遞減PCR開始先設定一個比較高的黏合溫度,每個循環黏合溫度下降1℃,到一個較低溫度以後每個循環的黏合溫度保持不變直到結束。在剛下降到特異性結合可以進行的最高溫度時,可以達到最高的特異性。這樣在起初的幾個循環中,特異性擴增序列可以相對非特異性序列多擴增若干倍,從而減輕非特異性擴增對結果的干擾。這種方法可用於省去多次試驗最佳黏合溫度的工作。
此外,遞減PCR還可與簡併引物(degenerate primer)結合使用,用來推出一段已知肽鏈的胺基酸序列所對應的DNA鹼基序列。
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