貢覺仲尼自幼在西藏色拉寺出家，9歲時，即在色拉寺出家為僧。後任色拉寺堪布。1923年8月，受十三世達賴喇嘛派遣接替前任駐京堪布、雍和宮札薩克喇嘛羅桑策墊（羅桑策殿）之職，任雍和宮堪布，次年1月到京由民國政府蒙藏院批准就任。
1926年8月，作為十三世達賴喇嘛的代表，被國民政府特聘為“國憲起草委員會”委員。1929年6月，應邀赴南京參加孫中山的奉安典禮。12月任“國民政府赴藏慰問專員”。1930年初攜蔣介石致十三世達賴喇嘛和察絨噶倫的信件到達西藏，奉命向達賴喇嘛和噶廈地方政府面陳國事，又於8月回京復命。1930年3月，十三世達賴喇嘛命其為西藏駐京總代表，負責溝通關係，並籌備辦事處。1931年3月，西藏駐京辦事處正式在南京成立，擔任首任處長；5月，作為達賴喇嘛的代表與其他5人一道參加了“國民會議”，先後擔任蒙藏委員會委員、常委，中央立法委員，中央執行委員等職。
“九·一八”事變後，與其他藏族人士一起，成立了“康藏旅京同鄉抗日救國會”，並率辦事處人員參加了“康藏同胞抗日大遊行”。1936年4月，卸任雍和宮堪布，回西藏，任布達拉宮大喇嘛，授札薩銜。1942年，被西藏地方政府任命為“外交局”副局長。1944年3月圓寂。
