職能任務
（一）開展農業財務管理研究，提出加強財務管理和推進財務管理改革的建議。
（二）承擔部本級部門預算資金及黨團工會經費等的會計核算任務。
（三）承擔部系統國庫資金集中支付相關服務工作，承擔部系統集中採購項目的實施工作。
（四）承擔部屬單位領導幹部經濟責任審計和其他各類專項審計工作，承擔部屬單位預算執行情況的監督檢查工作。
（五）承擔部屬單位的資產管理、住房資金管理和所辦實體產權登記等服務工作。
（六）承擔農業財政項目評審、項目執行監督檢查和項目驗收等工作。
（七）負責農業部財會管理信息系統的運行與維護工作。
（八）開展農業金融、農業保險以及農業支持保護政策等相關研究工作。
（九）負責中華農業科教基金會資金募集、基金管理、資助獎勵等日常業務工作，指導掛靠社會團體的業務工作。
（十）完成農業部交辦的其他工作。
現任領導
潘學峰 農業部財會服務中心主任 中華農業科教基金會副理事長兼秘書長
王從基 農業部財會服務中心副主任 中華農業科教基金會副秘書長
安曉寧 農業部財會服務中心副主任 中華農業科教基金會副秘書長
吳山民 農業部財會服務中心副主任 中華農業科教基金會副秘書長
內設機構
綜合處（基金會辦公室）：負責中心（基金會）黨務、人事、勞資、老幹部、網路維護和信息安全、後勤服務等工作；負責綜合管理事務的協調、督辦、落實工作；負責中心（基金會）資產管理和政府採購工作；承辦中心（基金會）領導交辦的其他工作。
財務處（基金會財務部）：負責中心（基金會）經費預算、經費決算、會計核算等財務管理工作；承辦中心（基金會）領導交辦的其他工作。
會計業務處：承辦農業部本級經費、黨團及工會經費的會計核算，編制農業部本級財務報告及提供項目經費使用信息；承辦農業部本級政府採購計畫和執行情況審核匯總上報工作；承辦農業部機關行政事業性收費收繳及部屬單位相關收費工作；承辦農業部財務管理信息系統的運行、維護工作；承辦主管部門和中心領導交辦的其他工作。
支付業務處：承辦農業部國庫集中支付管理和監督檢查工作；承辦農業部部門決算審核匯總上報工作；承辦農業部國庫資金結轉結餘情況的審核匯總上報工作；承辦主管部門和中心領導交辦的其他工作。
資產業務處：承辦農業部政府採購計畫和執行情況的審核匯總上報工作；承辦部屬事業單位國有資產保值增值等資產管理檢查和績效考評工作；承辦農業部部屬事業單位及所屬企業產權登記和企業經濟效益月度快報等工作；承辦國有資產、固定資產投資、企業財務、住房資金等決算和政府採購信息統計的審核匯總上報工作；承辦農業部部屬京內事業單位職工住房檔案信息系統管理、住房補貼發放方案備案審核工作；承辦主管部門和中心領導交辦的其他工作。
審計業務一處：承辦部屬單位領導幹部經濟責任審計、審計成果運用、審計技術信息化等工作；承擔部屬單位經濟責任審計整改意見落實情況回查工作；承辦主管部門和中心領導交辦的其他工作。
審計業務二處：承辦部門預算農業財政項目經費專項審計（專項檢查）及整改意見的回查工作；承辦農業部部門預算執行情況的檢查及整改意見的回查工作；承辦其他專項審計（專項檢查）工作；承辦對農業部掛靠社團財務管理的指導監督工作；承辦主管部門和中心領導交辦的其他工作。
項目評審處：承辦部門預算及相關中央轉移支付農業財政項目立項評審、預算評審、監督檢查和績效評價工作；承辦基本建設項目竣工財務決算審核工作；承辦農業財政項目管理系統運行維護管理；承辦主管部門和中心交辦的其他工作。
金融研究處：開展農業金融和農業保險相關制度研究，提出金融、保險支持農業農村經濟發展的政策建議；開展農業支持保護政策和項目設立研究，提出相關的財政、稅收政策建議；開展農業財務管理研究，提出加強財務管理和推進財務管理改革的建議；承辦主管部門和中心領導交辦的其他工作。
基金管理處（基金會資金管理部）：負責中華農業科教基金會的日常業務工作；負責資金募集、本金運作、獎勵資助項目實施等工作；承辦中心（基金會）領導交辦的其他工作。
