馬克薩姆-吉爾伯特測序（英語：Maxam-Gilbert sequencing）是一項由阿倫·馬克薩姆與沃爾特·吉爾伯特於1976～1977年間開發的DNA測序方法。此項方法基於：對核鹼基特異性地進行局部化學改性，接下來在改性核苷酸毗鄰的位點處DNA骨架發生斷裂。
馬克薩姆-吉爾伯特測序的舉例，切斷相同的被標記DNA片段的不同位點將會得到不同大小的被標記片段。這些片段接下來可被凝膠電泳分離開來。
馬克薩姆-吉爾伯特測序與桑格雙脫氧法一起是首批被廣泛採用的DNA測序方法，代表了第一代DNA測序方法。馬克薩姆-吉爾伯特測序不再廣泛使用，而被下一代測序方法取而代之。
