作者
方以智，生於明萬曆三十九年，卒於清康熙十年，字密之，號曼公，自號龍眠愚者，浮山愚者、密山愚者、澤園主人、鹿起山人，密山子、愚者密等。江南安慶府桐城人，是明清之際著名的學者、思想家，我國古代自然科學哲學的批判總結者。明亡後，他更名吳石公，流亡嶺南，出家後，改稱弘智、行遠、無可、藥地、墨歷、極丸、浮廬等，人尊為木大師、青原尊者、四真子。方以智出生在官宦、儒學世家，從小就受到了嚴格的教育。七歲，就隨父親宦遊蜀、閩、幽、燕、齊、魯，飽覽祖國的大好河山，了解各地的風土人情，開拓了眼界，並開始接觸西學。十五歲時，由於父親得罪權臣魏忠賢，被削職還鄉，方以智也隨之回家讀書，曾先後就學於著名學者白瑜、王宣以及房師余揚、傅海峰。
方以智家學淵源。曾祖父方學漸，精通醫學、理學，並且能學習諸子百家，融匯貫通，自成體系，著有《易蠡》、《性善繹》、《桐夷》、《邇訓》、《桐川語》等。祖父方大鎮在萬曆年間，曾任大理寺左少卿，著有《易意》、《詩意》、《禮說》、《永思錄》、《幽忠錄》等數百卷。父親方孔■，曾任湖廣巡撫，精通醫學、地理、軍事，並且較早地接觸西學。主張研習經世致用的知識，著有《周易時論》、《全邊略記》、《尚書世論》等。外祖父吳應賓，精通釋儒，著有《學易全集》、《學庸釋論》、《宗一聖論》、《三一齋稿》等。
除了家學，他所授業的老師亦都是當時的著名學者。白瑜，長於詞賦經史，崇尚實學。王宣則專攻名物訓詁和《訶》、《洛》之學。余，治學嚴謹，是當時治《春秋》的大家。傅海峰則是當時的名醫。
藏書
另外，家中還有藏書豐富，被譽為“兩間皆字海，一盡始羲皇”的稽古堂。在這樣的環境中，少年時代的方以智受到了濃厚學術氛圍的薰陶。等到成人後，又四處交遊，結識學友。在他的學友中有一部分外國傳教士和文化人。從他們那裡，方以智學習了解了西方近代自然科學，從而更加開闊了視野，豐富了學識。方以智也曾試圖以科舉入仕。崇禎庚辰，三十歲的方以智中進士，在京任工部觀政、翰林院檢討、皇子定王和永王的講官。李自成攻毀北京後，流亡南京，投奔南明弘光政權。但卻不斷受到排擠，於是不得不改名換姓，流寓嶺南一帶，以賣藥為生。順治三年，受瞿式耜約請，參與了擁立永曆政權的活動，任左中允，少詹事，翰林院侍講學士，後又受排擠，不得不遁跡於少數民族聚居的湘、桂、粵西一帶，過著“曲肱茅屋雞同宿，舉火荒村鬼作鄰”的生活。順治七年，“披緇為僧”，九年秋，回到故鄉桐城。他拒絕接受舉薦，不再入仕，於順治十年皈依天界寺高僧覺浪禪師道盛。康熙三年冬，受廬陵縣令於藻和吉安人士的邀請，到吉安青原山靜居寺主持佛事，並授徒講學。康熙九年冬，因健康原因退居泰和。第二年春天，因為曾擁立南明，受牽連入獄，後來在押解赴嶺南的途中，因“背病發，卒於萬安途次。”方以智一生正當明清交替之際，時局動盪，政權更迭頻頻，使得他個人的際遇也十分坎坷。在他的青年時代，由於仰仗祖上的餘蔭，尚能過著“衣紈■，飾騶騎，鳴笳疊吹，閒雅甚都”的富貴文人的生活。明亡後，他四處流亡，嘗盡酸甜苦辣，歷經世事滄桑，艱苦的十年流亡在他的思想上打下了深刻的烙印。在對現實失望後，放棄了少年時的經世抱負，出家後，雖然看似消遙方外，但卻不忘救世，講學宏道，交朋納友。
方以智的祖輩都直接或間接同東林黨有關係。他從小也養成了關心時世的習慣。十四歲時，曾徒步到數百里外的考場參加會試，以此來磨鍊意志。長大後，重視遊學、交友和經世務實之學，他認為：“今天下脊脊多事，海內之人不可不識，四方之勢不可不識，山川謠俗，紛亂變故，亦不可不詳也。”他曾作詩曰：“繁霜如雪孤南征，莫道能無故國情。斥抱揄方大笑，牽牛負軛總虛名。凌雲久動江湖氣，杖劍時成風雨聲。海內只今信寥落，龍眠山下有狂生。”
表達了自己非凡的政治抱負。為諫議皇帝選賢用能，革除敝端，實行某些改革，曾寫了《擬求賢詔》、《擬上求治疏》、《擬上求讀書見人疏》等，決心以襄扶明朝中興為己任。他曾在《書鹿十一傳後》中表示要“挹東海之澤、洗天下之垢”。正是在這種經世思想的指導下，十年間，他不顧境遇艱險，孜孜以求，收集了大量的資料，堅持不懈地寫作。代表他經世思想的主要著作，如《通雅》、《物理小識》、《浮山文集前編》、《膝寓信》等作品大都是在這一時期完成的。
