民國30年底,研究院與仁濟醫院均被日軍占領,人員及儀器設備散失。1945年日軍投降,英人無力恢復研究院,研究工作近於停頓。
1954年,根據該院保產委員會的請求,市人民政府予以接管,並移交給輕工業部工業試驗所。1957年改名上海醫藥工業研究院。
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