馬尾軍港司令處

民國2年(1913年)5月30日，海軍部呈準以馬尾暫作軍港，呈文指出在中國北、中、南（即山東威海、福建三都、海南榆林）三大軍港未修建之前，或即使修建，而尚未完工前，在不得已情況下，必須擇其業經修築略具規模而適於為軍港者，暫定為軍港。呈文認為福建馬江形勢尚佳，暫作軍港，實相適應。暫特設馬江鎮守使一官，由大總統簡任海軍中、少將階級軍官駐守其地，掌軍港一切職務。其地定作軍港後，閩省沿海一帶炮台要塞均應歸海軍直轄，由該鎮守使管理。同年6月10日，海軍部函告國務院，同意將馬尾軍港鎮守使改為軍港司令，同時堅持不稱馬尾要港而稱馬尾軍港。民國3年11月24日，海軍部擬定，以大總統令公布《海軍軍港司令處條例》（簡稱軍港條例）共30條，司令處設中、少將級司令1名，上、中校級參謀長1名，參謀長以下軍官20多名。《軍港條例》規定軍港司令及其領導下的司令處指揮要塞區和駐港艦艇、岸防部隊等，對軍港所屬防區內的防禦設施建設、警備體制、管制進出港口的中外船舶、戰備訓練、後勤和醫療保障等方面進行監控。軍港條例對司令處各部門、各職員的職掌作了規定。

馬尾海軍警備司令部

民國12年，海軍占據廈門後，成立海軍閩廈司令部，統一指揮駐紮在福建的海軍各部隊，馬尾軍港司令處被其取代，民國16年12月，改海軍閩廈警備司令部為寧(德)福(州)警備司令部和漳廈警備司令部，前者設在馬尾，通稱馬尾海軍警備司令部，後者設在廈門，又稱廈門海軍警備司令部。

馬尾海軍警備司令部管轄閩江長門要塞和海軍陸戰隊兩個混成旅，以及海軍駐馬尾各部隊、軍事學校、軍用造船廠、後勤部門等。警備司令部配少將級軍官1名，下設參謀、秘書、副官、軍務、政務、軍械、軍需、軍法等處，在閩江設馬江查驗處，檢查過往船舶，在沿海一帶設立名為保全局的護漁機構，兼徵收漁稅、鹽稅、漁網稅等。

為了控制割據地盤的經濟命脈，統籌駐閩海軍軍餉，民國13年3月，閩系海軍在馬尾設立海軍支應局，在三都和廈門設立分局。馬尾海軍支應局直轄福清、長樂、連江、平潭、永泰等縣的捐稅徵收，在各縣設立辦事處，所得捐稅分別解送馬尾海軍警備司令部和廈門海軍警備司令部，充作軍費。