公司歷程
2005年12月，中信21CN與政府簽訂建立特殊藥品監控系統協定。2006年4月，中信21CN中國藥品電子監管網正式上線。
2007年10月，特殊藥品監控系統正式開通，麻醉藥品和第一類精神藥品全部納入監管。
2008年5月，特殊藥品監控系統更名為“中國藥品電子監管網”；11月，第二類精神藥品、血液製品、疫苗、中藥注射液全部納入中國藥品電子監管網。
2010年7月，中國藥品電子監管網基本藥物入網啟動。
2011年4月，基本藥物入網完成。
2012年4月，正式啟動了醫療衛生機構和零售藥店的藥品電子監管，將藥品監管從生產、批發環節延伸到了使用單位，形成了全閉環的電子監管；8月，應國家食品藥品監督管理局的要求，正式啟動了進口藥品的電子監管。
2014年2月，阿里健康啟動醫療機構處方電子化試點；7月，阿里健康正式啟動“藥品安全計畫”；10月，阿里巴巴和雲鋒基金入主中信21CN，正式更名為阿里健康。
2015年4月，阿里巴巴宣布轉讓天貓線上醫藥業務的營運權給予阿里健康，交易完成後，阿里健康將成為阿里巴巴集團子公司。
2015年7月27日，阿里健康宣布與中國太平洋保險旗下太保全聯健康保險股份有限公司簽署戰略合作協定，探索網際網路健康險產品，開發商業保險健康服務新模式。阿里健康和太保全聯合作後，除了把太保全聯健康險產品實現線上投保、理賠申請、審核、直付等線上流程，還會針對網際網路的需求和場景開發新產品，其中包括為在阿里健康雲醫院就醫的患者設計產品。
2015年10月15日，阿里健康對外宣布，攜手國內最大打車平台嘀嘀在北京、上海、杭州、南京等四個城市推出醫生上門的服務。阿里健康（0241.HK）和滴滴出行、名醫主刀共同宣布，在2015年10月18、19日兩天，在北京、上海、杭州、南京四個城市推出“一鍵呼叫醫生，隨車上門諮詢”的免費服務。即，打開滴滴出行APP後，就能在順風車、快車右側看見“叫醫生”的選項。當用戶處在上門醫生的服務範圍時，即能看到滴滴醫生專車信息。用戶發出請求後，會接到醫生的電話溝通了解用戶的基本信息，待確認需要上門的服務後，醫生即刻搭乘帶有“滴滴醫生”車貼的滴滴專車上門的服務。
2016年2月21日，藥品電子監管網運營商——阿里健康(00241.HK)發布公告，披露了“有關藥品電子監管網業務未來運維的內幕訊息”。阿里健康表示，公司正在與國家食藥總局討論藥品電子監管網的移交事項。
2016年2月23日上午，阿里健康通過微博發布聲明，宣布啟動向國家食藥監總局移交藥品電子監管網系統事宜，並回應了承接藥品電子監管網運維期間引來的眾多非議。阿里健康方面表示，一但未來國家需要，阿里健康會堅決再次站出來扛起企業應該承擔的社會責任。
2016年4月1日，阿里健康發布公告，宣布已放棄收購阿里巴巴旗下線上大藥房業務。
2016年6月22日，阿里健康與保定市衛計委簽署《保定市網路醫院合作框架協定》。
2017年5月19日，阿里健康宣布與阿里巴巴集團簽署股份認購協定，阿里巴巴集團將天貓平台“藍帽子”保健食品線上業務注入阿里健康，阿里巴巴持股比例將從約37.9%上升到約45.8%。
2018年3月13日至3月31日，廣州醫藥集團有限公司聯合阿里健康、菜鳥物流網路，以及多家醫藥企業啟動的大規模家庭過期藥品線上回收公益活動。全國17個重點城市的消費者可通過手機掃碼，獲取家庭藥品是否過期等信息，併線上填寫住址信息，預約快遞員上門，完成過期藥品的免費回收。
2018年4月11日，阿里健康引入狂犬疫苗生產企業成都康華生物，填補阿里健康在疫苗方面的服務空白。
