簡介
《續日本紀》第一次記載藤原種繼是在766年（天平神護2年）由從六位上升為從五位下，同時敘爵的人還有和氣清麻呂。
2年後出任美作守，之後歷任近衛少將、紀伊守、山背守、左京大夫、下總守、左衛士督、近江守。由藤原式家所擁立的光仁天皇即位後，藤原式家的政治影響力上升，藤原種繼的官位也隨之上升。特別在藤原種繼的叔父藤原良繼、藤原百川去世後，藤原種繼成了藤原宇合的眾孫之中的最年長者，成為藤原式家的代表。桓武天皇將藤原種繼非常信任，視之為心腹。藤原種繼是遷都長岡京的策劃者和執行者。782年（延曆元年）藤原種繼出任參議、式部卿，784年（延曆3年）出任中納言。
785年（延曆4年）藤原種繼被反對遷都的貴族暗殺。以藤原種繼暗殺事件為契機，早良親王被指為慕後黑手，在流放之時，絕食抗議而死。著名詩人大伴家持也被指為主謀，死後不被允許下葬。
生平
遷都長岡京784年，桓武天皇希望遷都，有“天皇極其信任、內外之事皆決之”的評價的藤原種繼提倡遷都於山背國乙訓郡長岡之地。奉桓武天皇命令的藤原種繼，帶領藤原小黑麻呂（藤原北家）、佐伯今毛人、紀船守、大中臣子老、坂上刈田麻呂等人到長岡視察，同年被任命為長岡京的造宮使，實際是遷都的總負責人。遷都之前的長岡與藤原種繼母親的娘家秦氏（自稱是秦始皇后裔，日本著名的渡來人一族）的根據地山背國葛野郡很接近，有地方支持的基礎。秦足長、大秦宅守等秦氏一族由於造宮之功被敘爵。
藤原種繼暗殺事件遷都後不久的785年（延曆4年）舊曆9月23日夜裡，藤原種繼在監督營造宮殿時被箭矢射中，第二日去世。事件發生在桓武天皇離開大和國之時。大伴竹良等人作為暗殺犯被逮捕，調查審訊之後，大伴繼人、佐伯高成等十幾人被捕縛著斬首。事件不久前的舊曆8月28日去世的大伴家持被作為首謀者，從官籍中除名。因此事件被連座而流放的有五百枝王、藤原雄依、紀白麻呂、大伴永主等多人。其後，事件發展到桓武天皇的同母弟早良親王的皇太子之位被廢，在流放時憂憤而死。原本，藤原種繼就和早良親王關係不和，究竟早良親王實際上是否與暗殺事件有關，並不能確定。但是，大伴家持生前是春宮大夫，佐伯高成和其他被逮捕者中很多也是皇太子的家政機關春宮坊的官吏。其後又在很短的時間內從長岡京遷都到平安京，早良親王化作怨靈作祟，據說是這一連串事件的原因之一。
藤原種繼去世後，桓武天皇追贈其為正一位左大臣。809年（大同4年），藤原種繼又被追贈太政大臣。
官曆
（沒有特別加注釋者出自《六國史》）
天平神護2年（767年）11月5日：從五位下
神護景雲2年（768年）2月18日：美作守
寶龜2年（771年） 閏3月1日：紀伊守
寶龜2年（771年）9月16日：山背守
寶龜5年（774年） 正月7日：從五位上
寶龜6年（775年）9月27日：近衛少將
寶龜8年（777年） 正月10日：正五位下
寶龜9年（778年）2月23日：左京大夫
寶龜11年（780年）3月17日：下總守
寶龜11年（780年）12月11日：正五位上
天應元年（781年） 正月16日：從四位下
天應元年（781年）4月15日：從四位上
天應元年（781年）5月25日：近江守
天應元年（781年）7月10日：左衛士督
延曆元年（782年）3月26日：參議
延曆元年（782年）6月21日：正四位下
延曆2年（783年）4月18日：從三位
延曆2年（783年）7月25日：式部卿兼近江按察使
延曆3年（784年） 正月16日：中納言
延曆3年（784年）6月10日：造長岡宮使
延曆3年（784年）12月2日：正三位
延曆4年（785年）9月24日：贈正一位・左大臣
大同4年（809年）4月12日：贈太政大臣
