歷史沿革
2012年，保護區經國務院批准升級為國家級自然保護區。
地理環境
位置
雲南元江國家級自然保護區保護區位於雲南省中南部，玉溪市元江縣境內，地理坐標為東經101°21′24″～102°21′12″，北緯23°19′12″～23°46′12″。
地質
從大地構造單元的劃分來看，保護區正處在兩大一級構造單元的結合地帶，即大體以紅河深斷裂為界，西部為蘭坪—思茅褶皺系的中間部分，東部為揚子準地台的一部分。第三紀中新世以後的喜馬拉雅運動對本區影響巨大，哀牢山與滇中高原的抬升，隨著元江的不斷加深的切割，造成山川相間高差巨大的地貌格局。第四紀以來，新構造運動對元江繼續深切，兩側山體不等量上升，對元江地區地形有極大影響。
地貌
雲南元江國家級自然保護區雲南元江國家級自然保護區地貌格局，受兩深大斷裂帶的控制非常明顯。自然保護區所屬各片，為元江河谷的局部斷陷寬谷段併兼有哀牢山和滇中高原邊緣山地的特徵。保護區主要為山地地貌，屬哀牢山東坡與滇中高原西側的構造侵蝕山地，平均在海拔1800～2000m之間，最高峰為元章巴部的阿波列峰，海拔2580m。元江縣境內無大型壩子，保護區內只有斷陷侵蝕寬谷地貌。為與元江走向一致的狹形盆地和兩邊的階地。保護區內除少數河流發育有寬谷外，河道兩側均為“V”形峽谷，其中以小河底河、清水河峽谷最典型。值得提到的是元江寬谷海拔較低，與四周山地相對形成低洼環境（最低點為元江與小河底河交匯處海拔328m），對形成乾熱河谷氣候創造了條件，直接影響了植被類型的複雜與特殊性。
氣候
雲南元江國家級自然保護區處於東南暖濕氣流與西南暖濕氣流的背風雨影區，氣候越過山脊後下沉產生焚風效應，形成元江的氣候特殊性。以元江氣象站（海拔396.4m）的長年記錄，其氣候特徵如下：
氣溫：長夏無冬
元江壩區年平均氣溫23.7℃，最熱月平均氣溫28.6℃，最冷月平均氣溫16.7℃，≥10℃活動積溫8708.9℃。元江縣的極端最高氣溫為42.3℃。元江縣的中山峽谷地貌，氣溫的垂直變化明顯，以海拔每升高100m，氣溫下降6℃左右推算，保護區由山地的氣溫垂直情況是：海拔1000m以下的河谷地帶，年平均氣溫在20℃以上，最熱月平均為22～25℃，最冷月平均在10°以上，是乾熱河谷典型的植被和殘存的熱性森林的集中分布區域。海拔800～2100m之間的山地，年平均氣溫是15℃左右，最熱月平均在20℃以下，最冷月平均在8℃以上，是季風常綠闊葉林、半濕潤常綠闊葉林的分布區域。海拔2200m以上，則屬溫涼性氣候，是中山濕性常綠闊葉林分布區域。
濕度：乾濕季分明
保護區所在地是雲南省的少雨地區之一，年降水量800mm左右，而年蒸發量達2750mm，年平均相對濕度68%。元江氣象站記錄多年平均值是雨季（5～10月）降雨量649.0mm，占全年降雨量的81%；乾季（11～4月）降雨量152.2mm，占全年降水量的19%。
日照：最大值出現在春季
保護區所在地的年日照時數在2200～2400小時，每年平均數為2261.7小時。日照時數的一年中月變化情況是1～5月份均超過200小時，6～12月份均低於200小時，平均最大值出現在3月份達大250小時，最小值在6月份，為162.4小時。與日照情況相一致，太陽總輻射量最大值也出現在春季，約占全年總輻量5000～5500兆焦耳/m的30%以上。
水文
河流
元江河谷呈乾熱狀態，山地地表水較豐富。保護區皆屬紅河（元江）水系，由元江幹流及發育於兩側山地上的眾多河流組成保護區水系網。
