1973年，他加入了胡安.博什創建的解放黨，後者被他視為導師。費爾南德斯1994年一度成為副總統候選人。
第一個總統任期（1996-2000）
由於1994年的選舉被指責為受到了以華金.巴拉格爾為首的天主教社會改革黨的操縱，在輿論的壓力下，巴拉格爾總統同意在1996年重新舉行大選。經過兩輪總統選舉，他以微弱優勢獲勝。於1996年8月16日接任總統。
在這屆任期中，費爾南德斯的主要任務是經濟和司法改革。這期間，多米尼加的經濟成長率保持在7%左右，為拉丁美洲之首。通貨膨脹率長時間保持在個位數，為拉美最低。
由於憲法禁止連任，費爾南德斯無法參加2000年大選。解放黨的候選人梅迪納在大選當中失利。因為魅力無窮的反對黨候選人梅希亞抓住了選民的心理——當時選民並不認為大規模的經濟改革已經改善了他們的生活。他們還懷疑國家經濟的真正增長幅度。
第二個總統任期（2004年至今）
2004年5月16日，費爾南德斯再次當選多米尼加總統。這次的當選是由於9.11事件後石油價格大幅上漲造成的多米尼加經濟的大滑坡。梅希亞當局沒能有效制止這種經濟混亂。
8月16日，費爾南德斯再次就職。不少多米尼加人認為他是一位有創新思想的政治家，也有人批評他過於關心技術進步，以至於忽略了老百姓的基本需求，如食物、健康、教育等等。也許費爾南德斯在諒解的任期內最大的不足就是沒能夠解決長期困擾該國的能源問題。
2007年初選
梅希亞總統期間，多米尼加憲法出現了改動，允許總統謀求連任，儘管梅希亞未能連任成功，但是憲法的修改給了費爾南德斯一個機會。72%的解放黨成員支持費爾南德斯尋求連任，從而使得他成為解放黨的官方候選人，準備參加2008年5月的大選。如果他贏了，他將開始他的第三個任期（2008-2012年）
2008年5月16日，多米尼加總統選舉如期舉行，費爾南德斯一舉獲得53%的選票，直接當選新一任總統，革命黨的米蓋爾·巴爾加斯獲得41%的選票。
與中國的關係
多米尼加共和國與台灣有“外交關係”。7月，費爾南德斯宣稱，他希望保持與台灣的“外交關係”，但他注意到中國顯著的政治和經濟地位。並且願意同中國發展貿易往來。最近的聲明當中他提到，至少在2008年前，多米尼加不會斷絕與台灣的“外交關係”。目前多米尼加與中國大陸的貿易額已經是與台灣貿易額的六倍
