ⅶ）、 天體（Ⅷ）、 創造（Ⅸ）、 詛咒（Ⅹ）、 考古學（Ⅺ）、 現代魔術論（Ⅻ）。由此設立十二個學部，分別由十二名君主（Lord）管理。這些雖然在形式和方向性上有所不同，但全部都是以追尋研究神秘為目標的學問。所謂魔術師是追求“根源之渦”的生物，所以這也是理所當然的構造。
不同學部和部門的建築的構造有著巨大的差別。各學部都會對自己的教學樓進行偽裝；如規模最小的現代魔術科（諾利吉）的教學樓對外稱是某大學的附屬設施，全體基礎科（密斯提爾）則直接偽裝成大學。且周邊設有結界防止路人接近。
另外，每個學部宿舍區的內部是十分團結的，如果外人想要踏入自己學部的院子裡，從個人之間的紛爭演變成院系宿舍區之間的戰爭也是常有的事。
| 學部名（別名） | 學部長/君主（Lord） | 派閥 |
| 全體基礎科（密斯提爾） | 瑪格丹尼爾·特蘭貝里奧·埃爾羅德 | 民主主義 |
| 個體基礎科（索羅尼亞） | 索羅尼亞 | 中立主義 |
| 降靈科（尤利菲斯） | 路菲勒烏斯·娜澤萊·尤利菲斯 | 貴族主義 |
| 礦石科（基修亞） | 肯尼斯·埃爾梅羅·阿奇博爾德（死亡） →梅亞斯提亞 | 貴族主義（埃爾梅羅） 中立主義（梅亞斯提亞） |
| 動物科（奇美拉） | 蓋烏斯令 | 貴族主義 |
| 傳承科（布里西桑） | 布里西桑 | 中立主義 |
| 植物科（尤米娜） | 阿切洛特 | 貴族主義 |
| 天體科（阿尼姆斯菲亞） | 馬里斯比利·阿尼姆斯菲亞（《F/GO》中死亡） →奧爾加瑪麗·亞斯密雷特·阿尼姆斯菲亞 | 貴族主義 |
| 創造科（巴魯葉） | 伊諾萊·巴魯葉雷塔·阿托洛霍姆 | 民主主義 |
| 詛咒科（吉古馬列） | 吉古馬列 | 中立主義 |
| 考古學科（亞斯特亞） | 梅亞斯提亞 | 中立主義 |
| 現代魔術科（諾利吉） | Dr.哈特雷斯（非君主/失蹤） →埃爾梅羅Ⅱ世（韋伯·維爾維特） | 貴族主義（埃爾梅羅） |
•全體基礎科（密斯提爾）：一般情況下，時鐘塔入門的魔術師會先在全體基礎（密斯提爾）學習五年（範圍包括魔術全體的共通常識、類感魔術和感染魔術、地脈、大源學），然後轉入各個學部。不過這也不算明文規定，所以越是優秀的魔術師通常也會越早開始輔修或者轉部。
•降靈科（尤利菲斯）：設有下位學部召喚科，學部長是洛克·貝爾費邦，特殊情況下此人也曾當過「君主（Lord）代理」。在《Fate/Apocrypha》的世界中，由於亞種聖杯戰爭頻發的緣故，召喚科受到前所未有的重視。
•礦石科（基修亞）：原本是由埃爾梅羅派經營，但在前任君主（Lord）肯尼斯死後就被梅亞斯提亞派鑽了空子趕下了台，踢到了現代魔術科（諾利吉）。 梅亞斯提亞派同時還運營著考古學科（亞斯特亞）。
•動物科（奇美拉）：已知製造合成獸、變身術屬於動物科。
•傳承科（布里西桑）：自創立時起便榮耀顯赫的傳承科布里西桑 ，自時鐘塔設立起便是學生最少的學科，乃是作為不應存在人世的遺物對待，直屬院長的異端學問。 魔術協會中的傳承科殘存著既非神性亦非神秘，更非獲得肉體的惡魔的【傳承】。蓋提亞弟子之一，掌管著禁忌中的禁忌 。另外，因為傳承的魔術性質有著超出常規的多樣性，而被認為是時鐘塔里留有文獻最稀少的學科。
•植物科（尤米娜）：以魔女學而聞名。擅長煉製魔藥。
•天體科（阿尼姆斯菲亞）：授課範圍包括占星術、天體運行、神學等分支，所以很少會碰上修習課程跟自己完全相同的魔術師。 地球也是天體，也屬於天體科學術範圍。
