據傳,光緒進士梁士詒年輕時曾在此讀書,他後來被授翰林院編修,曾參與袁世凱脅迫清皇室退位的活動,任袁世凱總統府秘書長、交通銀行總理、財政部次長、北洋政府國務總理等職務。
“求通不求直”,民國七年(1918),廣州市拆城牆開馬路,規劃新建的維新路(今起義路)要穿越千頃書院和毗鄰的青雲書院(先賢千乘侯祠),直抵珠江邊。當時梁士詒和梁啓超電告廣東政府,要求保留“梁千乘侯祠”,最後得以保留。民國九年(1920),青雲書院在與市政局力爭無效的情況下,被拆毀割讓包括西齋昌後堂三大座在內將近一半的面積。
青雲書院由於建造年久,又疏於管理,屋頂雜草叢生,損壞嚴重。近年,廣州市越秀區政府對該書院進行全面修復。據史料,青雲書院屬於北京路書院群一部分,歷史上,越秀區轄區內、北京路步行街的清代書院群是培養英才俊彥的搖籃,當年以廣州府衙為圓心,半徑為公里的範圍內(3.2平方公里),集中了3個學宮,5所省級書院,1所府級書院,2所縣級書院,數百間宗族祠書院。這些書院成為國內罕見的高密度的歷史人文景觀。據《廣州越秀古書院》記載,清代廣州書院在數量上居全國之首。