阿爾法軍團的標誌——三頭中國龍在所有背叛的軍團中，阿爾法軍團是最不為人知的。這支軍團擅長機密行動,間諜網路,以及離間計，他們喜歡同時從不同方面來打擊敵人。
神秘莫測的早期歷史
艾法萊尼阿爾法軍團的基因原體的過去的出身一樣十分神秘，艾法萊尼和他的軍團以保密聞名，甚至連他們的SpaceMarine兄弟們也對他們了解甚少。艾法萊尼是最後一個在何露斯背叛之前被找到的基因原體。
艾法萊尼是在聖戰(GreatCrusade)結束和何露斯背叛之間的時間被發現的。一支影月之狼(LunaWolves)的偵查隊正在觀察一個新的銀河系時突然被一堆輕型戰機攻擊。雖然這些戰機的設計十分原始，但那些攻擊機
阿爾法軍團的強力戰士何露斯留下來帶領在艦橋上的防禦。根據記載，有五個人沖入了艦橋。何露斯打爆其中四個人的頭，但是第五個人一樣閃開了爆彈槍的子彈。其他守衛的攻擊雖然減慢他的速度，但是沒有阻止他。他在要抓住何露斯喉嚨的前一刻停住，發現對方原來是自己的兄弟。聖戰
何露斯並沒有馬上把艾法萊尼送回去見皇帝。他訓練了艾法萊尼，有時候讓他擔任影月之狼的戰術指揮。他對艾法萊尼的技巧和足智多謀感到印象深刻。同時艾法萊尼也對何露斯的軍事能力感到敬佩。
後來，艾法萊尼被送去會見皇帝，但是他們兩個並沒有相聚很久因為帝國管理的需求。艾法萊尼很快就得到了第二十支SpaceMarine軍團的指揮權，也就是阿爾法軍團。
阿爾法軍團是最後一支為了聖戰創造的SpaceMarine軍團。艾法萊尼想要趕快證明自己的能力。他們第一場戰役十分的成功，且艾法萊尼善用的戰術很快的就被整支軍團給精通。艾法萊尼認為最好的攻擊模式是由很多種不同的方向一起攻擊，並且讓指揮官有最多的選擇權才是通往勝利的道路。沒有任何一批阿爾法軍團的軍隊在沒有備用計畫的情況下攻擊，他們隨時都準備從側面或是運用滲入行動攻擊敵人的弱點。
根據書上記載，艾法萊尼不停的訓練手下的軍官，鼓勵他們獨立思考並聽從他們的意見。他不停的給他的軍官各式各樣的挑戰，有時候甚至會突然從戰場上消失的方式來使他的軍官及部隊更能夠適應臨場應變的能力。有時候，他會完全消失一陣子來評估阿爾法軍團在沒有指揮官的情況下的表現。
血雨腥風的戰史
太史塔事件在一場和U團(Ultramarines)的基因原體羅伯特．基里曼(RobouteGuilliman)的爭論後，艾法萊尼更努力的鞭策阿爾法軍團。找尋更困難的挑戰來證明基里認為阿爾法軍團永遠都無法和無限戰士相比的想法是錯的。他知道自己沒辦法和他們打贏戰爭的次數相比，所以阿爾法軍團尋求打贏的戰爭的品質。
太史塔是第一個被選為"高品質勝利"的目標，一個極度反對帝國統治的世界，艾法萊尼延遲了進攻整整一個禮拜，在這段時間中，防禦的軍隊有足夠的時間可以在太史塔的首都強化防禦工事。根據估計，當地至少有一百萬名士兵準備抵擋SpaceMarine的攻擊。
阿爾法軍團發動攻擊，將火力集中在幾個重要的區域。當進攻部隊登入時，事先在滲透行動中被藏好的炸彈被引爆了。讓被攻擊的區域和增援隔絕，當地的民兵採取了各式各樣的反制行動，但是這些早就都被神機妙算的阿爾法軍團給料到並化解了。在一個禮拜內，在只損失一些些SpaceMarines的情況下防守軍損失了百分之九十的戰力。
原本準備因為這場決定性的勝利而接受歌頌的艾法萊尼反而受到其他保守的基因原體譴責。公開聲明這場戰役根本就是"浪費時間，精神和皇帝的彈藥"。只有懷有野心的何露斯讚賞阿爾法軍團的勝利。
很快的，不甘於人下的何露斯以他在伊斯塔安三號(Istvaan III)的行動背叛了皇帝，阿爾法軍團是其中一支被送去摧毀何露斯和他的同盟的軍團。被安排在第二波攻擊時，阿爾法軍團顯露了他們早已加入了渾沌力量，登入了伊斯塔安三號並在之後被命名為登入點大屠殺事件(Drop Site Massacre)中摧毀了三支忠心的軍團。一些學者相信這項陷阱其實就是艾法萊尼幫忙設計的，因為這個陷阱和阿爾法軍團善於奇襲的風格極為相似。
當其他叛變的軍團繼續向泰拉(Terra)進攻時，阿爾法軍團很明顯有其他的目標，去尋找並攻擊他的SpaceMarine宿敵。仍然記得自以為是的基里曼對阿爾法軍團比起其他軍團根本什麼都不是的評論，艾法萊尼再度去證明基里曼的錯誤，打敗了白痕騎兵 (White Scar)軍團和太空野狼(Space Wolves)軍團，並占領了無數的SpaceMarine哨站。甚至在何露斯被打敗後，阿爾法軍團的銳氣仍然不減，最後終於在伊斯卡瑞多(Eskrador)碰上了極限戰士軍團。
這場戰役的戰術是直搗阿爾法軍團的心臟然後再將其他零碎的軍隊包圍並消滅。充滿正義感的基里曼親自率領U團攻往阿爾法軍團營地的進攻，並強迫艾法萊尼和自己單挑。這場戰鬥的結果有很多種說法，有一些人說艾法萊尼被一拳打死，有一些人則認為基里曼只把艾法萊尼打退。不管如何，阿爾法軍團並沒有因為失去主帥而被摧毀：艾法萊尼的訓練讓他的軍官們在失去主帥時也不會阻礙阿爾法軍團的運作。兩個禮拜後，絕望的基里曼放棄並結束了這場戰役。
阿爾法軍團在帝國重整和皇帝被放入黃金王座(GoldenThrone)的這段時間消失滅跡。他們並沒有和他們的同胞一起撤退至恐懼之眼(EyeofTerror)，他們仍然躲在一些藏在帝國中的基地里。阿爾法軍團的摧毀是SpaceMarines和審判團的優先計畫，有時候審判團會發布阿爾法軍團已經被摧毀的訊息。可是他們每次都成功生存並在一陣攻擊後重新出現。
戰吼For the Emperor! !(為了皇帝！！）或 Hydra Dominatus！！（別無選擇！！）
PC遊戲中的表現在電腦遊戲戰錘《40000：戰爭黎明》及其資料片中曾兩次登場，第一次是在戰爭黎明原版中登場，在塔爾塔羅斯與由加百列安吉洛斯所領導的血鴉三連交戰並被其擊退。第二次則是在資料片《靈魂風暴》中作為可扮演勢力登場。