•創造科（巴魯葉）：這科的魔術師基本都是藝術家。
•現代魔術科（諾利吉）：在二十世紀初才作為第十二個學科得到了承認。現代魔術是將近百年產生的魔術匯集起來，廣泛而淺顯地，作為更加一般性的魔術，以“便於使用”為目的的院系。如今已成新世代（New Age）們的領域。
•雖然是主要學科卻一直不被重視，單純是應付時代的裝飾，沒有君主（Lord）願意擔當。前任學部長未獲得君主（Lord）頭銜。而別名“諾利吉”是出資建立現代魔術科的贊助商的名字。
•學術都市坐落於倫敦近郊街區（實際未達都市規模），因坐落的街道得名“斯拉”。
魔術協會制服法政科
在時鐘塔唯一與神秘沒有直接關聯的科，向志願當政治家的人敞開大門。由三大貴族之一的巴瑟梅羅執掌。利用時鐘塔的魔術和權力介入現實社會，或是調整時鐘塔內部均衡，庸俗至極卻不可或缺的集團。
和作為主要學術方針的十二科不同，法政科所掌管的並非學問，而是時鐘塔的運營方針本身。再詳細說明的話，這個運營方針也要分為三點——保全魔術世界，管理魔術師，以及與社會的接觸。無論在哪點上，法政科都是名副其實的“統率魔術師的魔術師”。大多數的君主（Lord）家系都會將自己的孩子送入法政科，而法政科也會毫無保留地教授帝王學。因此就算自身本不是與十二家或三大貴族有關的人物，只要報上法政科的名號那對方無論是誰都會心驚膽戰。
秘儀裁示局·天文台卡利昂
於地底觀測遙遠星辰的古老之所，發出封印指定命令的時鐘塔最古老的教室。 受到封印指定的魔術師和他的魔術迴路將永遠保存在秘儀裁示局的深處。
本來已經下達了的封印指定是絕對的，但在二十世紀末，秘儀裁示局·天文台卡利昂發生了足以衝擊整個時鐘塔的巨變，有幾個人的封印指定在這時解除了。蒼崎橙子是其中之一。
阿爾比昂迷宮（labyrinthos）
時鐘塔建立於不列顛尼亞的根本原因，傳說中某條已逝之龍（伏提庚）的殘骸。同樣也是時鐘塔最大的咒體素材來源地，無限接近於星之內海，彰顯著已逝之龍的偉大。
從地表開始大致分為四個部分：挖掘都市、大魔術迴路（已逝之龍的身軀）、古龍心臟、妖精域。
據悉，迷宮依然處於活躍狀態，從某種角度上說是【活體】。
採掘隊的探索結果，迷宮內部生活著無數的幻想種，甚至是最高位的狩獵者。
迷宮的封印目前由十二領主維持，以減少迷宮內部神代粒子的濃度。
時鐘塔地下結構封印指定局
為了確保能捕獲被封印指定的魔術師而成立的組織。不是靠單純的魔術水平，而是以能夠狩獵潛逃魔術師的戰鬥力為標準選拔的。
受到前述的“封印指定”就會被幽禁，行動的自由當然不用說，連魔術的研究也會變得不隨心。因此，指定對象當然會拚死抵抗，戰鬥也在所不辭。為了強制回收受到封印指定的魔術師，協會會派遣出“執行者”。總數大約有30人。
已知成員：巴澤特·弗拉加·馬克雷密斯。
秘骸解剖局
管理·挖掘“時鐘塔”地下的巨大迷宮【靈墓阿爾比昂】的部門。
魔術師階位
通常的階位
魔術師階位魔術師會被賦予與自已的實力相應的“階位”， 分別為：
冠位（Grand）；
色位（Brand）；
典位（Pride）；
祭位（Fes）；
開位（Cause）；
長子（Count）；
末子（Frame）。
1.冠位（Grand）；
2.色位（Brand）；
3.典位（Pride）；
4.祭位（Fes）；
5.開位（Cause）；
6.長子（Count）；
7.末子（Frame）。
