為貫徹落實黨的十八屆三中、四中全會精神，深入推進國家和上海市中長期教育改革發展規劃，深化高等教育投入機制改革，進一步擴大高校經費使用的自主權，進一步加強經費監督管理，現提出以下意見：
一、準確把握高等教育投入機制改革的總體目標
1．長期目標：促進“三個轉變”。以學科專業布局規劃為導向，以提高本專科教育質量為重點，通過深化改革，加快實現從以專項投入為主向經常性投入為主轉變、從分散投入為主向學校整體投入為主轉變、從以硬體投入為主向以軟體投入為主轉變，增強學校自主發展能力，推動高等教育內涵式發展。
2．近期目標：實現“三個打通”。從2014年起試行高等教育專項資金的分配與撥付方式改革，採取“經常性經費投入”與“市級統籌投入”相結合的方式。“經常性經費投入”作為地方高校部門預算，由“基本辦學經費”和“內涵建設經費”兩部分組成；“市級統籌投入”主要用於全市性重大教育改革發展項目。以此打通生均公用經費與經常性專項經費、打通“十大工程”專項經費與地方高等教育內涵建設相關的經費、打通用於教師隊伍建設的經費。
二、紮實推進高等教育投入機制改革的主要任務
3．加快建立以基本辦學經費和內涵建設經費為主的經常性投入機制。以財政生均綜合定額為分配依據編制基本辦學經費預算，主要用於學校辦學基本運行等方面；以項目任務整合為主要方式編制內涵建設經費預算，主要用於教學改革、學科建設、教師發展和國際化交流等方面，在具體使用上由高校按照發展規劃和內涵建設要求自主安排。同時，推進試點高校綜合預算管理制度。
4．加快建立以教育改革發展重大項目為導向的市級統籌投入機制。統一建立市級財政高等教育專項資金，主要用於全市性重大教育改革發展項目，構建以學科建設、隊伍建設等為核心的“高峰高原”計畫，促進高水平大學建設。
5．加快建立以提高教育項目支出效益為目標的綜合監督評估機制。進一步健全高等教育專項資金預算評審、項目評估、過程監督、事後評價的制度，提高資金使用效益。
三、逐步深化高等教育經費預算管理改革工作
6．進一步落實厲行節約要求。從嚴從緊編制預算，最佳化支出結構，激活存量財政教育資金，加大財政性資金結餘的消化力度。各高校要做好結轉結餘資金清理，合理安排當年財政預算資金並統籌財政性資金結餘，建立結轉結餘資金定期清理機制，做好預算資金和項目的匹配，使預算資金得到合理有效使用。
7．進一步加強部門預算編制。規範使用功能科目，做好信息化項目預算編報、政府採購預算編報工作，提高部門預算編報的準確性。各高校要推進落實高等教育投入機制改革任務，基本支出預算應嚴格按照定額管理要求編制，項目支出預算要提高精細化水平，做好項目評估和可行性論證，合理安排基本辦學經費和內涵建設經費。
8．進一步強化部門預算執行。增強預算執行的時效性和均衡性，提高財政資金使用效益。各高校要建立預算執行分析制度，關注財政撥款重大項目分析，深入研究預算執行中反映出的各類問題，提出具體工作目標和改進措施。要建立預算執行與預算編制掛鈎制度，建立以減少存量資金、提高資金使用效率為核心的預算執行考核評價體系。
四、繼續完善高等教育專項資金評審諮詢機制
9．實行市級高等教育專項資金預算評審制度。對納入市級財政專項資金評審範圍的項目，由市財政統一評審，預算評審後納入項目庫管理。同時，各高校要積極做好專項資金的預算自評審核工作，完善項目庫建設。
10．實行高等教育專項資金項目支出評估諮詢機制。建立由高等教育專家和政府行政部門、人大、政協、高校代表，以及其他社會相關人士共同參與的評估諮詢機制，對高等教育專項資金的投入方向和項目輕重緩急排序提出建議，並對競爭性項目的承擔主體提出諮詢建議。
五、不斷加強高等教育經費使用績效評價
11．建立地方高校內涵建設經費績效跟蹤評價制度。由高校在編制內涵建設經費預算時提出績效目標和實現路徑，市教委和市財政局等部門組織中期評估和檢查，重點跟蹤高校內涵建設項目的實施進度和資金使用績效。年度終了進行績效評價和考核，並與下一年度經費預算掛鈎。
12．加強對重大專項資金使用的績效評價力度。各高校要開展項目支出績效自評價，重點對本學校重大專項支出進行事後評價；要開展績效目標跟蹤評價，重點跟蹤預算確定時設定的績效目標實現情況和保障程度。績效自評價和績效目標跟蹤評價由學校自行組織或聘請有資質的第三方評價機構開展，要將項目的績效評價情況與結果套用情況相結合。
六、建立健全高等教育經費使用監督檢查機制
13．實施地方高校總會計師委派制度。按照《上海市地方公辦高校總會計師管理辦法》，在本市地方公辦高校設立總會計師崗位，協助校（院）長管理學校財經工作，加強國有資產管理，加強對高校經費使用的全過程和多方位監管。
14．實行地方高校經費使用跟蹤檢查機制。由市教委財務與資產管理中心根據任務要求，對學校預算執行、專項資金使用績效、資產管理、審計整改落實等內容進行監督檢查。
15．加強財務風險管理，強化內部控制。嚴格執行《行政事業單位內部控制規範（試行）》，加強自我約束、自我監督，充分利用財務信息管理系統，加強財務內控管理的信息化建設。
16．完善財務信息公開制度。根據信息公開要求，對地方高校年度經費使用情況、績效評價和考核結果逐步向社會公開。
