在神秘委託者的招待下,小五郎與柯南一行人來到了橫濱。一行人受邀來到一座巨大城堡,沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團,也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時,如果不在時間內解開男子所出的謎題,小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。
“你能了解失去心愛的人,是什麼樣的心情嗎?工藤”
這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一?!這名男子的真正身份,難道是……
就在同時,“關西的高中生偵探”服部平次的兒時玩伴和葉也被抓走(因為手上有炸彈而受到威脅,並非抓走)成為了人質,白馬探(基德裝扮的)也受到委託。這些偵探們將與柯南一同挑戰謎題。但是,當柯南他們正努力調查敵人的真面目之時,卻同時也面臨著一連串的危機。而眾人追查已久的怪盜基德,居然也在此刻現身!柯南、平次、基德以及小五郎與其它刑事們,將攜手挑戰這次的強敵。時間一分一秒地逼近著,當大家就要解開所有的謎題時,卻又出現了新的難題。柯南究竟會怎樣??