生平
道光九年(1829年)十二月，調任伊犁巴彥岱領隊大臣，不久，調任索倫營領隊大臣。
道光十年(1830年)，妄圖分裂中國的浩罕統治者，不甘心在南疆進犯的失敗。他們繼續利用張格爾之兄玉素甫和卓，率軍再度侵犯南疆，並瘋狂燒殺、擄掠，進圍喀什噶爾、英吉莎爾二城，又分兵進攻葉爾羌。額爾古倫又奉命出征喀什噶爾。在烏魯木齊等地清軍援兵的配合下，很快解除了叛軍對各城的包圍，從而平息了玉素甫和卓之亂，穩定了南疆局勢。
道光十一年(1831年)十月，額爾古倫調任喀什噶爾領隊大臣，是年63歲。他因多年征戰，身患多種疾病。於道光十三年(1833年)卸任回家，後死於家中。終年65歲。
平定張格爾叛亂
道光初年，大和卓波羅尼都之後裔張格爾，在英殖民主義者的慫恿和浩罕統治者的支持下，大舉侵犯南疆，肆意燒殺搶掠，無惡不作。道光四年(1824年)十月，清廷諭伊犁將軍慶祥為喀什噶爾參贊大臣，並指派錫伯營總管額爾古倫帶領錫伯營官兵越冰嶺馳赴喀什噶爾。參贊大臣將原換防喀什噶爾之錫伯族駐防官兵亦歸額爾古倫管帶，聽從調遣。道光六年(1826年)七月，張格爾率安集延布魯特人，由開齊山路入境至阿爾圖什莊，喀什噶爾參贊大臣慶祥派兵千餘圍剿。張格爾裹脅維吾爾族民眾10000多人，分為兩股，一股攻喀什噶爾，一股攻葉爾羌。張格爾深感兵力不足，便又求助於浩罕，約定攻下南疆西四城後將喀什噶爾割讓給浩罕，搶得的財物則與浩罕平分。同年八月間，浩罕又出兵萬餘人來助張格爾，清官兵死守喀什噶爾城達兩月之久，終因敵我力量懸殊，傷亡慘重，喀什噶爾漢城繼回城之後被攻陷，參贊大臣慶祥自殺殉國。在這危急時刻，額爾古倫勇敢的擔起指揮的重任，利用風雨之夜，率領官兵突圍，結果只有800餘人突出重圍，他們歷經千難萬險投奔阿克蘇。但是，阿克蘇辦事大臣長清，不問青紅皂白，斥責額爾古倫失守喀什噶爾城，不僅不發給突圍士兵糧食吃，而且還呈報伊犁將軍長齡轉奏清廷，“降旨令其效力贖罪”。額爾古倫忍受了種種歧視與精神上的痛苦，但他為早日恢復西四城的決心絲毫未動搖。道光六年(1826年)九月，張格爾的主力逼近阿克蘇南面的渾巴什河，距阿克蘇僅80里地。“此次長清派額爾古倫帶領錫伯等官兵三百多名，該營官兵二百多名過渾巴什河堵剿”。九月中旬，張格爾所部6000多人數次企圖強渡渾巴什河，均被額爾古倫所率官兵打退。九月二十三日，叛軍又分四股強渡，額爾古倫率領錫伯營官兵背水一戰，取得了渾巴什河戰鬥的勝利，從而為克復南疆西四城奠定了基礎。阿克蘇辦事大臣長清一反往日對額爾古倫的岐視態度，熱情地稱兄道弟，並特向道光帝奏聞額爾古倫率錫伯營官兵在渾巴什河打勝仗的情形。接著，額爾古倫繼續率領錫伯營官兵會同各省援軍，參加了柯爾坪、大河拐、洋阿爾巴特、排子巴特、沙布都爾莊等戰鬥，“額爾古倫所帶官兵，自知罪重，歷次打仗均極奮勉”，肯定了額爾古倫為平叛的全面勝利做出的貢獻。
張格爾逃出喀什噶爾城後，四處流竄，並重新糾集人馬，伺機反撲。額爾古倫率領錫伯、索倫營官兵配合各路清軍，乘勝追擊。張格爾逃往喀爾鐵蓋山。都司段永福、胡超各帶兵窮追不捨，張格爾無路可逃，要拔刀自刎，胡超、段永福、錫伯營馬甲訥松阿、舒興阿等奪刀並生擒張格爾，還活捉其手下8名頭目。張格爾叛亂被討平之後，道光八年(1828年)初，經揚威將軍長齡保奏，奉旨賞加額爾古倫副都統銜，並賞賜恆勇巴圖魯名號，畫其身像，入紫光閣。同年八月，升任喀什噶爾幫辦大臣。
