邱良功起行伍，屢以獲盜功，洊擢閩安協副將。嘉慶十年，偕許松年會剿蔡牽，追至小琉球，見台灣師船二為賊圍，赴援，松年舉旗招之，未至。以違調遣被劾，褫職逮訊。得白，復原官，署台灣副將。十一年春，從李長庚擊蔡牽，破洲仔尾賊巢，牽乘間逸，奪頂戴。五月，破牽於鹿耳門，賜花翎。
十二年，朱濆犯淡水，偕王得祿追至雞籠洋，連敗之，擒殲甚眾，被優敘。十三年，擢浙江定海鎮總兵。十四年，擢浙江提督。偕王得祿合擊蔡牽於漁山外洋，乘上風逼之，夜半浪急，不得進。明日，復要截環攻，牽且戰且走，傍午逾黑水洋，見綠水。良功恐日暮賊遁，大呼突進，以己舟逼牽舟，兩篷相結。賊以椗沖船，陷入死斗。良功腓被矛傷，毀賊椗，得脫出。閩師繼之，牽遂裂舟自沉。論功，錫封三等男爵，次於王得祿。或為之不平，良功曰：“海疆肅清，已為快事，名位軒輊何足計？”
二十二年，入覲，卒於途，賜恤，謚剛勇。子聯恩襲男爵，官直隸河間協副將。
