閩北分區委於1935年2月將轄區各部改編為閩北獨立師，師長黃立貴，轄四個團，原紅五十八團編為第一團，閩北獨立團編為第二團，各游擊隊、獨立營編為第三團，北上抗日先遣隊一部編為第四團，共2000餘人。分區委在轉移中與中共中央失去聯繫，1936年春，閩北獨立師與閩東獨立師會師，成立中共閩贛省委。1936年8月，閩北獨立師改為四個縱隊，分散在各軍區活動。
1937年初，閩贛省委得知“西安事變”和國民黨三中全會的訊息，決定將軍事、政權機關合併，成立閩贛省抗日軍政委員會，主席黃道。同時，省委還指示各地以抗日軍政委員會組織抗日義勇軍的名義，擴大紅軍游擊隊的力量。8月，閩贛省抗日軍政委員會致函南京國民政府和江西省主席，表明抗日誠意，提出合作建議。這時，由於上海“八一三”抗戰爆發，駐閩北的國民黨正規軍北調，閩北當局逐漸緩和了對紅軍游擊隊的進攻，並表示願意舉行談判。1937年10月，閩贛省委與地方當局談判，達成停止軍事行動的協定，閩北地區紅軍改稱閩贛邊抗日義勇軍。
1937年底至1938年初，閩北紅軍、閩東紅軍各部分別集中於崇安石塘、寧德石堂進行整訓改編。遵照新四軍軍部的命令，閩北紅軍改編為新四軍第三支隊第五團，共1100餘人，團長饒守坤；閩東紅軍改編為新四軍第三支隊第六團，共1300餘人，團長葉飛
