早期
馬龍派是基督教中一個產生比較早的教派。早在敘利亞還是羅馬帝國的行省時，在其首府安塔基亞有一位叫馬魯的基督教早期聖徒創立了一個教派，該派的許多信條與當時在君士坦丁堡和安塔基亞居主導地位的基督教信條不同。馬魯在世時受排擠、迫害，後遷入黎巴嫩。
早在十字軍東征前，馬龍派就與法國有較多的聯繫，曾被法王承認為與法國一體的民族。在教義上，馬龍派更接近羅馬天主教，但直到18世紀才正式承認羅馬教皇，成為天主教的一個派別。
馬龍派經書所以，從那時起到現在，羅馬教皇對馬龍派的宗教事務和黎巴嫩的政治事務一直都有影響，但從總體上說，法國對黎巴嫩事務似乎更有影響，故今天在法國、美國和義大利等國都有馬龍派信徒。
伊斯蘭時期
馬龍派經書在伊斯蘭時代，馬龍派和沙姆地區其他派別的基督徒備受欺凌。從倭馬亞朝哈里發阿穆魯·本·阿卜杜·阿齊茲起（717～720），到後來的阿拔斯朝哈里發都對基督徒作出過許多苛刻的歧視性規定，比如家門口要掛魔鬼塑像，出門不準騎馬，只準騎驢和騾子，而且身上要披特殊顏色的布條，以表明是基督徒……
基督教的發跡早於伊斯蘭教數百年，在阿拉伯穆斯林來到沙姆地區之前，這裡已有不少閃族的支脈信奉了基督教，如阿拉馬人、迦南人等，他們大都在後來漫長的伊斯蘭時代里改奉了伊斯蘭教，可也有部分人保持了原有信仰。
歷代的哈里發們雖然不要求他們改教，但在政策上加以歧視，於是那些保留信仰的基督徒便遷往邊遠山區，對於當時來說，黎巴嫩是一上佳選擇。馬龍派到了黎巴嫩後，與當地的基督徒融合，並逐漸強大起來，以至於能夠打敗哈里發的軍隊。
在穆阿維葉和阿卜杜·馬立克時期，都曾有講阿拉伯語、信基督教的拜占庭僱傭兵吉拉吉麥人以黎巴嫩為落腳點，從利卡山進攻沙姆地區，在馬龍派的協助下迫使哈里發向拜占庭皇帝進貢，後來有相當部分僱傭兵留在了黎巴嫩山區，並逐漸與馬龍派融為一體。他們在拜占庭時期和十字軍東征時期都曾反對過伊斯蘭教的統治。
通過考古發現，在世俗生活中古敘利亞語至少到13世紀末還相當流行，至今仍有少數教堂中規定使用這種語言，但在習俗上卻與穆斯林有明顯區別。
黎巴嫩山區歷代都享有一定的獨立性，而馬龍派和德魯茲派則歷來就是山區的地方實力派。到奧斯曼帝國中後期，馬龍派的沙海希家族突起，成為諸望族之一，曾長期掌握地方政權，埃米爾由該族世襲。
19世紀
在1840年開始的攝政時期和1864年以後的教派平衡政體中，馬龍派在以法國為代表的西方殖民者的支持下，掌握了地方自治權，成為殖民主義在山區的代理人。
20世紀
馬龍派經書1920年，為了完全擺脫在伊斯蘭統治下長期充當"順民"的二等公民地位，以馬龍派為首的各基督教派一致慫恿法國委任統治者成立“獨立”的大黎巴嫩，以確保基督徒的利益。1943年正式獨立後，各派形成 一種權力平衡的新模式，即1943年的國家公約（未成文），各方承認馬龍派在國家事務中領導地位，由該派出任總統、武裝部隊總司令等要職。
作為平衡，外長由希臘東正教或希臘天主教人士出任，議會主席由什葉派出任，總理由遜尼派擔任，德魯茲派人則出任國防部或其他政府部長。
這種權力分配方式隨著各派人口的增長，與國內外形勢的發展，越來越顯得不合理，要求改革的呼聲逐年增高。1975～1976年黎巴嫩內戰總爆發，1982～1985年黎巴嫩再度內戰，期間出現長期危機，至此改革權力分配方式已成必然之勢。
1989年的全國和解憲章和1991年的新憲章都明確提出廢除教派政治，對總統、總理、總司令等軍政權力職務的許可權重新做了規定，但教派的影響是巨大的，實際權力的分配仍以教派為基礎，3大教派仍是主導，其中馬龍派雖在人數上失去了第一的地位，但在國家政治、社會生活中仍保持第一大派的地位，總統、武裝部隊總司令等職仍由該派擔任，只是許可權相對縮小了。