《通雅》共五十五卷，作者用三年時間完成了初稿，其後不斷增補修訂，至康熙五年才付梓，前後總計三十年，是作者的心血之作。全書共分疑始、釋詁、天文、地輿、身體、稱謂、姓名、官制、事制、禮儀、樂曲、樂舞、樂器、器用、衣服、官室、飲食、算數、植物、動物、金石、諺原、切韻聲原、脈考、古方解答等四十四門。對舉凡天地人身之故，輒通考旁征而會通之。在《自序》中作者表明：“此書非類書”。“函雅故，通古今，此鼓篋之必有事也。”……今以經史為概，遍覽所及，輒為要刪，古今聚訟，為征考而決之，期於通達，……名日《通雅》。”這部書包括了天文、地理、算學醫學等“志藝”之學，記錄和總結了我國勞動人民許多先進的生產技術和經驗。介紹了當時傳入國內的一些西方科學知識，並批判地加以吸收總結，廣徵博引，成為當時科學，學術成果的總匯集。在書中也比較集中地反映了方以智的“質測之學”。
方以智重視實學，提出了自然科學與哲學聯盟的“質測通幾”的新理論，並且在這個理論指導下進行了艱苦的學術實踐。
質測之學研究的是淵遠流長、無所不包的客觀物質世界。研究範圍是鑑定性質，品評優劣，把握規律。“通幾”則是研究天地萬物動靜分合變換的致理，也就是揭示事物之所發生變化的固有的因果聯繫。
方以智認為，古今中外的學問知識，任其紛繁複雜，都可以根據事物的規律加以分類。他在《通雅·文章薪火》中說：“有專言德行者，專言經濟者，專言文章者，專言技藝者，專言權勢者，專言兵符者，專言法紀者，專訓詁者，專記事者，專寓喻者，統而言之，無非道也，無非性命也，有專言性命之道者，離事離法以明心，而舉其曷統者也。因有專言生死鬼神者，因有廢世以專言仙定者，因有專言養生者，因分忘世之言、出世之言，因有別傳善巧者奇兵者，要不出於質論、通論。考測天地之家，象數、律歷、聲音、醫藥之說，皆質之通者也。專言治教，則宰理也。專言通幾，則所以為物之質理也。皆以通其質者也。”意思是說：德行、經濟、文章、技藝、權勢、兵符、法紀、訓詁、記事、寓喻等專科都可通稱為天人性命之學，及至於專門講天人性命之道、生死鬼神、仙定、養生、忘世、出世以及別傳善巧，都不外乎質測和通幾兩類。
他對於那些死守倫理，不務實學的儒者頗不以為然，指出：“世所為儒者，多有二病，窮理而不博，聞道而不為善。……守苦難，以尊禮法，與好作詭異以超禮法者，皆好名之徒，桎梏其至性為之者也”。“漢儒解經，類多臆說：宋儒惟守宰理，至於考索物理時制，不達其實，半依前人。”從學術角度批評了“儒者”的好名疏陋。認為西方的質測之學儘管還不完備，但卻較之通幾之學詳細。並以此為基礎建立了他的實學體系。
方以智還認為，對前人的知識不能無批判的繼承，必須“善疑”。要善於從別人不注意的地方發現問題。對前人積累下來的知識，“不可不識，不可不疑”他說：“吾與方伎游，即欲通其藝也，遇物慾知其名也。物理無可疑者，吾疑之，而必欲深求其故也”。
在質測通幾的指導下，他博採眾家之長，考尋變化之源，殫精竭慮，集三十年心血，考證名物象數，訓詁聲音，完成了開一代實學新風的巨著《通雅》在名物訓詁，文字學，者韻學等國小方面，方以智提出了“考世變之言，通古今之詁”的思想。他說：“愚歷考古今音義，可知鄉談隨世變而改矣。不考世變之言，豈能通古今之詁而是證名物乎？”“非考古不能訴源，非博洽旁通不能知古。”“固當旁采諸家之辨難，則上自金石鐘鼎，石經碑貼，以至印章款識，皆當究心者。”
他還提出了“事屬一字，字各一義，如遠西因事乃合音，因音而成字，不重不共”，“使萬世奉同文之化，是所望也”，改革漢字，使漢字拼音化的思想。在三百多年前，能有這樣的認識和想法，在當時是卓然獨立的。
《能雅》以其博大精深，不僅記錄總結了當時的科學文化知識，而且反映了作者唯物主義世界觀，其考據精核的學風和研究方法，還影響了清代的許多學人，開創了一代學術新風。
