主要職責
負責擬訂醫療機構、血站和醫務人員管理的有關法律、法規、規章、政策並組織實施；
負責擬訂醫療技術套用管理的法規、規章、政策並實施醫療技術套用準入管理；
負責擬訂醫療質量和醫療服務管理的規章、標準、規範、政策並指導實施，建立醫療質量管理控制體制和體系；
負責擬訂血液安全管理的規章、政策並組織實施;推動無償獻血工作；
負責擬訂護理管理的法規、規章、標準、政策並指導實施；
負責擬訂臨床重點專科建設的規劃、標準、政策並指導實施；
負責擬訂醫療機構藥事管理、藥品和醫療器械臨床套用管理的規章、規範、政策並指導實施；
參與擬訂藥物、醫療器械臨床試驗管理的法規、規章、政策並指導實施；
負責擬訂醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理的法規、規章、規範、政策並指導實施;組織擬訂醫療康復的規章、規範、政策並指導實施。
編制設定
行政編制18名，設綜合處、醫療機構管理處、醫療管理處、血液管理處、護理管理處。
領導班子
於宗河
於宗河，司長，學歷：1959.9-1964.8，白求恩醫科大學；1985.6-1986.7，菲律賓大學於宗河公共衛生學院醫院管理專業，菲律賓。工作簡歷：1964.8-1984.4，北京協和醫院內科、內分泌科，住院醫師，主治醫師；1984.4至今，衛生部醫政司處長，副司長，司長。
60年代畢業於白求恩醫科大學，在著名的北京協和醫院從事內科、內分泌科臨床工作，基礎知識和臨床功底都比較深厚。1984年被調往衛生部醫政司，由臨床轉為從事醫政管理。他能認真學習、刻苦鑽研國際、國內醫院管理的理論和經驗。他在中國首次提出實行醫院分級管理和醫院評審制度，使中國醫院巨觀管理體制發生重大變革，推動了醫院發展；他力主醫療服務不可市場化，對把握醫療系統改革發展方向起了重大作用。
王羽
王羽，司長，男，漢族，1954年6月生，1978—1982年哈爾濱醫科大學醫學系學生、團支部書記，1982—1987北京首都醫科大學北京朝陽醫院醫師、主任醫師，1987—至今衛生部醫政司副處長、處長、副司長、司長。主要兼職：中國醫師協會副會長。從事醫療行政管理多年，參與多部法律法規、規章醫療工程改革政策的起草制定、並組織實施。
趙明鋼
趙明鋼，副司長 ，男，漢族，中共黨員，衛生部醫政司副司長。曾先後在衛生部醫政司醫院管理處、世界衛生組織駐華代表處、衛生部醫政司醫療服務管理處工作。
