開端
羅馬教廷遷至阿維尼翁始自13世紀末法國國王腓力四世與教皇卜尼法斯八世為爭奪統治權及教會財產的鬥爭。法國國王腓力四世繼位後依靠武力將許多伯爵領地併入王室，成為法國第一個專制君主。
他為了統一法國和對英國作戰的需要開始向教會神職人員徵稅。此舉嚴重地侵害了教皇利益，因為它勢必減少教皇的收入。於是教皇卜尼法斯八世於1296年發布通諭宣稱，世俗君主無權對教會及神職人員行使權力。史稱《一聖教諭（A holy duarul）》這份教諭成為了法梵兩國的導火索。
法國國王腓力四世而腓力四世則針鋒相對，索性禁止法國貨幣出境。隨後，法王又於1301年將法國大主教以叛國罪投入監獄，兩年後，腓力四世又派人攻入教皇住所，將卜尼法斯凌辱毆打一頓，致使其幾周后便死去。1305年，在腓力四世的壓力下，一名法國主教當上教皇，取名克雷芒五世。
發展
由於懼怕義大利人的反對，克雷芒五世始終未去梵蒂岡，並於1309年將教廷遷至在法國控制下的義大利北部緊靠法國邊境的阿維尼翁。與此同時，教皇同意法國國王有權向教會和神職人員徵稅，解散擁有大量財產的聖殿騎士團，並通諭承認世俗王國是由上帝直接設立的，法國人如同舊約時代的以色列人一樣，是神的選民。
阿維尼翁修道院（教皇宮）在此以後的70年間先後擔任阿維尼翁教皇的有約翰二十二世、本篤十二世、克雷芒六世、英諾森六世、烏爾班五世和格列高利十一世。這幾個人全是法國人，並且大都是在法國國王的干預下當選的。他們全都依附在國王的權勢之下，並且把整個教廷和紅衣主教團都置於法國的控制之下，尤其是阿維尼翁教皇大都貪婪無度，道德敗壞，使這一時期成為教皇史上最黑暗的時期。因而阿維尼翁教廷被人文主義者佩特拉克斥之為“全世界的臭水溝”。但阿維尼翁教廷在擴大傳教範圍、興辦大學教育、制定教會法典等方面也曾有所建樹。特別是被後世稱為“蠢驢教皇”的本篤十二世，他不僅設定了總理執事這一對後世影響深遠的教職，更不顧法王和紅衣主教們的反對而設立了異端審問局這一在後世會起到重大作用的機構，可謂厥功甚偉。但基督教會在這一時期逐漸走向分裂已成為不爭的事實。
結束
1370年，格列高利十一世當選為教皇后，義大利出現社會動盪，特別是羅馬城內出現的騷亂直接威脅著教皇國的生存，於是他決定率兵返回羅馬以穩定局勢。1377年格列高利十一世率兵從海路進入羅馬，平息義大利的內亂後在聖彼得大教堂再次舉行加三重冠禮。宣布自己為正統的羅馬教皇。至此長達半個多世紀的阿維尼翁教皇期結束。
