生物光子學研究院是華南師範大學第一個以科研為主的研究型學院，於2009年1月以雷射生命科學教育部重點實驗室、光子中醫學實驗室為核心單位組建，立足新興交叉學科生物光子學基礎與套用研究，以發展生命體結構與功能信息的光子學檢測技術為核心，開展從基因水平、分子水平、細胞水平、到組織水平的多層次、多模式、全方位的無損、快速生物光子學診斷方法和監測技術，其研究內容涵蓋了光子學技術與生物醫學、農業、環境科學等的前沿交叉領域。
研究院現有教職工41名，其中中科院院士1名，國家傑出青年1名，博士生導師12名，教授級人員14名，副教授級人員13名，具有博士學位人員34名，國外留學回國人員6名，形成了以院士、中青年學科帶頭人為骨幹的優秀學術隊伍，科研隊伍平均年齡降低到40歲以下；並於2008年獲“教育部長江學者與創新團隊計畫”資助；研究院科研人員連續4年擔任國際光學界最具影響力的美國Photonics West大會生物光子學會議主席；三位教授分別被選為美國光學學會（OSA）和國際光學工程學會（SPIE）的Fellow。
研究院建成了一套完整的“碩士-博士-博士後”高層次、多學科交叉的人才培養體系，現有博士學位點5個，其中包括光學國家重點學科，生物物理學、生物醫學光子學、聲學、分析化學；碩士學位點5個，其中包括光學、光學工程、生物物理學、聲學、分析化學；博士後流動站2個，其中包括物理學、生物學（生物光子學方面）；已培養出一批高素質、高層次的科研人才。研究院十分注重開展學術交流，促進對外的學術聯繫和合作，以提高各學科點在國內外的學術地位。
研究院以科學創新為原始動力，以國際領先為直指目標。（1）近五年來新增國家“973”計畫課題2項，“863”計畫課題1項，教育部創新團隊項目1項，國家自然科學基金廣東省聯合基金重點項目1項、國家自然科學基金儀器專項2項等40餘項國家級課題。（2）已在國際頂級期刊Chemical Review、Nano Letters、Phys Rev Lett、Small、Biomaterials等發表300餘篇SCI論文，主要論文被Nature、Nat. Biotechnology、Nat. Rev. Cancer、Chem. Rev.等頂級刊物大量引用，SCI期刊論文他引超過5000次；（3）2008年獲美國醫學物理學會“Sylvia Sorkin Greenfield Award”獎；1996年、2005年度廣東省自然科學一等獎2項；2000、2008、2009年度廣東省自然科學二等獎3項；2012年度獲教育部高等學校科學技術獎二等獎1項。
