貢獻
由於他擅長針灸,因而對《靈樞經》的注釋遠較《素問》注釋較高,成為歷史上第一部《靈樞》的全注本。汪昂在其《內經約注》里曾評價說:“《靈樞》從前無注,其文字古奧,名數繁多,觀者皺眉,作為醫者又棄之不讀,至明始有馬玄台之注,其疏經絡穴道,頗為鮮明。”
著作
著有《黃帝內經素問注證發微》、《黃帝內經靈樞注證發微》二書。前書刊於神宗萬曆十四年(1586),收《素問》81篇,合為9卷,於原文詞義、醫理逐篇逐段加以註解,在闡發經文精微、補苴唐人王冰注釋罅漏諸方面,貢獻頗大,是繼王冰以後第二注家,為《素問》主要注本之一。後者9卷,補遺1卷,為《靈樞》第一個注本,頗有獨到見解。清雍正《浙江通志》稱之為“醫學津梁”。