執法生涯
執法德甲
1988年，年僅25歲的默克在家鄉俱樂部凱澤斯勞滕的推薦下成為了德甲最年輕的裁判。4年後，他成為了一名國際足聯認可的國際裁判，並在1992年巴塞隆納奧運會上進行執法。在隨後的數年，默克以自己的穩定的表現被認可，並6度奪得德國年度最佳裁判獎。
2000-2001賽季德甲聯賽爭議：
在2000-2001德國足球甲級聯賽的最後一輪，默克執法漢堡對陣拜仁慕尼黑的比賽。當時，拜仁領先第二名沙爾克043分，但沙爾克04占據淨勝球優勢。在比賽的第93分鐘，漢堡還以1比0領先拜仁慕尼黑，而沙爾克04已經5比3戰勝了翁特哈興，這時，因為漢堡的回傳球失誤，默克給予拜仁慕尼黑一個禁區內間接自由球，並最終由拜仁球員派屈克·安德森（ Patrik Andersson）射入。在這次事件後，默克遭到了強烈的非議，此後，他再也沒有出現在沙爾克04的主場維爾廷斯球場執法。
06年11月執法瑞士vs巴西友誼賽 執法數據：
| 賽季 | 場數 | 黃牌 | 場均 | 紅牌 |
| 1988/89 | 7 | 15 | 2.14 | 0 |
| 1989/90 | 8 | 24 | 3.00 | 2 |
| 1990/91 | 9 | 30 | 3.33 | 1 |
| 1991/92 | 13 | 46 | 3.54 | 3 |
| 1992/93 | 11 | 40 | 3.64 | 6 |
| 1993/94 | 11 | 42 | 3.82 | 6 |
| 1994/95 | 13 | 58 | 4.46 | 8 |
| 1995/96 | 13 | 58 | 4.46 | 3 |
| 1996/97 | 18 | 84 | 4.67 | 6 |
| 1997/98 | 18 | 70 | 3.89 | 5 |
| 1998/99 | 17 | 65 | 3.82 | 1 |
| 1999/00 | 20 | 70 | 3.5 | 3 |
| 2000/01 | 22 | 91 | 4.55 | 5 |
| 2001/02 | 17 | 75 | 4.41 | 5 |
| 2002/03 | 22 | 81 | 3.68 | 4 |
| 2003/04 | 24 | 101 | 4.21 | 8 |
| 2004/05 | 22 | 75 | 3.41 | 3 |
| 2005/06 | 25 | 108 | 4.32 | 6 |
| 2006/07 | 24 | 63 | 2.63 | 0 |
執法歐洲
葡萄牙對馬庫斯·默克在2004年歐錦賽決賽葡萄牙對希臘隊比賽中執法曾表示強烈反對，因為默克正是當時希臘隊主帥奧托-雷哈格爾（Otto Rehhagel）的牙醫。然而，默克在比賽中的執法表現優異，受到外界的廣泛認可。
在2004/05賽季，默克在執法歐冠聯賽四分之一決賽AC米蘭對國際米蘭的第二回合比賽中，判罰國際米蘭球員埃斯特萬·坎比亞索的進球無效，這一有爭議的判罰引起了國際米蘭球迷的嚴重不滿，向場內投擲寶特瓶等雜物，導致比賽最終被取消。
國際足聯賽事
默克在他的國際執法生涯中執法了1992年巴塞隆納奧運會（2場）、2000年歐洲杯（3場）、2002年世界盃（2場）、2004年歐洲杯（3場）以及2006年世界盃（3場），其中，包括了2004年歐洲杯的決賽，他也是在東德裁判魯迪·格洛克納(Rudi Glöckner)之後第一個執法過歐洲杯或世界盃決賽的裁判。他的助手是揚-亨德里·賽爾沃(Jan-Hendrik Salver)和克里斯蒂安·斯雷爾(Christian Schräer)。默克執法的其他重大賽事包括1997年歐洲優勝者杯決賽，02-03賽季歐冠決賽，另外，他還執法了2003年聯合會杯的四分之一決賽喀麥隆對陣哥倫比亞的比賽，並見證了維維安·福之死 。
默克曾長期反對在比賽判罰中使用即時回放系統。2008年3月1日，在雲達不萊梅前鋒馬庫斯·羅森博格在明顯越位的情況下進球，默克最初判罰進球有效，但是立刻意識到了自己的錯誤，但是已經無法挽回。事後，他將此錯誤稱為”自己裁判生涯中最苦澀的時刻“。從此，他積極建議引入即時回放系統。
主要執法比賽
2006世界盃歐洲區預選賽 2005-11 -16 斯洛伐克：西班牙 1-1 (0-0)
2006世界盃歐洲區預選賽 2005-12-10 愛爾蘭：瑞士 0-0
2006世界盃歐洲區預選賽 2005-07-.9 俄羅斯：葡萄牙 0-0
2006世界盃歐洲區預選賽 2005-06-24 摩洛哥：義大利 1-1 （1-0)
2005國際足聯U20世青賽決賽階段比賽 2005-06-22哥倫比亞：阿根廷 1-2 (0-0)
