內設機構
根據上述職責，水利局內部機構設定8個。
(一)辦公室
職能：協助局領導組織管理機關工作，協調機關各股室的工作關係;制定機關各項工作制度，起草重要檔案和報告;負責文秘、政務、督辦、會務、機要、檔案、信訪、財務、宣傳、衛生、目標管理、後勤行政、社會治安綜合治理等工作，辦理提案議案。
(二)防汛抗旱辦公室
職能：負責全縣防汛抗旱工作，承辦縣人民政府防汛抗旱指揮部的日常工作。負責縣防洪排澇服務隊工作，編制縣防禦大洪水和水庫調度預案，開展防汛抗旱工作檢查。
(三)計財股
職能：編制局機關財務年度預決算，負責局屬單位的財務及國有資產的監督管理工作，負責本系統財會人員的培訓和管理，負責縣水利各項經費的管理，負責水利系統內部審計工作。
那坡縣水利局(四)水政辦
職能：負責水法規的宣傳，貫徹和執行;依法管理水資源，保護水利工程設施;對水事活動進行監督檢查，調查處理水事糾紛及違法行為;負責取水許可證、河道采砂許可證登記發證工作;負責水利規費的徵收和管理;負責在水工程管理範圍內建房及非水利建築物的審查工作。
(五)水土保持監督站
職能：負責全縣水土保持工作，組織實施有關水土保持預防、治理、開發、保護的方針政策，擬制並組織實施水土保持規劃;實施，指導水土保持監督執法，承辦水土保持案件行政訴訟、行政複議;負責全縣水土保持補償費、水土流失防治費的徵收管理。
(六)水利建設站
職能：編制全縣水利發展規劃、承擔全縣小型水利工程及水電工程的勘測設計、工程概算。組織指導全縣水利工程的施工建設、質量管理，指導和監督水利工程建設質量標準和規程、規範的實施。承擔工程竣工資料的整編。
(七)工程管理站
職能：負責全縣城區河道、水庫的管理和保護工作，組織對水庫和河道等水利工程的防洪安全進行行業管理;負責對全縣水庫及堤壩安全實施監督管理，為防汛抗旱、水利興修提供技術指導。
(八)小水電管理站
職能
負責全縣農村小水電的技術指導工作，編制全縣農村小水電的發展規劃，負責農村小水電項目的勘測及初步設計工作，擬制農村電氣化發展規劃，負責農村小水電工程管理。