元江，源於大理州巍山縣境內，元江縣以上分段稱禮莊江、石羊江、戛灑江、漠沙江，元江段以下稱紅河，南流在河口縣出境入越南，于海防匯入此部灣。元江在縣境內流程79.52km，流域面積2299km，洪水期流量4300 m/s，枯水期4.1 m/s，平均流量177m/s，洪枯變化極大。元江在保護區及附近的一級支流有清水河（源於縣內的章巴老林一帶，年平均流量7 m/s，洪水期流量可達390m/s），南溪河（源於縣內的老溪老林一帶），以及發源於峨山縣的小河底河（上游稱清香河、化念河，經元江稱小河底河，在元江、石屏、紅河三縣交界處匯入元江，是在元江三個支流較大的一支洪水期流量可達1400 m/s）。
地下水
元江谷地雖屬乾熱河谷，但山體上部降水仍較豐富，加之山上部分植被覆蓋度較好，易於水源涵養。變質岩和沉積岩為主的山地，有利於儲水和集水出露，裂隙泉水較多。
土壤
土壤類型。根據中國土類分類，自然保護區內的天然土壤，可劃分為4個土綱，5個土類和5個亞類。即鐵鋁土土綱的赤紅壤與紅壤土類，淋溶土土綱的黃棕壤土類，半淋溶土土綱的燥紅土類，初育土土綱的石灰土類。
植被
（1）熱帶雨林。保護區熱帶雨林中，有山地雨林1個亞型，含粗穗石櫟林、千果欖仁林兩個群系，2個群叢為：粗穗石櫟林和千果欖仁林、茶條木林。元江自然保護區的山地雨林的海拔高度大致為1600～1700m，顯然高於雲南山地雨林普遍分布的海拔高度。並且，保護區內的山地雨林群落大都在群落中出現大量季風常綠闊葉林成分、群落中有一些次生物種等。
（2）季雨林植被型有半常綠季雨林1個亞型、4個群系、7個植被群叢。分布在曼旦、西拉河等600～1000m的範圍。
（3）常綠闊葉林植被型中有3個植被亞型14個群系、16個群叢。保護區河谷地帶氣候乾熱，發育乾熱河谷植被；海拔1000m以上，氣候逐漸濕潤，由於熱量豐富，形成了多種常綠闊葉林。季風常綠闊葉林主要分布在章巴望鄉台片，海拔約2000m左右。
（4）硬葉常綠闊葉林植被型中，有乾熱河谷硬葉常綠櫟林1個植被亞型，兩個群系。
保護區是中國硬葉林分布的最南區域，其硬葉林的分布海拔為中國硬葉林分布的最低海拔。保護區內的硬葉林主要分布在西拉河、普漂片區、曼旦片區等河谷及其支流上方，海拔範圍為700～1000m。
（5）落葉闊葉林植被型中有兩個植被群系分別為栓皮櫟林和水青樹林。栓皮櫟群落主要分布於清水河，海拔1200m左右，多為過去當地人放牧和砍柴的地方，後來由於被納入保護區，就沒有人為破壞，所以植被恢復得比較好。元江自然保護區內的水青樹分布較少，主要分布在元江章巴片區及章巴片區。一般不形成大片群落，而是成點狀零散分布，並且只出現在海拔2100m以上的區域。
（6）暖性針葉林植被型中有暖熱性針葉林、暖溫性針葉林兩個植被亞型，3個群系：即思茅松林、雲南松林和雲南油杉林。思茅松在自然保護區西拉河附近海拔1053～1100m的範圍有分布；雲南松林分布在海拔約1900m以上的局部區域；而保護區內雲南油杉分布在海拔約1300～1400m左右的局部區域。
（7）稀樹灌木草叢植被型中有1個植被亞型，即乾熱性稀樹灌木草叢，4個植被群系。
元江自然保護區的稀樹灌叢屬於乾熱性稀樹灌木草叢亞型，分布在普漂、曼旦、施底新村、農場六大隊片區，一般不形成大片群落，而是成片狀斷續小片狀。群落結構主要是以草本為主，其蓋度常達80%以上，草本的主要成分為黃茅。灌木稀少，或不成層次，夾生在草叢之中。分布於自然保護區海拔350～890 m之間。乾季群落呈現一片枯黃景色，雨季前後又重新返青而茵綠。
（8）灌叢植被型中有乾熱河谷灌叢1個植被亞型、霸王鞭和黃花稔兩個群系。
區域範圍
