主要區別
1． 模型：系統的模型通常用主體（agent）及其相互作用來描述，或者用演化的變結構描述。
2． 目標：以系統的整體行為，如湧現（emergence）等作為主要研究目標和描述對象。
3． 規律：以探討一般的演化動力學規律為目的。例如，冪律(power low），遺傳規則，自組織臨界性（Self-Organized Criticality）等。
它強調數學理論與計算機科學的結合。元胞自動機，人工生命，人工神經元網路，遺傳算法等都可看作它的虛擬實驗手段。
特徵
非線性理論觀察和分析事物的複雜系統，要求克服對立統一規律觀察和分析事物簡單的兩元結構思 維。在複雜系統理論看來，世界所有事物，都自成系統又歸屬於一個高於其結構的更大系統。每個系 統，相對於高於其結構層次的大系統而言，它只是構成這個大系統的一個或幾個要素，或作為大系統的 某一結構層次的事物而存在。事物因其歸屬不同，因其所處關係或結構不同，而成其為不同的存在，成 其為不同性質的事物。與此同時，分處不同的系統或系統不同層次中的事物，當其組織的外延超出了一 定的格局或一定的物質、能量、信息場域時，那外面的更大系統或系統的更大層次則既可能是統屬該系 統的更宏大系統，又可以是該系統賴以存在和發展的外部環境。比如地球是一個自成系統的宏大事物，但它歸屬於太陽系，太陽系是統屬地球的一個更宏大的系統，地球僅作為它的一個成分、一個要素而存 在，，但若把地球當作一個系統看待，太陽系則成為地球生存和發展的環境。自然，太陽系歸屬於更大於 它的銀河系。當我們把太陽系作為一個相對獨立的系統看待時，銀河系則成為太陽系生存和發展的外部 環境。這個外部環境，不僅影響和規定著太陽系的整體運演，還大量間接地影響和規定著太陽系內各星 球的生存和發展。相對地，它又是太陽系每個場域要素——星球更宏遠的外部環境。事物複雜系統的這 種層層相屬、環環相扣的互規定關係，是事物的真實存在，遠非是一種矛盾雙方的對立統一關係定在： 複雜系統理論要求對事物存在、運動、發展的機理，作出超越矛盾二元結構簡單思維的立體理解。
