簡介
軟體大小：55.0 MB
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本作將對應“新專家”規則，累計新增強力卡片在內總計1400張卡片將在遊戲中登場，大大豐富了卡片對戰的戰略性。在前作中大受好評的雙螢幕顯示（下畫面顯示卡片，上畫面顯示召喚的怪物）在本作中更具迫力。此外，遊戲還增加了全新的換裝系統，滿足一定條件即可以獲得新服裝，種類相當豐富。與前作相同，本作同樣對應Wi-Fi Connection，支持遊戲王FANS們進行無線在線上對戰。同時，本作還可以與前作《遊戲王 NIGHTMARE TROUBADOUR》聯動，通過支付一定的遊戲點數購買到前作中的卡片在新作中使用。
精靈系統
隨著遊戲劇情的發展，在6級左右會收到天上院明日香的郵件，女生宿舍劇情結束後會聽到奇怪的聲音，接著去島北出現枯井，進入對話戰鬥後隨機入手第一隻精靈，同時也會得到一張相應的精靈卡片。
以後對戰帶著精靈，同時卡組中對應的精靈正面出戰，此局對戰獲勝後精靈就能獲得一定的經驗。
每次得到一隻新的精靈，就能得到一張相應的卡片（買不到的）。
每次精靈升級（最高3級），也能得到一張卡片。
每種不同的精靈會有不同的效果，等級越高效果越明顯。
劇情發展到後面，出現的精靈會越來越多，以下是精靈及其效果：
| 精靈名 | 效果 | 精靈名 | 效果 |
| 軟糖豆人 | 增加決鬥者給與卡組清單的幾率 | 哈尼哈尼 | 遭遇人物後會出現回絕決鬥的可能 |
| 小電眼 | 定期試驗的限制時間增加 | 他者 | 定期試驗的答案選擇去掉一個錯誤答案 |
| 星星小子 | 卡店的卡包數量增加 | 電池人-單二型 | 卡店買卡打折扣 |
| 骸骨天使 | 獲得經驗值提升 | 電池人-單一型 | 增加卡包抽到罕有卡幾率 |
| 壺魔人 | 獲得DP提升 | 瞬著炸彈 | 增加決鬥者與你登入好友的幾率 |
| 雜技猴 | 遇到精靈的幾率增加 | 惡魔青蛙 | 使用密碼機打折扣 |
| 白魔導士絨兒 | 增加遇到黑魔女的幾率 | 小角龍 | 增加決鬥者給你決鬥盤的幾率 |
| 黑魔導師庫蘭 | 增加決鬥者給與卡的幾率 | 連爆魔人 | 增加決鬥者給你衣服的幾率 |
卡片與卡包
該作一共有1400+張卡片，全卡片的獲得可以通過買卡包、一次買多包卡包、對戰勝利對手給卡，以及獲得新精靈收集。
以下是全卡包出現條件：
| 卡包名 | 出現條件 | 卡包名 | 出現條件 |
| 白龍傳說 白き龍の伝說 | 遊戲初期出現 | 桃木的復仇 トゥーン・リベンジ | LV8出現 |
| 強力封印 強大な封印の力 | 遊戲初期出現 | 被解放的機械 解き放たれたマシン | LV10齣現 |
| 固步之混沌 定められた混沌 | 遊戲初期出現 | 電腦在啟動 電脳再起動 | 遊戲劇情發展到七星篇出現 |
| 黑暗的黑魔導 黒き暗の魔導師 | 遊戲初期出現 | 悠遠的師道 悠久なる師弟 | LV12出現 |
| 真紅之業火 真紅に燃える業火 | LV2出現 | 勝利的渴望 勝利への渇望 | 潛水艇來航時出現 |
| 鳴雷的召喚者 雷鳴の召喚者 | 定期船來航時出現 | 伏禍之魔 禍々しき魔物 | LV14出現 |
| 究極之力 究極の力 | LV4出現 | 御龍的號角 巨竜との戦 | 遊戲劇情發展到七星篇出現 （定期船來航時出現） |
| 豪腕的條件 ヒーローの條件 | 遊戲劇情發展到得到精靈情節出現 | 墓守的使命 墓守の宿命 | 遊戲劇情七星篇結束後出現 |
| 混沌使者 黒き混沌の使者 | LV6出現 | 終結之力 結束した力 | LV16出現 |
| 卡包名 | 出現條件 | 卡包名 | 出現條件 |
| 魔與劍之競演 魔術と剣術の競演 | 遊戲劇情發展到第二學期出現 | 大邪神之怒顏 大邪神の怒り | LV22出現 |
| 垠空之信使 天からの使者 | LV18出現 | 滅與生之道 破壊と再生の導き | LV24出現 |
| 王家神殿 王者の住まう神殿 | 通關後出現 | 破暗之聖光 暗を打ち砕く光 | LV26出現 |
| 光之輓歌 光より生まれる破壊者 | LV20齣現 | 漆黑之淵 深遠なる暗 | LV28出現 |
制服與決鬥盤
遊戲內可以切換你獲得的制服或者決鬥盤，這些可以從特定的人物處入手。
制服：
紅色制服：遊戲初期獲得
黃色制服：樺山老師
藍色制服：地獄凱撒亮
學院內衣：鮎川老師
決鬥大衣：克諾羅斯教授
海馬俠大衣：海馬俠
黑色大衣：萬丈目
北校制服：萬丈目
西裝：隼人
夏威夷T恤：天上院吹雪
泰坦大衣：泰坦
詰襟學制服：NT聯動獲得
決鬥盤：
學院決鬥盤：遊戲初期獲得
華麗的決鬥盤：阿那西斯
海馬俠決鬥盤：海馬俠
亞馬遜決鬥盤：妲尼婭
法老王決鬥盤：艾比斯三世
吸血鬼決鬥盤：卡美拉
鍊金決鬥盤：大德寺老師
普及版決鬥盤：NT聯動獲得
