早年在三原縣國小和渭北中學讀書，1923年考入上海大學，同年加入中國共產黨，曾參與創辦《新群》雜誌。1925年初，馬到河南鄭州從事工運工作，7月任共青團開封地委書記。又籌備河南省總工會。
1926年5月中旬，馬文彥受李大釗委派擔任於右任的俄文翻譯，同往蘇聯敦請馮玉祥回國。回國後參加了五原誓師和西安解圍戰。1927年6月，馮玉祥在陝西“清黨”反共，馬被通緝，遂化名曹駿天到富平教書。1928年春負責富平縣中共組織的恢復工作，並積極準備武裝起義，渭華起義失敗後，馬回富平繼續任教，因當局通緝避居上海。1930年去濟南任教，1933年7月杜衡叛變後，再次避居上海，後與中共組織失去聯繫。
1936年，馬作為楊虎城的參議參加西安事變。西安事變後，馬在三原縣西關文昌巷的家實際上成了楊虎城在渭北的紅軍接待處，楊虎城曾撥給1500元作為活動經費。1937年10月，馬作為秘書隨於右任一同撤至重慶，1939年返回陝西。1941年，參加中國民主同盟。
1949年5月西安解放後，馬文彥任西北軍政大學修建委員會主任、科長等職，1950年任西北民盟總支委員兼副秘書長、陝西省人民政府監察委員會委員，1953年參加西北赴朝鮮慰問團赴朝慰問志願軍。1955年後任西安市建築工程局副局長，為西安市政協委員、常委、副主席。1983年3月病逝。