2018年4月16日，國際醫學(000516)與阿里巴巴及其旗下的阿里健康簽署了《“新醫療”創新合作協定》及共同投資建設“阿里健康西安高新網際網路醫院”、共建“醫學人工智慧實驗室”等協定，協定簽訂後，雙方將在“網際網路+醫療健康”領域開展一系列創新與合作。
2018年4月25日，阿里健康對外宣布，將整合其體檢、問醫、購藥等健康領域的服務能力，以線上“阿里醫務室”的方式，為企業用戶提供一站式健康解決方案。當天，阿里健康在釘釘企業服務市場開啟“阿里醫務室”，面向釘釘上超過500萬家企業和組織提供健康體檢等相關服務。
2018年5月8日，阿里健康與國家級醫療健康大數據平台、科學技術文獻出版社、北京大學腫瘤醫院等多家政府、醫療機構宣布啟動權威醫學智庫“醫知鹿”。
2018年5月29日，阿里健康與阿里巴巴集團簽署協定，以大約18.28億阿里健康股份，即106億港元的價格收購天貓醫療器械及保健用品、成人用品、醫療和健康服務等業務。
產品服務
健康醫院
雲端的系統使醫生可以“隨時隨地”開展工作，無需自建系統，自己維護；標準化管理+智慧型診斷，減少不必要檢查平台內診斷所相互轉診，互認檢查結果；提供全方位的輔助功能，方便醫生專心執業；
健康App
阿里健康App-大眾版：健康服務平台，專為手機用戶開發，用戶隨手拍處方上傳，諮詢藥品信息，由用戶附近多家正規大型連鎖藥店進行回響，為用戶提供安全便捷的藥品服務。平台已有多家藥店進駐，用戶可查詢藥店地址、電話、營業時間等信息，查看是否支持醫保報銷等，用戶根據實際情況選擇便宜、快捷的藥店。
阿里健康App-藥店版：國內唯一可諮詢處方藥品和OTC非處方藥品的平台，從源頭擴大了平台可諮詢藥品的業務範圍，保障了用戶資源。實時的信息傳送機制，使藥店可以快速接收諮詢用戶的諮詢信息。便捷的操作，如回響諮詢、掃碼快速結單等功能，成為藥店方便快捷的藥品操作平台。
數據平台
流通效率；商業評估；竄貨管理；藥品流向查詢。
監管平台
中國藥品電子監管網是國家藥品監督管理局對藥品生產、流通實行電子監管的信息網，是搭建在“公共信息服務平台”上的無縫覆蓋的網路系統，是政府監管部門實施電子監管的手段和工具。
財務狀況
阿里健康2016年6月23日，阿里健康發布年度業績，截至3月31日，阿里健康本財年錄得收入5660萬元，同比增長90.3%；淨虧損1.916億元，較上年擴大135.9%。
2017年5月，阿里健康發布公告披露2017財年業績，在截至2017年3月31日的財年內，集團錄得收入4.75億元人民幣，毛利1.87億元人民幣，同比分別顯著增長739.4%和392.8%。母公司擁有人應占虧損2.08億元人民幣，較上年同期虧損1.92億元人民幣增加8.36%。集團經調整後虧損淨額（撇除股權激勵費用後本年度虧損）同比大幅下降39.1%至9833萬元人民幣。[12]
2017年11月15日，阿里健康發布截至2017年9月30日業績。業績顯示，阿里健康收入8.897億元，毛利2.555億元，同比分別增長1516.9%和437.5%。
人事調整
2015年4月，阿里健康公告宣布最新人事任命，吳泳銘擔任阿里健康董事會主席兼非執行董事，王磊擔任阿里健康CEO兼執行董事
2017年12月29日，蔡崇信及黃愛珠辭任阿里健康公司之非執行董事，張彧獲委任為阿里健康公司非執行董事。
公司事件
2015年12月10日，雙12前夕，阿里研究院和阿里健康聯合發布了首份基於阿里零售平台大數據的《阿里零售平台健康消費報告》(以下簡稱《健康消費報告》)。報告顯示，中國人在健康消費上的開支相較於其他領域，正在加速增長。2014年阿里零售平台上健康消費總額達650.2億元，較2013年同期增長62.5%，高於網路零售50.8%的整體增速。與此同時，2014年健康消費人數較2013年的6820萬人增長63.5%，達1.11億人。
