原則
1．各級預算收入退庫的審批權屬於本級政府財政部門。中央預算收入、中央和地方共享收入的退庫，由財政部或財政部授權的機構批准。地方預算收入的退庫，由地方政府財政部門或其授權的機構批准。
2．預算收入庫款的退付，應按預算收入的級次辦理。中央預算收入退庫，從中央級庫款中退付；地方各級預算固定收入的退庫，從地方各級庫款中退付；各種分成收入的退庫(包括總額分成收入和共享收入的退庫)，按規定的分成比例，分別從上級和本級庫款中退付。
3．徵收機關退付代征代扣稅款手續費款項時，必須按照國家規定的退付比例和審批程式，通過國庫辦理退庫，不得自行從稅款中抵扣。
4．辦理預算收入退庫，必須由申請退庫的單位或個人向財政、徵收機關提出書面申請，經財政或徵收機關審查批准後填開收入退還書，報送國庫退庫。
5．辦理預算收入退庫，必須按照國家規定直接退給申請單位或申請個人，任何部門、單位和個人不得截留、挪用退庫款項。
6．各級國庫在辦理退庫時，必須有檔案依據。
7．各級預算收入的退庫，原則上通過轉賬辦理。對個別特殊情況，需付現金時，財政、徵收機關應從嚴審核後，在收入退還書上加蓋“退付現金”的戳記，由收款人持原繳款書複印件及身份證明，到原繳款國庫辦理退庫。
8．外資企業、中外合資企業和其他外籍人員，以外幣繳納稅款的，因發生多繳或錯繳需退庫時，經徵收機關審查批准，簽發收入退還書時，應加蓋“可退付外幣”戳記。國庫退庫後，應將款項通過銀行劃給經收行，通過“外匯買賣”，按繳款人取款或轉入繳款人賬戶時當天的賣出牌價，折成外幣退給繳款人或轉入繳款單位的外幣存款賬戶。
會計憑證
收入退還書一式五聯。
第一聯：報查聯。由退款國庫蓋章後，退簽發退還書的機關。
第二聯：付款憑證。由退款國庫作借方傳票。
第三聯：收入憑證。由收款單位開戶行作貸方傳票。
第四聯：收賬通知。由開戶行通知收款單位收賬。
第五聯：付款通知。由國庫隨收入日報表送退款的財政機關。
賬務核算
各級國庫按規定退付預算收入時，一律憑收入退還書辦理。辦理時，國庫憑財政、徵收機關填制的收入退還書及相關憑證、相關資料退付，經審查無誤後，以收入退還書第二聯作轉賬借方傳票，按照預算級次、科目，分別從各級預算收入款項中退付。
中央銀行經理國庫退庫的核算
1.總庫退付中央預算收入時的會計分錄
借：中央預算收入退還書第二聯
貸：聯行往來轉賬貸方傳票
2.分支庫退付中央預算固定收人時的會計分錄
借;待報解中央預算收人退還書第二聯
貸：行庫往來或轄內往來轉賬貸方傳票
3.退付中央與地方共享收入時的會計分錄
借：待報解中央與地方共享收入退還書第二聯
貸：行庫往來或轄內往來轉賬貸方傳票
4.退付地方預算收入時的會計分錄
借：待報解地方預算收入——省級戶退還書第二聯(下同)
——地級戶
——縣級戶
——鄉鎮級戶
——地方共享戶
貸：行庫往來或轄內往來轉賬貸方傳票
商業銀行代理國庫退庫的核算
1.代理各級國庫退付中央預算收入時的會計分錄
借：待結算財政款項——待報解中央預算收入專戶
貸：存款中央銀行準備金或轄內往來
2.退付中央與地方共享收入時的會計分錄
借：待結算財政款項——待報解中央與地方共享收入專戶
貸：存放中央銀行準備金或轄內往來
3.退付地方預算收入時的會計分錄
借：待結算財政款項 ——待報解地方預算收入專戶(省級戶)
——待報解地方預算收入專戶(地級戶)
——待報解地方預算收入專戶(縣級戶)
——待報解地方預算收入專戶(鄉鎮級戶)
——待報解地方預算收入專戶(地方共享戶)
貸：存放中央銀行準備金或轄內往來
問題與建議
一、退庫管理程式跟不上
二、退庫管理體制不健全
三、財稅部門本位主義嚴重
四、財稅間制約性能差
五、基層人行國庫組織機構不健全
六、加快基層人行國庫的組織機構建設。
基層國庫預算收入退庫存在的問題[3]
一、退庫業務政策法規滯後，基層國庫監管乏力
二、退庫監管職能定位不詳，國庫難以主動監管
三、財、稅、庫對基層國庫監管認識存在偏差，退庫監管執行不力
四、納稅退還時限長，退稅審核難
五、退庫資金事後監管不到位，容易形成資金風險隱患
問題解決建議
一、完善退庫管理制度及法規，提升基層國庫監管地位
二、建立財、稅、庫的協調機制.提高國庫服務水平
三、建立財、稅、庫計算機橫向聯網系統，提高國庫工作效率
四、強對退庫業務的櫃面監督，嚴把退庫關
五、加大調查研究力度，實現退庫監管的創新
六、強化國庫隊伍建設.提高國庫人員的綜合素質
