主要職能
其職能配置、內設機構和人員編制規定如下：
一、職能調整（一）劃出的職能
將指導和管理社會審計的職能劃歸市財政局。
（二）新增的職能
1、對科（局）級黨政領導幹部和國有企業及國有控股企業領導人員進行任期經濟責任審計。
2、對市國有資產管理、營運公司進行審計監督。
3、根據審計署、省審計廳授權，對電力、郵政、電信、菸草、石油石化和氣象等行業及工商行政管理、地方稅務、技術監督等部門進行審計監督。
4、根據省政府規定，對城鎮集體所有制企業進行審計監督。
5、對社會保障資金和環境保護資金進行審計監督。
6、協助查辦經濟案件。
7、組織和開展計算機審計。
根據以上職能調整，市審計局的主要職責是：
（一）宣傳並貫徹落實國家有關審計工作的法律、法規和方針、政策，參與制定我市審計、財經方面的規範性檔案。
（二）制定全市審計制度、規範並監督執行；編制年度審計項目計畫，並組織實施。
（三）向市人民政府、南通市審計局報告以及向市有關部門通報審計情況，提出制定和完善有關政策法規、巨觀調控措施等方面的建議。
（四）依據《中華人民共和國審計法》等法律法規，直接進行下列審計：
1、市級財政預算執行情況和其他財政收支。
2、市級各部門、事業單位及下屬單位的財政財務收支以及預算外資金的管理和使用情況。
3、下級政府預算執行情況和決算以及預算外資金的管理和使用情況。
4、市屬金融機構的資產、負債和損益。
5、市屬公有及公有資產占控股地位的企業資產、負債、損益；接受財政補貼較多的市屬企業以及市政府授權的其他企業。
6、市財政性投資的重點基本建設項目和市區各類基本建設項目、技術改造項目的資金、使用效益。
7、外國政府和世界銀行等國際組織援助、貸款項目的執行情況和資金使用效益。
8、市政府部門管理的和社會團體受市政府委託管理的社會保障基金、社會捐贈資金及其他有關基金、資金的財務收支。
9、對與市級財政收支有關的特定事項進行專項審計和審計調查。
10、全市科局級黨政機關、民眾團體主要負責人以及市管企事業單位法定代表人任期經濟責任。
11、法律法規規定的其他審計事項。
（五）向市人民政府提交市本級財政預算執行情況和其它財政收支的審計結果報告；受市人民政府委託向市人大常委會提出市本級財政預算執行和其他財政收支審計工作報告。
（六）指導、監督和管理內部審計和鎮審計工作；檢查監督社會審計組織的審計業務質量；組織審計專業培訓。
（七）協助市人事局組織全市審計專業技術任職資格考試和評審工作。參與審計領域的學術交流活動。
（八）協助查辦經濟案件。
（九）辦理市政府和上級審計機關交辦的其他事項。
領導分工
黃春玉：局長、黨組書記，主持全面工作，負責局黨組工作，主管行政、審計工作，分管辦公室；
顧 霞：副局長，負責審計業務，分管財政金融審計科、審計管理科，負責老幹部工作；
吳昌虎：副局長、黨組成員，負責紀檢監察工作，分管固定資產投資審計科；
周 艷：副局長、黨組成員，分管行政企事業審計科，負責機關婦委會工作；
蔡玉新：局長助理、黨組成員，分管領導幹部經濟責任審計辦公室，協管審計業務；
王石岩：局長助理，負責工會工作，協管審計管理科，分管法制等工作；
陶志忠：副主任科員，負責外宣工作、黨支部工作，協助分管辦公室、老幹部工作。
科室職能
辦公室負責人：王靖翔
協助局領導,綜合 協調局機關日常工作，組織有關全局性會議，草擬、修改全局性文稿、報告；負責審計統計和綜合考核工作；負責行政、財務、資產管理；負責審計宣傳、審計信息、機關文電處理、保密、信訪、檔案管理、後勤服務、安全保衛等工作；負責計算機管理和區域網路維護及辦公自動化系統的規劃與管理；負責人事、老幹部管理服務工作；負責機關思想政治工作和精神文明建設。
負責人：馬雪江
負責審計本級預算執行情況和其它財政收支；負責審計下級政府預算執行情況、決算以及預算外資金管理、使用情況；負責審計市屬金融機構；接受上級審計機關授權對國有金融、保險機構進行審計；組織開展財政金融的審計調查。
負責人：張單華
負責審計與市財政有撥繳款關係的市黨政機關、人大機關、政協機關、司法機關、社會團體、事業單位及其下屬機構；負責審計市政府部門管理的和社會團體受市政府委託管理的社會保障基金、社會捐贈資金及其他有關基金、資金； 組織開展行政事業的審計調查。
負責審計市屬公有及公有資產占控股地位的工業、交通、商貿、糧供等企業；接受上級審計機關授權對供電、郵電、菸草等企業審計；組織開展企業審計調查。
負責人：郭志堅
主持召開聯席會議，研究落實領導幹部經濟責任審計計畫，組織並實施相關審計任務，聯繫協調領導幹部經濟責任審計過程中的具體問題。
負責人：黃錦良
負責對市級國家建設項目審計業務的管理、協調、監督工作；負責對市級各類基本建設、技術改造、市政工程等項目的開工前審計；並組織對上述建設項目的竣工結（決）算審計；負責對建設、規劃、建管等一級預算單位及其直屬機構進行審計；組織開展審計調查。
負責人：樊建斌
負責審計計畫、審計立項、審計質量檢查、審計業務培訓、審計覆核、聽證、行政複議、審計法制；指導、協調部門內部審計和鎮審計工作；負責社會中介審計機構業務質量監督。
負責人：楊啟斌
負責局機關及所屬單位的紀檢監察工作。