如上所示，最高位是冠位（Grand），最低位是末子（Frame）。但是，一般都是將色位（Brand）視為事實上的最高位。大部分的君主（Lord）也都止步於此。而得到冠位（Grand）評價的魔術師平時在時鐘塔幾乎看不到，且這群抵達了最深處的人也不怎么和其他魔術師來往。
祭位（Fes）雖然按一般算法來說是第四階位，但其實這個稱號是附帶特殊條件的。簡單來說，有別於通常魔術師的能力，賦予那些必須進行評價的特殊技能或實績的名譽階級。比如，身為傳承保菌者（Gods Holder），使用著傳承自神代禮裝的執行者；能輕易將損傷的魔術刻印再生的修復師（密斯提爾的分家成員MR.梅爾文）。對於超出魔術師領域的絕大的異能的畏懼。
在《Fate/Apocrypha》的世界中，因為亞種聖杯戰爭太常發生的緣故，導致Apocrypha世界的魔術師的數量銳減。隨著這種情況，生存下來的魔術師們幾乎都上升了一個等級。
•目前已確認階位的魔術師：
| 階位 | 魔術師 |
| 冠位（Grand） | 蒼崎橙子 ；達尼克·普雷斯通·尤格多米雷尼亞（FA世界限定） 。 |
| 色位（Brand） | 肯尼斯·埃爾梅羅·阿奇博爾德 。 |
| 典位（Pride） | 斯芬·古拉雪特 ；間桐髒硯 。 |
| 祭位（Fes） | 君主·埃爾梅羅Ⅱ世 ；巴澤特·弗拉加·馬克雷密斯 ；梅爾文·威因茲 ；雷夫·萊諾爾·佛勞洛斯 。 |
| 開位（Cause） | 藤丸立香 。 |
| 長子（Count） | —— |
| 末子（Frame） | —— |
顏色的階位
與通常的階位不同，成為特別存在的人會被賦予冠有“顏色”的稱號。
最高位是按照顏色三原色的紅、藍、黃。然後，接著是作為合成色的橙、紫、綠、黑。越後者，等級越低。另外稱號並沒有規定每個顏色只能有1名。只要是偉大的魔術師、擁有特異才能的人，就會慷慨地賦予顏色的階位。
阿特拉斯院
組織簡介
阿特拉斯院魔術協會三大部門之一，蓄積與計測之院。在埃及的阿特拉斯山脈修築據點的鍊金術師學院，因此得名。與中世紀成為主流的現代鍊金術不同，它是魔術的鼻祖，解析世界之理的鍊金術師集團。同布拉格的協會關係惡劣，也疏遠作為魔術協會心臟的時鐘塔。通稱“巨人的地窖”（源自希臘神話中的擎天巨神“阿特拉斯” 。意為“曾經支撐著天，卻一直沉默不語的巨人” ）。 自紀元前就存在。
雖然說是三大部門，但世界上都是獨立首腦集團。偶爾，也會因為其他協會和聖堂教會的請求，而出借其下屬的鍊金術師。借用鍊金術師，需要過去阿特拉斯院發出的“契約書”。阿特拉斯現在的想法是回收那隻發行了七枚的借讓契約書。
為了迴避被初代院長所證明的“終結”，永不停息地在重複著銷毀和打造兵器。“不要解開阿特拉斯的封印，否則世界會被毀滅七次的。”布拉格的鍊金術師如此說道。為了拯救世界而做成的兵器，更是淒涼地淪為毀滅地球的道具。
隸屬於阿特拉斯院的最低條件，被定為能進行三個分割思考以及高速思考。由於他們僅僅只是“鍊金術師”的緣故，與時鐘塔的魔術師那種產生出魔力火球的把戲沒有緣分。
組織構造
位於埃及阿特拉斯山脈，周圍都是沙漠。學院建於地下。通往中心部分的路被設計成讓外出者迷路的結構，這是因為比起外部人員進入，他們更害怕內部人員出去。鍊金術師們各自在自己獨立工房研究。這裡沒有任何禁忌，但只有一個條件，決不能將自己製作的東西帶去外面，這是阿特拉斯院的大原則。若要說例外，那就是創院初期被製造出來的七張契約書，唯獨對持有該契約書的人，阿特拉斯院會破例協助。
