郁約翰圖片歸正會原來答應郁約翰畢業後，派他去廈門宣教，但後來因經費不足而作罷。郁約翰於是前往他的祖國荷蘭，進入烏特勒支大學及阿姆斯特丹大學繼續深造，以提高醫術。同時，他向當地教會籌集資金，獲取來華宣教的款項。一年後回到美國，此時差會已準備好款項。郁約翰於1887年11月5日，從紐約坐帆船出發來華，同行的有他太太和華約翰牧師(Rev. John Fagg)。途中經過鹿特丹，停留數日，收到一些支持他的款項。
1888年1月13日郁約翰踏上廈門的土地。他在此學習閩南語。之後，被差會派往平和縣小溪鎮宣教。在此，郁約翰建立了小溪醫院。小溪醫院是一座兩層樓的醫院。有三十張病床。樓下有一藥房，診室，女病房，小禮拜堂，儲藏室與廚房，二樓為男病房，眼科病房，外科病房，兩間學生宿舍，還有寬廣的陽台。樓下男女病人各有一個露天的院子。
據《平和縣醫院院史》記載：“郁約翰作為虔誠的基督徒，為人和藹可親，樂於助人，遇貧苦患者，慨予減免優惠，甚至施診贈藥。其醫術精湛，診病認真，對症下藥，治療多效，病人互相介紹，就診患者絡繹不絕，使西醫醫學在閩南地區廣為傳播。”此外，郁約翰看到中國人受鴉片的毒害，便建立戒菸所，幫他們脫離毒癮。
小溪醫院在1889年3月至1895年1月，六年間共診治了五萬門診病人，2400住院病人，做了大小手術1500次。郁約翰一家於1895年一月回美國述職（在此期間被歸正會按立為牧師），出發前將醫院交給另一位醫生Dr. I.S.F. Dodd，只因他身體欠佳，只做了幾個月，小溪醫院只好關門。直到1900年另一位醫生，Dr. C. Otto Stempf來接任才恢復。
郁約翰於1897年回國述職完畢回到廈門。在美國時，差會已通知他，計畫在廈門建一所醫院。為建立醫院，郁約翰在美期間，籌集了一筆近萬元的資金。1898年4月，廈門第一所正規西醫院——救世醫院在鼓浪嶼的河仔下正式建立。醫院宗旨為“傳播救恩，醫治疾病，不分種族階級，一本耶穌基督之至仁，服務社會，健康人群，並促成醫學之進步，指導衛生之常識”。
救世醫院為兩層樓房，有一小禮拜堂，飯廳，廚房，兩間工人房，辦公室，藥房，眼科室，學生房四間，病房七間，可容45張床。醫院不收藥費，治療費及住院費，僅收相當於2分半美金的一伙食費。病人大都來自廈門及周邊的鄉下，也有來自漳、泉等地的，甚至有外省及馬尼拉、仰光等不遠萬里的求醫者。病人包括乞丐、富人、平民、官員、學者等社會各階層的人。從醫院開辦到郁約翰歸天家的12年裡，共收治了17000多名住院病人及135000多位門診患者，做了7500多次手術。
郁約翰在鼓浪嶼一邊行醫一邊教學，1898年收九名男生，四名女生。他招生的原則是：要求學生獻身於信仰，受訓練時要熱心參加宣教事工，如教主日學，輪流在醫院小禮拜堂里講道，到鄰近住宅區布道，每晚參加二十分鐘醫學生禱告會。學生參加工作是義務的，醫院免費供給住宿及一伙食。郁約翰可謂閩南西方醫學教育之鼻祖。他對學生諄諄善誘，使學醫者深受教益。其學生黃大辟、陳天恩等日後均成為閩南名醫。
郁約翰不僅是宣教士、醫生，還是位出色的建築師。小溪醫院及救世醫院均是他設計並建造，甚至連鼓浪嶼著名的八卦樓也是他所設計。八卦樓設計借鑑融合了古希臘、古羅馬、拜占廷、阿拉伯和中國古典建築的多種藝術風格，紅色圓頂是直接摹仿阿克薩清真寺的石頭房圓頂。82根大圓柱是參照公元5世紀建造的古希臘海拉女神廟的大石柱。柱間平托的石樑和線條，可從希臘雅典廣場的赫夫依斯神廟看到。十字形通道源於希臘，後用於羅馬教堂。古希臘的多立克式和愛奧尼亞式柱頭裝飾和壓條下的青斗石花瓶，充分展示中西結合的古典美。此外，黃大辟的船屋也是他的得意之作。
1910年春，廈門鼠疫流行，很多人染病而死。郁約翰冒著生命危險救治病人，雖然做了預防措施，但還是不幸遭到感染。4月14日，一生榮神益人的郁約翰因病在鼓浪嶼安息主懷，享年49歲。次日被安葬於鼓浪嶼“番仔公墓”。
郁約翰去世後，他的學生陳天恩等在院門前造塔鐫碑，以紀其功：“郁約翰牧師美國人也，醫學博士。學稱厥名，志宏厥名，志弘厥學，僑廈敷教施診，精心毅力，廿載靡濡。手創醫院三，授徒成業二十餘輩，功效聿著，願力彌宏，以身殉志，生不遺力，歿不歸骨，卒踐誓言，葬於茲丘，追念功德，表石以紀。石可泐，骨可朽，先生功德不可沒。諸學生仝泐石。”
