南京故宮始建於元至正二十六年(1366年),地址在元朝集慶城外東北郊(即南京市中心東部),初稱“吳王新宮”,後又稱"皇城"。 由於當時朱元璋尚未稱帝,故新宮建築規模有限,只有中路的外朝和內廷建築,東西兩側空地均未興建宮室。 新宮東西寬790米,南北長750米,有門四座,南為午門,東為東華門,西為西華門,北為玄武門。 入午門為奉天門,內為正殿奉天殿,殿前左右為文樓,武樓。 後為華蓋殿,謹身殿。 內廷有乾清宮和坤寧宮,以及東西六宮。
洪武元年(1368年),朱元璋即位稱帝,以應天府為南京,開封為北京,並於次年在鳳陽興建中都城。 由於人力物力全被集中於中都城池和宮殿的興建,因此南京宮殿的擴建工作再度終止。 此後數年間只對已有宮殿進行了必要的維修。
洪武八年(1375年)朱元璋放棄建設中都的計畫,集中力量修建南京。 此次修建,增設午門左右兩闕,在奉天門左右增加東西角門,並增建文華殿,武英殿等建築。洪武二十五年(1392年),再次增建,在皇城外增設宮牆,以新牆之內為皇城,原皇城改稱宮城。 在宮城前建造了端門,承天門,金水橋,形成"T"字型廣場,向南直抵1373年建造的洪武門。廣場東側為五部(刑部在皇城之北的太平門外),西側為五軍都督府。
南京故宮修建時注意了風水的問題,以紫金山的富貴山為靠山,但是由於選址的局限,內廷部分是在被填平的燕雀湖上建造的,雖然採用了打入木樁,巨石鋪底,以及石灰三合土打夯等方法加固地基,但日久之後仍然出現地基下沉的問題,宮內容易形成內澇,排水不易。同時宮城離外城過近,戰時不易防衛。[