雖說在地下，但中心部分卻有著近乎一座城市規模的空間。人類所需的、生活必須的東西一應俱全。空洞上方是人造的天空。聳立於中心的三尖塔是擬似靈子演算器·三尖赫爾墨斯。
鍊金術師
阿特拉斯院的鍊金術
阿特拉斯院制服阿特拉斯院中的鍊金術的起源，是古埃及神話中的魔術先祖，女神伊西斯的延續。
研究物質流轉的人。那就是鍊金術師。時鐘塔的鍊金術師藉著與西洋魔術融合，產生出像愛因茲貝倫的人造人（Homunculus）那般的成品。不過阿特拉斯院的鍊金術師，比其要更加接近原義，把“ 事象的變換”定為最高目的。鍊金術中常被提及的“將卑金屬變換成黃金”，對阿特拉斯院的成員來說僅僅是“物質的變換”，只不過是遙遙遠離理想的幼稚拙劣的技術。他們的鍊金術，是把作為其源流的古代埃及冶金術高度發展而成的，並不像時鐘塔的魔術師們操縱的所有鍊金術那般，幾乎完全沒受到西洋魔術的影響。
能力技術
阿特拉斯的基本是【高速思考】和【分割思考】，在這之後就會學到叫做變換式和加速式的鍊金術。
對於身體（肉體）的觀點也獨特，不是腦控制身體，而是為讓腦更好地發揮機能而有肉體，這樣認為。若只是產生出單純的演算能力的怪物，沒有作為鍊金術師的必要，只要成為技術人員就可以了。對他們來說所謂的人體是“肉體·精神·魂三位一體，在計算、實踐、成長上優秀的個體”。
•【分割思考】：阿特拉斯的優秀鍊金術師能夠自由自在地把思考進行並列處理、轉瞬間進行計算。 如果是阿特拉斯的鍊金術師，至少要做到把思考分割成三部分，五個部分的就是天才了。過去，最最優秀的的院長聽說可以分成八個部分。
另外，魔術迴路貧乏也是其特徵，因此他們在學習魔術的過程中不依賴魔力，而是依賴大量道具。擬似靈子……將魂作為可觀測的能量，創造出擁有魔術迴路的生命體，人造人。“無需自己成為最強，我們只需創造最強即可”，以此為信條，他們創造了眾多兵器，包括能毀滅世界的【七大兵器】。現階段他們認清了極限，把這些都封印了起來。無論如何，阿特拉斯院乃地上無法比擬的“魔術禮裝”儲藏庫。
組織成員
院長：阿特拉斯院的院長都會被賦予“阿特拉西亞”的名號。傳聞歷代院長必然會發狂。
| 已知成員： |
| 茨比亞·艾爾特納姆·奧貝隆（月姬世界） / 茨比亞·艾爾特納姆·阿特拉西亞（Fate世界） 月姬：死徒二十七祖第十三席。原本是一名非常出色的阿特拉斯鍊金術師，因為無法計算出迴避人類滅亡的方法而發狂。其後與黑姬愛爾特璐琪·布倫史塔德定下契約成為死徒，將追求第六法立為自己的目標，最後依然以失敗而告終（保留了祟這個“系統” 但最後還是失敗了）。 Fate：阿特拉斯院現任院長，因未發狂故一直在任，已有數百年。跟《月姬》里一樣是死徒，但非二十七祖。 |
| 紫苑·艾爾特拉姆·阿特拉西亞（月姬世界） / 紫苑·艾爾特納姆·索卡莉絲（Fate世界） 月姬：阿特拉斯的沒落貴族出身，在阿特拉斯院內獲得了首席的成績，被授予了下屆院長之證的“阿特拉西亞”之名。 Fate：在祖先茨比亞的影響下成為了非吸血鬼·死徒的吸血種。被茨比亞過繼養育，成了樂觀派的才女。 |
| 拉尼Ⅷ 《Fate/EXTRA》系列登場的御主。Berserker（呂布奉先）的御主。阿特拉斯院最後的鍊金術師所製造出的人造人。 |
| 玄霧皋月 黃路美沙夜統帥沒有意識的使魔們的指揮。同時進行複數的思考是鍊金術士的特性。 大概是因為身為她的老師的魔術師，曾是那個阿特拉斯學院的學生。 |
| 赫爾墨斯·西麗絲·阿特拉西亞 魔術特性是“未來”。 |
設備禮裝
