程式環節
醫藥代理的運作程式和環節可以分為：醫藥代理可以掛靠公司，也可以個人做代理兩種，但是掛靠這種方式是國家藥監局規定不允許的，相當於過票。
此外，我們大家都知道，現在的醫藥產品分為“國藥準字、械準字、還有國食健字等。而醫藥代理商在前期必須要在當地有一定的網路渠道和關係人脈，利用這些將自己找到的藥品或器械送到關係網路所在的醫院，藥店或診所，所以說網路渠道和關係人脈及優質的產品是醫藥代理商必備的三要素！
代理機制
由於醫藥代理涉及的流通環節廣泛,醫藥商業公司很難單獨完成對市場的覆蓋。因此,大型商業企業的直接覆蓋和中小型代理商的間接覆蓋相結合構成了現在的代理機制。目前,醫藥企業代理機制產生和發展的基本條件，在於公司自身信息化、物流配送規範化，服務體系流程化。
模式轉變
作為醫藥流通產業鏈上的重要環節，醫藥代理機制和模式正在轉變。
在產業細分日益明晰的情況下，代理商這個連線終端和上游企業的重要角色仍將繼續存在並發揮重要作用。遭遇危機的將是那些沒有終端銷售能力、單純依靠調撥業務的代理商。在中間環節利潤不斷被壓縮的大趨勢下，醫藥產業鏈扁平化的趨勢越來越明顯，寄生在產業鏈的各級代理商和經銷商必然有一部分要被淘汰出局，代理制模式也面臨一次新的轉型。
另外，我們再說說說藥品代理，由於現在做醫藥招商的廠家比較多，這就需要醫藥代理商通過網路發布想找的產品信息，很多廠家會主動給你打電話，向你推薦產品，給你發資料，你拿著這些資料去醫院或是藥店診所去，看看他們需要哪種，選定了就可以辦理和廠家合作的事情，打款進貨。此外，也可以去專業做醫藥招商或者是醫藥代理網站，效果就更好了，專業醫藥招商、醫藥代理的網站等，因為一般代理商都代理很多品種來做。所以選擇一家好的醫藥招商網站，可以事半功倍，另外，醫藥代理商們也可以通過當地的醫藥公司或是朋友了解下哪些廠家信譽好，產品質量好，來主動聯繫他們。
