內設機構
辦公室
擬訂本單位年度工作計畫、有關工作制度；組織起草和審核重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼等工作；承擔面向社會的稅收宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流工作；組織辦理人大代表議案、建議和政協委員提案的有關事項; 承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施；承辦機關安全保衛工作；承擔機關辦公用品的採購、保管、分配、維修；參與機關後勤體制改革工作。
政策法規科
擬訂並組織實施本單位依法行政、依法治稅工作方案；組織協調涉及多稅種、綜合性稅收政策的落實工作；組織開展綜合性稅收政策調研；承擔機關有關規範性檔案的合法性審核工作，並定期進行清理、評估和反饋；承辦局外涉及多稅種、綜合性稅收政策檔案會辦工作；牽頭重大稅收案件審理及規範稅務行政審批工作；辦理行政複議、賠償案件及行政訴訟案件；組織反補貼案件的應對工作；組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性檔案執行情況的監督檢查；組織落實稅收執法責任制制度、稅收執法過錯責任追究制度，承擔稅收執法質量考核工作；督察落實稅收執法檢查結論；配合財政、審計等部門對稅務部門的監督與審計工作。
貨物勞務與所得稅科
組織實施增值稅、消費稅、車輛購置稅的徵收管理工作，擬訂徵收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理等工作；管理增值稅專用發票和車輛購置稅票證；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟工作；組織實施進出口貿易稅收管理工作，擬訂稅收管理具體實施辦法；承擔出口貨物退免稅的審核審批、年終清算工作；配合有關部門開展反騙稅工作；組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等徵收管理工作，擬訂徵收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、彙算清繳等工作；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟工作；承擔大企業稅收和國際稅收管理工作。
收入核算科
牽頭編制年度稅收計畫、出口退（免）稅計畫，分配下達年度免抵調庫計畫；監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；承擔稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收收入數據的綜合管理套用工作；組織實施會計核算、會計基礎規範工作，分析考核徵稅成本。
財務管理科
組織實施國庫集中支付工作，辦理具體支付事項；承擔本單位基本建設、資產管理（含產權等證件管理）、政府採購、著裝管理工作；管理機關財務；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗物品採購；協助完成上級機關開展的各類審計工作。
征管與納稅服務科
組織、協調和指導本單位各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性檔案；組織協調、實施納稅輔導、諮詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施稅收信用體系建設；指導稅收爭議的調解；承擔網站納稅服務欄目、簡訊系統等納稅服務支持系統的運行管理工作；組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性檔案，擬訂具體操作辦法；組織實施綜合性納稅評估辦法，承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控器具推廣套用等方面的相關工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
人事教育科
組織落實幹部人事管理制度及稅務人才隊伍建設規劃，擬訂具體實施方案；承擔人事、機構編制和公務員管理工作；承擔工資、人事檔案、專業技術職務管理等工作；監督檢查本單位執行幹部人事規章制度情況；組織實施本單位思想政治工作、精神文明建設、稅務文化建設和基層建設；擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育管理制度、工作規劃、年度計畫，開展培訓質量考核與評估；負責本單位黨群工作；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作；指導本單位黨建、工會、共青團、婦委會工作；承擔本單位離退休幹部的服務和管理工作。
監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查本單位人員貫徹執行黨的路線方針政策和遵守國家法律法規、部門規章情況；監督檢查本單位選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的情況；組織協調本單位的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本單位工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本單位工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
派出機構
重慶市城口縣國家稅務局第一稅務所
管轄範圍：主要負責城口縣葛城街道、復興街道、高燕鎮、龍田鄉、北屏鄉電力、熱力、燃氣及水生產和供應業；交通運輸、倉儲和郵政業；金融業；科學研究和技術服務業；水利、環境和公共設施管理業；衛生和社會工作；文化、體育和娛樂業；住宿和餐飲業；信息傳輸、軟體和信息技術服務；國有及國有控股的15戶批發零售業；現管轄的農林牧漁業日常徵收和管理工作。
重慶市城口縣國家稅務局第二稅務所
管轄範圍：主要負責管轄全縣所有房地產、建築業（含報驗登記），並負責管轄葛城街道、復興街道、高燕鎮、龍田鄉、北屏鄉區域內以下行業：採礦業；公共管理、社會保障和社會組織；居民服務、修理和其他服務業；批發和零售業；教育；製造業；租賃和商務服務業；現管轄的農、林、牧、漁業日常徵收和管理工作。
重慶市城口縣國家稅務局第三稅務所