阿特拉斯的魔術禮裝Black Barrel：七大兵器之一。黑色槍身。由“第五真說要素”所製造，可使“第五架空要素”自毀的武器。被六人姐妹們稱為“天壽”的概念武裝。由這支槍所擊出的子彈，是對任何靠真以太（Jin）而活動的物體都可以無視對方能力值而造成傷害的魔之一擊。就仿佛直接打進肉體的癌細胞一樣。泛用性很高、通過換上各種外裝也可以作為狙擊槍來使用。外形基本上是使用了摺疊槍托的來復槍。
Logos React：七大兵器之一。沒有正式的名稱。其性質為再演。是用特定狀態的賢者之石製成。赤化變質的賢者之石會將假想演算世界內的一切分解成赤砂，進而甚至會幹涉到現實。
賢者之石：阿特拉斯院的最奧秘。能記述近乎無限情報的究極記憶媒介 。也被叫做生命之水（AQUA VITAE），能治癒一切痛苦、病症、死、吸血鬼化 。
擬似靈子演算器·三尖赫爾墨斯：阿特拉斯院中心的三尖碑。阿特拉斯院最大的記錄媒體，收集·區分·記錄著地球上的眾多情報。只要輸入問題，就可以得到答案（也有的答案被刻意隱藏，沒有高級許可權無法讀取）。是迦勒底的靈子演算裝置·特里斯墨吉斯忒斯的原型。
靈子演算器·特里斯墨吉斯忒斯：據說是三尖赫耳墨斯的次世代機。由阿特拉斯院提供設計圖。藉由特里斯墨吉斯忒斯，無論在哪個時代都能證明御主（Master）『在靈子意義上的“存在”』，從而能夠對過去進行干涉。因為是最新型號，所以也能夠對電腦世界以外的現實世界進行靈魂的轉送·再計算。 製作者是紫苑。
虛數觀測機·Paper Moon：阿特拉斯院贈予迦勒底的超級魔術禮裝。是對虛數空間中的航行進行輔佐的指南針，另外，據說也是表示在虛數空間中的存在證明的，無法破壞（Unbreakable）的指針。 製作者是紫苑。
阿特拉斯院制服：阿特拉斯院以“創造最強存在”為目的製作的試驗型禮裝。有歐西里斯之塵、伊西斯之雨、梅傑德之眼三種技能。 其中伊西斯之雨能解除詛咒。
彷徨海
彷徨海Baldanders彷徨海Baldanders是與阿特拉斯院並列、 稱為魔術協會原型的組織。據說魔術協會創設者中，存在過很多被彷徨海或阿特拉斯院趕走、失去投奔處的異端魔術師。
彷徨海的大本營位於北歐。擁有移動石柩之異名的它就是會移動的山脈其本身。通常是如同其名地在海上彷徨，不過據說偶爾也會走上陸地。
其研究內容，似乎主要是肉體（人體）的改造，但詳細不明。名為弗阿布羅·洛威恩的魔術師曾經在籍，但後來出逃。據說他為了得到永遠性而把自己的肉體變成混沌之海，然後成為了吸血鬼。他的名字以“Nero Chaos（尼祿·卡歐斯）”的形式，被刻於吸血鬼的始祖存在“死徒二十七祖”的名單上。是在肉體內側形成獨自的結界、於該處寄宿著666個獸之因子的怪物……。
被視為北海中一個普通的浮島，其實正好相反，是位於一個作為異世界移動的“海”的中間，在西曆以前被製造出來的存在，堪稱“獨立的特異點”。兩千年以來，只在每年的12月31日這天打開大門招攬人才。
已知成員：弗阿布羅·洛威恩（尼祿·卡歐斯）；寶石殺手 。
與教會的關係
魔術協會與聖堂教會的關係聖堂教會憎惡魔術。正確來說是他們不想去認同，非“被神選中的聖人”者任意妄為地發揮神秘的力量。魔術協會和教會之間雖然有過不愉快，但現在處於停戰狀態，而且由於擔心內部派系的不公正，在監督聖杯戰爭的時候，會請教會派遣神職人員代為監管。並沒有規定說魔術師一定要加入協會，只是有關魔術的東西在協會裡都很容易找到，而且在協會裡能隱蔽行蹤，對於研究魔術來說是相當方便的事情。當然，也有從協會中退出的，例如蒼崎橙子。
