博物館內景新館主體建築平面呈回字形，取意於雲南“一顆印”式傳統民居建築；外觀顏色為紅銅色，意在體現雲南“有色金屬王國”的美稱；貫穿多層的狹長縫造型，喻意“石林”，蘊含石林風化體態，散發自然風采。
新館的入口通道呈由窄至寬的喇叭形，到達大廳有一種豁然開朗的感覺。通道上空採用“一線天”的設計，並有一幅巨大的金飾片作為裝飾，金飾片上的圖案取自滇王墓出土的文物。
新館大廳寬敞明亮，包含了問詢台、遊客中心、咖啡廳、文創產品商店、衛生間等服務場所以及供舉辦影視、學術活動的報告廳。最大亮點為懸掛於中庭右側的“玻璃盒子”建築，據云南省博物館法人代表、主持工作副館長戴宗品介紹，該“玻璃盒子”的二樓將設定成兒童體驗中心，三樓則為中國文化體驗中心，以完善觀眾的參觀體驗。
在景觀方面，新館內外大量採用雲南本土的多種門類植物，各種植物達100餘種，並輔以水景元素，彰顯雲南“植物王國”的獨特魅力。中庭四個不封頂的天井內種植著茶花、檳榔、竹，在滿足綠化的同時，達到了引入自然光，補充大堂採光的作用。通過科學巧妙的設計，主樓實現了對自然光的有效利用，在達到節能環保目的同時，滿足觀眾渴求貼近自然、回歸淳樸的心理訴求。因此，新館是一座“會呼吸的博物館”。
防震技術強大文物保護工作科學嚴格
新館自地下一層起的主體建築實際上是置放在166個橡膠隔震支座之上。為達到防震的最大效果，主體建築與四周建築體間有60厘米寬的抗震緩衝縫，稱之為“防震縫”。據戴宗品介紹，這樣的防震設計使得新館建築可以承受住不低於汶川地震強度的地震。
在文物保養方面，文物庫區對溫度和濕度環境進行嚴格控制，日常溫度設定為16-22攝氏度，濕度設定為55%左右。在消防、安防方面，庫房門的關閉時間作了嚴格規定，防火系列採取了噴淋、粉末兩道保護措施；防盜系列則採用門禁系統及其輔助措施，另外在庫房區重要位置還有保衛人員24小時值守。
雲南省博物館入口處據戴宗品介紹，新館配備有12名經過公開招聘、精挑細選而來的專業講解員，講解語言包括中文、英文、西班牙語等。
新館還充分展現了人性化關懷。各展廳間留有過渡區域，以緩解觀眾視角疲勞。中庭大堂地面裝置了現代化的地暖系統，觀眾可以在溫暖的空間環境中參觀、休閒、娛樂。
在交通方面，戴宗品表示還未有能從市中心區直達新館的公交專線，但是博物館方面已經在和交警及公交公司溝通，希望能儘快完善公共運輸服務。
對於有私家車或者腳踏車、電動車的民眾，新館已配備了340個地下停車位、220個地面停車位和10個大巴車位，還有專門的400個腳踏車、電動車停放位，並且提供充電服務。停車服務並不免費但是會保證收費合理低廉。