2005國際足聯U20世青賽決賽階段比賽 2005-06-18 日本：澳大利亞 1-1 (0-0)
2005國際足聯U20世青賽決賽階段比賽 2005-06-18 義大利：加拿大 4-1 （1-0)
2005國際足聯U20世青賽決賽階段比賽 2005-06-15 澳大利亞：荷蘭 0-3 (0-1）
2005國際足聯U20世青賽 決賽階段比賽 2005-06-15 日本：馬拉威 1-1 (0-1）
2005國際足聯U20世青賽 決賽階段比賽 2005-06-14 巴拿馬：土耳其 0-1 (0-1）
2005國際足聯U20世青賽 決賽階段比賽 2005-06-14 中國：烏克蘭 3-2 （1-1））
2005國際足聯U20世青賽 決賽階段比賽 2005-06-4 土耳其：希臘 0-0
2006世界盃 歐洲區預選賽 2005-03-30 以色列：法國 1-1 (0-0)
2006世界盃 歐洲區預選賽 2004-09-8 荷蘭：捷克 2-0 （1-0)
2006世界盃 歐洲區預選賽 2004-07-4 葡萄牙：希臘 0-1 (0-0)
2004歐洲杯 決賽階段比賽 2004-06-26 瑞典：荷蘭 0-0
2004歐洲杯 決賽階段比賽 2004-06-22 丹麥：瑞典 2-2 （1-0)
2004歐洲杯 決賽階段比賽 2004-06-22 義大利：瑞典 1-1 （1-0)
2004歐洲杯 決賽階段比賽 2004-06-13 法國：英格蘭 2-1 (0-1）
2003聯合會杯 2003-06-26 喀麥隆：哥倫比亞 1-0 （1-0)
2003聯合會杯 2003-06-23 巴西:土耳其 2-2 （1-0)
2003聯合會杯 2003-06-20 哥倫比亞：紐西蘭 3-1 (0-1）
2002世界盃 決賽階段比賽 2002-06-15 丹麥：英格蘭 0-3 (0-3）
2002世界盃 決賽階段比賽 2002-06-9 日本：俄羅斯 1-0 (0-0)
2002世界盃 決賽階段比賽 2002-06-2 阿根廷：奈及利亞 1-0 (0-0)
2002世界盃 南美區預選賽 2001-11-14 烏拉圭：阿根廷 1-1 （1-1）
2002世界盃 歐洲區預選賽 2001-06-2 丹麥：捷克 2-1 （1-1）
2002世界盃 歐洲區預選賽 2000-10-11 冰島：北愛爾蘭 1-0 (0-0)
2000歐洲杯 決賽階段比賽 2000-06-29 義大利：荷蘭 0-0
2000歐洲杯 決賽階段比賽 2000-06-18 斯洛維尼亞：西班牙 1-2 (0-1）
2000歐洲杯 決賽階段比賽 10 .6. 2000-06-10 比利時：瑞典 2-1 （1-0)
1998世界盃 歐洲區預選賽1997-9-10 瑞典：拉脫維亞 1-0 (0-0)
1998世界盃 歐洲區預選賽 1997-4-30 挪威：芬蘭 1-1 (0-0)
1998世界盃 歐洲區預選賽 1996-11-13 西班牙：斯洛伐克 4-1 （1-1）
1994世界盃 歐洲區預選賽 1993-10-13 荷蘭：英格蘭 2-0 (0-0)
1994世界盃 歐洲區預選賽 1993-05-12 愛沙尼亞：馬爾他 0-1 (0-1）
1994世界盃 歐洲區預選賽 1992-09-23 波蘭：土耳其 1-0 （1-0)
1992奧運會 19920-7-30 巴拉圭：摩洛哥 3-1 （1-0)
1992奧運會 1992-07-24 西班牙：哥倫比亞 4-0 （3-0)
所獲榮譽
德國年度最佳裁判（DFB German Referee of the Year）：1995年、1996年、2000年、2003年、2004年、2006年
聯邦十字勳章：2005年
個人生活
在童年時，默克因為自己尖銳的嗓音而遭到他人的嘲諷，但經過治療後，他的嗓音已恢復了正常。
默克的第一職業是一名牙醫，他和他的妻兒生活在凱澤斯勞滕的奧特巴赫，但因不滿德國政府對醫生的一項新法規，於是在2005年決定退休。而他的體能也非常優秀，在馬拉松測試中他最好的成績是2小時42分，僅比奧運會記錄慢了半個小時，而他同時也是鐵人三項的能手。
默克的姓“merk”在德語中是動詞“merken”祈使態，意為“注意、記住”的意思，因此他將自己的個人主頁命名為 “merk-es-dir” （意為“牢記”）。
2011/12賽季，默克曾擔任土耳其電視台Lig TV（擁有土耳其足球超級聯賽電視轉播權）的解說員。
社會活動
默克是個虔誠的教徒，從1991年開始，他就開始印度貧民及無家可歸者提供免費牙科治療。
