以長江為界分為江南、江北段，連申線縱貫江蘇東部。目前，江北段航道等級較低，航運條件較差，除部分航段外，其餘均低於五級標準。整治工程將按三級航道標準展開，設計最大船舶等級為1000噸級。
蘇北段：鹽河(含新墟運河) ～灌河～射陽河～通榆河～通揚運河～如泰運河～焦港河
連申線長江以北段全長375公里，其中東台至連雲港段隨著鹽灌船閘的建成通航、連雲港港疏港航道工程交工驗收，已經實現通航。
連申線東台至長江段航道交工通航。2013年12月18日，6艘千噸級運輸船在航政艇的引導下，順利通過海安雙線船閘，標誌著有著“第二條京杭大運河”之稱的連申線東台至長江段航道整治工程正式交工通航。 連申線是我省“十二五”交通重點工程，北起連雲港，經鹽城、南通、蘇州，止於上海，全長558公里。為構建溝通我省南北的“水上主動脈”，我省決定對連申線全線按三級航道標準進行分期整治，其中東台至長江段航道里程92公里，總投資46億元，整治內容包括新建海安雙線大型船閘1座，新建航道護岸123公里，改建橋樑39座，新建東台、海安、如皋服務區等。工程從2011年7月開工，歷經2年6個月的建設。通過這條水上“高速公路”，1000噸級大噸位船舶可直接進入內河，內河運輸進入“萬噸級”時代。工程建成後，將最大限度地實現連申線北經連雲港港直通黃海，南經南通直達長江，從而在江蘇沿海地區建成一條通航千噸級船舶的南北水運主通道。
參加交工驗收的省交通運輸廳質監局專家湯渭清表示，連申線東台至長江段航道率先建成後，將與全省幹線航道網做到整體銜接和協調發展，航道通航能力將由改造前的300噸船舶提升到千噸船，年貨物通過量將達到5000萬噸以上。這不僅可以為沿海產業帶的形成和發展提供運輸保障，而且為溝通沿海、沿江港口提供便捷的集疏運通道，對促進地區經濟發展、水資源的開發和綜合利用等具有十分重要的意義。
蘇南段：申張線～蘇中內港線