《健康消費報告》的數據顯示，沿海經濟強省廣東、浙江、江蘇在2014年健康消費支出總量上位居全國省份排名前三位。但是，中部省份也在迅速趕超，湖南、河北、江西，以112.4%、92.5%和86.7%分別位居健康消費支出增幅的前三名。
2016年1月25日，湖南養天和大藥房（以下簡稱“養天和”）委託律師將訴狀遞交到了北京市第一中級人民法院，將國家食品藥品監督管理總局（以下簡稱“食藥監總局”）告上法庭，劍指食藥監總局“官商勾結”，通過行政違法行為與阿里合謀牟利。接近阿里健康的人士反駁稱監管碼觸碰了藥店的“灰色利益”。各執一詞的紛爭背後，隱藏著關於國民健康的數據安全危機。
2016年1月27日，本報刊發了《藥店告狀牽出阿里數據壟斷》，報導民營藥店養天和狀告國家食品藥品監督管理總局（以下簡稱“食藥監總局”）與阿里健康“官商勾結”。風波發生的第二天，事件持續發酵。食藥監總局昨日上午召集了眾藥企召開緊急座談會，副局長孫鹹澤親自坐鎮，與企業商討實施藥品電子監管碼的糾紛解決方案，上演了一場利益博弈的“暗戰”。據參會企業向北京商報記者透露，會議最後，孫鹹澤表態，將收回阿里健康對藥品電子監管系統的運營權。
2016年1月，阿里健康因一則罕見的“民告官”案件再度被推向了公眾視野，某藥店直指食藥監總局與阿里健康“官商勾結”，涉嫌行政壟斷，並濫用行政權力開展不正當競爭，認為雙方合力通過行政違法行為謀取私利。一時間，阿里健康被迅速“扒皮”，成為眾矢之的。阿里健康顯得略有委屈，發布澄清公告稱並未從食藥監總局收到停止運營藥品電子監管網的任何通知，但並未明確回應是否存在數據壟斷、與公職機構合謀牟利等問題。目前來看，阿里健康這種避重就輕的回應方式，仍難以消除市場對它的各種質疑。
2016年2月24日晚間，阿里健康再發聲明。針對前一日19家藥品零售企業要求徹底廢除藥監碼聲明中對阿里運營藥檢碼的質疑，阿里稱藥品零售商所指阿里竊取數據、不公平競爭、綁架公權力是莫須有的攻擊，將用法律維護自身權利。
2016年3月28日，阿里健康發布公告宣布，以2.25億元人民幣增資華潤萬東旗下萬里雲公司，同時，阿里健康將持有萬里雲25%的股份，並擁有萬里雲董事會5名成員中的2名董事提名權。當天同時掛出的萬里雲公告指出，“萬里雲業務經過前期的探索和驗證，開始進入快速發展期，接入客戶數量和上傳影像數據量迅速增長。”公告表示，通過本次合作，萬里雲將阿里健康在網際網路醫療領域的優勢與公司在中國醫學影像行業60年的積累有機結合，開拓第三方影像中心業務，開展2B、2C遠程醫學影像診斷及相關服務，在病患、基層醫院、影像中心、影像專家、設備廠商等之間形成高效專業的連線，提供創新型影像價值，構建醫學影像大平台。
2016年3月30日，聚划算聯合阿里健康開團試管嬰兒服務。
2016年4月26日，阿里健康宣布正式推出“父母關懷計畫”，針對慢性病老年人群提供智慧型化的慢病管理服務。
2016年5月16日，阿里健康對外宣布將“建設開放的、市場化的第三方追溯平台”。
2016年7月6日，阿里健康發布公告稱，旗下全資附屬公司阿里健康科技（北京）將以代價1680萬元，收購廣州五千年醫藥連鎖有限公司的全部股權。
2016年9月12日，阿里健康在召開的股東特別大會上，正式通過阿里健康與天貓簽署運營服務協定一事。天貓醫藥正式併入阿里健康。
2017年9月28日，有創業者在“知乎”平台爆料稱，阿里健康和手機淘寶團隊以合作為名拿走該創業團隊的技術方案，全盤抄襲其App。
榮譽記錄
2017年1月3日，2016中國上市公司市值500強榜單出爐，阿里健康排名第374。
