本著“立足雲南、服務全國、面向東南亞”的原則，實行“開放、流動、聯合、競爭”的運行機制，圍繞我國畜牧產業發展`急需解決的重大科技問題，開展嚴重危害我國及南亞次大陸的熱帶、亞熱帶動物病毒性傳染病的病原基本特性，疫病發生、發展、分布、流行規律，疫病監測預警技術，新型疫苗及綜合防制技術措施等領域的基礎、套用基礎和套用開發研究。
重點實驗室主任張念祖（中國共產黨黨員）研究員，博士生導師，國家有突出貢獻專家。主持A類跨國疫病（藍舌病、動物重大疫病）研究。1979年首次分離病毒確診藍舌病（七號病）。系統研究藍舌病流行、分布規律，確定我國存在7個型，與澳洲毒株同源。闡明免疫機理，建立國家診斷規程8項，研製4種疫苗，控制該病減少損失1.32億元。開拓中國藍舌病研究領域。主持動物重大疫病病原監測、分子流行病學、免疫研究。建立種毒庫，分離流行毒89株，揭示我國O型有四個基因群和Asia-1型毒的變異趨勢及動物重大疫病病原多樣性。針對我國動物重大疫病苗質量，主持與內蒙合作，研製牛O型動物重大疫病JMS/02/00滅活疫苗及產業化，獲生產文號，生產13.7億毫升，產值2.47億元。Pirbright實驗室檢測達國際標準，國內1/3地區使用；研發Asia-1及O型二價苗獲臨時文號；指導新疆Asia-1及O型二價苗研究取得文號，為控制動物重大疫病做出貢獻。創建雲南省、農業部熱帶亞熱帶動物病毒學重點實驗室，聯合國FAO東亞跨國動物疫病緊急防禦合作中心及國家外來動物疫病診斷實驗室。主持國際項目6項，資助2千萬元。主持國家科技攻關項目7項，省部級項目多項。獲國家省部獎18項（國家二等獎、三等獎各一項，省部一、二等獎5項）。公開論文70篇，培養碩士35名，博士6名。
1991―2005年期間重點實驗室承擔國家科技攻關項目8項，國際合作項目6項，省院省校合作項目1項，省攻關及自然科學基金項目18項，與國內相關組織間的合作項目15項。主持評審通過重點實驗室開放基金課題22項。
在1991―2005年期間獲國家科技進步二等獎1項，三等獎1項。雲南省科技進步一等獎2項，雲南省技術發明二等獎1項，雲南省科技進步三等獎6項。主持、承辦、參加國際學術會議10餘次，舉辦與項目相關的各類培訓十次，培訓高、中級獸醫人員達430人。為我國從事重大動物疫病研究，人才培訓及國際合作和與國內相關組織合作的專門機構。在國內外發表論文200餘篇。