截至2012年，雲南元江國家級自然保護區由兩個片區組成，即元江東岸片區（以下簡稱江東片區）和章巴望鄉台片區（以下簡稱章巴片區），保護區總面積22378.9公頃。
保護目標
保護對象
雲南元江國家級自然保護區雲南元江國家級自然保護區主要保護對象是中國乾熱河谷最典型的河谷型薩王納植被、較完整的山地常綠闊葉林和豐富的珍稀野生動植物資源。
植物資源
雲南元江國家級自然保護區有維管束植物206科931屬2303種。其中蕨類植物40科96屬223種；裸子植物3科4屬8種；被子植物163科831屬2072種。
其中蕨類植物區系屬於熱帶亞熱帶性質，植物屬的地理成分以泛熱帶分布和東亞分布最多，分別占總數的34.6%和28.3%；植物種的地理成分以東亞分布和熱帶亞洲分布最多，分別占45.6%和31.1%。種子植物有明顯的熱帶性質，植物屬和地理成分熱帶性質分布的占67.7%；植物種的地理成分熱帶性質分布的占65.5%。雖然保護區內隨著海拔的升高，植物區系的溫帶成分逐漸增多，但熱帶成分仍然很高。
動物資源
獸類
保護區記錄到獸類動物97種，列入國家Ⅰ級重點保護的有：灰葉猴、蜂猴、倭蜂猴、熊猴、金錢豹、雲豹、林麝和中國穿山甲等8種，列入國家Ⅱ級重點保護的有黑熊、水獺、金貓、中華鬣羚、川西斑羚、斑靈狸、水鹿、獼猴、短尾猴、豺、青鼬、小爪水獺、江獺、大靈貓、小靈貓、叢林貓等16種。
鳥類
保護區已記錄到的鳥類動物58種。其中留鳥179種（亞種）、夏候鳥24種（亞種）、冬候鳥51種（亞種）、旅鳥4種（亞種）。列入國家Ⅰ級重點保護的鳥類動物為綠孔雀，列入Ⅱ類重點保護的有白鷳、原雞等24種。
兩棲爬行類
保護區已記錄到的兩棲類的動物53種，爬行類動物71種，列入國家Ⅰ級重點保護的有巨蜥、蟒蛇和黿等3種，列入Ⅱ級重點保護的有虎紋蛙、紅瘰疣螈、山瑞鱉、大壁虎等4種。
魚類
保護區共有魚類34種，其中鯉科20種，鰍科2種，平鰭鰍科2種，魚兆科3種，魚嘗科2種；鮎科和鬍子鮎科各1種，刺鰍科1種。暗色唇魚表被《中國瀕危動物紅皮書》列為稀有種類。並於1989年還被列入雲南省級保護動物。
昆蟲
保護區記錄到昆蟲類132種，隸屬於4目23科。
（以上數據統計於2013年）
保護價值
生態系統多樣性的保護與科研價值
保護區植被具有明顯的垂直分布特色，保存著多種生物氣候帶的典型植被類型。特別是截頭石櫟、紅木荷等為優勢的季風常綠闊葉林，不僅有雲南亞熱帶南部季風常綠闊葉林的共同特點，而且因其分布海拔偏高，一定程度上帶有雲南亞熱帶北部半濕潤常綠闊葉林的成分，體現了過渡性，有著科學研究的積極意義，並因已殘存面積較為分散，多處於溝谷地帶，更具保護價值。
物種多樣性的保護與科研價值
生態環境的多樣性必然導致物種的多樣性。按《中國自然保護區建設與管理》（薛達元、蔣明康著）一書中的生態評價標準，當高等植物在2000種以上或高等動物在300種以上，則可認為是生物多樣性極豐富的保護區。元江自然保護區的高等植物的種類、數量均已超過這一指標。
生態功能的保護價值
森林植被具有水源涵養、水土保持和調節氣候最佳化生態環境的功能。組成原保護區的七個片區均分布在元江兩側大小支流的上游，當初劃定自然保護區時就是以重點地區水源林為目的而建立的。為遏制生態環境惡化、維護元江經濟發展中工農業用水和能源建設，元江縣委縣政府曾提出 “保水保電先保林”的口號。隨著科學考察和生態建設等工作的進一步開展以及認識的深化，1989年8月元江縣十屆人大第16次常委會通過了《元江哈尼族彝族傣族自治縣自然資源保護區暫行條例》，充分體現了自然保護區在生態 功能上的保護價值。
