中心現地處重慶市萬州區新城路，緊靠萬州區商業中心，新址建設在五橋百安壩，占地總面積35畝。業務用房
13000餘平方米。現有職工170名，專業技術人員124名，其中副高18名，中級52名。中心設有疾病控制科、計畫免疫科、結核病防治院、學校衛生科、職業衛生科、食品/公共場所/化妝品/放射衛生科、飲用水/消毒衛生科、理化檢驗科、微生物檢驗科、血清生化檢驗科、質量管理科、慢性非傳染性疾病防治所、職業病防治所、皮膚病性病防治所、預防接種門診部、預防醫學門診部。
其業務工作區域包括萬州區、開縣、忠縣、雲陽縣、梁平縣、奉節縣、巫溪縣、巫山縣、城口縣。服務總人口約850萬人。業務工作輻射至湖北省利川、巴東等地區及整個三峽庫區。我中心承擔轄區急慢性傳染病、慢性非傳染性疾病的流行病學調查、監測、管理和預防控制；兒童計畫免疫和預防用生物製品管理；制定愛滋病預防控制規劃並對其高危人群進行初篩檢測；寄生蟲病、地方病、病媒生物疾病防治和研究；提供消毒、殺蟲、滅鼠等相關技術服務；對食品衛生、化妝品衛生、公共場所衛生、職業衛生、放射衛生、飲用水衛生、學校衛生等進行衛生學監測和提供技術服務,對其從業人員和學生開展健康體檢和衛生知識培訓；
開展衛生防病檢測檢驗、健康相關產品的技術審核和衛生質量檢驗、鑑定；對新建、改建、擴建建設項目的選址、設計和驗收進行衛生學評價；開展健康諮詢、健康教育、健康促進活動；開展結核病、職業病、皮膚病性病等疾病的防治；承擔原三區八縣的救災防病應急處理和中毒控制工作任務；承擔國家衛生部三峽庫區疾病監測課題和三峽庫區人群健康保護與生活飲用水監測課題的監測工作、三峽庫底衛生清理工作；系重慶市重點建設的區級疾病預防控制機構及渝東片區疾病預防控制的業務指導和管理中心。
萬州區疾病預防控制中心堅持“團結、進取、務實、發展”的方針，擁有一支政治思想和業務素質良好的專業技術隊伍，經全體職工勤奮工作，業績突出，多次受到上級黨委、政府的表彰。近10年來，榮獲部、省（市）、區級先進集體獎28項，單項工作獎55項，省級科研成果獎8項，引進推廣新技術、新項目、新方法39項，公開發表學術論文62篇。
