機構設定及職能
（一）辦公室
機關文電、會務、機要、檔案、財務、政務公開、信息報送、督查督辦、安全保密、信訪、基建和後勤服務工作；組織重大調研；承擔《重慶科技志》編撰工作。
（二）政策法規處
起草科技地方性法規、規章；承擔機關規範性檔案合法性審查工作；負責行政執法監督工作；負責機關行政複議、行政訴訟等法律事務；會同有關部門推進科技體制改革，指導市屬科研機構的組建與發展；會同有關方面擬訂促進產學研結合的相關政策；負責組織實施軟科學研究；指導民營科技企業發展；負責全市性科技類民辦非企業單位核准工作。
（三）發展計畫處
開展科技發展戰略研究，組織擬訂科技發展規劃和計畫指南；負責科技計畫綜合管理和監測評估，提出計畫經費配置的意見；組織科技計畫項目的立項論證、監督檢查和結題驗收；負責重點新產業和自主創新產品有關管理工作；負責工程技術研究平台建設及管理；承擔科技統計管理工作和市科技顧問團日常工作。
（四）重大專項辦公室
會同有關方面擬訂科技重大專項實施辦法，審核實施計畫，提出綜合平衡、方案調整和相關配套政策建議，跟蹤和監督實施，協調解決重大問題，組織評估和驗收；負責相關綜合信息管理。
（五）科研條件與財務處
擬訂科研條件保障和科技資源合理配置的政策措施；負責科技經費部門預決算編制及各項科技經費的使用、監督及管理；監督管理市屬科研國有資產；牽頭負責科技資源共享平台建設，管理科技期刊；負責科研儀器設備進口減免稅的審核工作；負責科技金融和科研條件保障工作。
（六）基礎研究處
擬訂基礎和套用基礎研究的方針政策和發展規劃；管理市自然科學基金項目；指導市級以上重點實驗室的規劃建設；組織實施套用基礎研究重點專題；承辦基礎研究有關工作；會同做好科技人才培養工作。
（七）高新技術發展及產業化處
承擔工業科技領域高新技術發展及產業化的巨觀管理、綜合協調工作；擬訂工業領域高新技術發展規劃，組織實施相關科技計畫，建設相關科技平台；組織申報、管理火炬計畫及中小企業創新基金；負責高新技術企業及產品認定，指導高新技術產業園區、生產力促進中心、科技孵化器建設。
（八）農村科技處
承擔農村科技發展的巨觀管理、綜合協調工作；負責市級農村科技發展項目的規劃、實施及管理，擬訂農村重大科技產業規劃；對區縣（自治縣）科技工作進行指導協調；組織實施星火計畫、農村科技培訓和科技扶貧工作；承擔科技促進三峽移民工作；開展科技促進區域經濟社會發展、統籌城鄉發展、科技創新服務體系建設等工作。
（九）社會發展科技處
擬訂社會發展領域科技發展規劃和政策；組織實施社會發展領域高技術研究發展計畫、科技攻關計畫和政策引導類科技計畫；承擔《中國21世紀議程》實施的有關協調工作，指導可持續發展實驗區、示範區建設工作；承擔社會發展領域基地與條件平台（國家和市級工程技術研究中心、企業技術中心）的建設工作。
（十）國際合作處
組織實施國際科技合作與交流計畫，協調重要民間科技合作交流項目；配合有關部門做好引進國外科技智力工作；承擔科技系統因公出國（境）團組的審核管理工作和科技外事統計工作；推動科技項目招商引資工作；承辦涉港澳台科技合作與交流事宜。
（十一）成果市場處
擬訂科技成果管理、科技成果轉化、技術市場管理、政府科技獎勵的政策、規定和辦法；組織推進科技成果轉化（產業化）及科技成果轉化平台建設；組織科技獎勵評審工作；牽頭負責國內科技合作；承擔技術市場的指導、管理和服務工作，培育技術中介機構，促進科技中介機構服務體系建設；負責科技成果、技術評價的管理及科技保密工作。
（十二）組織人事處（重慶市院士工作辦公室）
承擔科技系統人才工作；協同選派科技副區縣長；組織自然科學研究專業技術職務資格的評審工作；承擔中國科學院、中國工程院院士候選人的組織推薦和在（來）渝院士的聯繫、服務工作；承擔機關和所屬單位隊伍建設、機構編制、人事工作；承擔所屬、協管單位的領導班子和領導幹部的考察、管理工作；負責科技系統黨群工作。
（十三）宣傳統戰處
擬訂科技系統宣傳文化工作規劃，協調和組織實施宣傳文化活動；負責科技新聞發布工作；負責科技系統政治理論學習；指導和管理中央在渝代管單位、所屬單位的統戰工作何精神文明建設；負責科普工作規劃的制定及檢查，組織重大科普活動，承擔科普基地的認定工作，承擔市政府科普獎勵工作。
（十四）機關黨委
負責機關黨群工作。
（十五）離退休人員工作處
負責機關離退休人員管理工作，指導所屬單位的離退休人員工作。
