發酵工藝
“菌藥”的發酵過程，其實就是微生物在其培養基（中藥）上生長繁殖的過程，在這個過程中，細菌吞噬吸取培養基的營養成分，將這些成分在體內進行融合、轉化，形成新的物質。經過反覆篩選，這些新物質在效用上遠大於原來的中藥。就像利用糧食釀出的酒一樣，酒精的分子結構已經和糧食大不相同了。微生物對中藥材的這種生物轉化不僅是一種提純，更是在分子結構上的一種最佳化。“菌藥”的這種生物轉化是它區別於以往藥物的關鍵。
判斷標準
國際上菌藥的定義是，只有利用微生物技術對活的、有足夠數量並對宿主有益的微生物菌種與有效藥物的合成才能稱之為菌藥。現在常用“兩個標準”來判斷菌藥是否有效。
菌種決定功效
所有菌藥的功效是以“菌種”為準的。菌種退化會導致菌絲體生長緩慢，對環境、雜菌等的抵抗力變弱，因此菌藥的基礎菌種必須及時更新換代。
生物活性是關鍵
人體的吸收功能是有限的，因此製成菌藥的生物活性越高對人體的作用越大。在菌藥進入人體發揮作用的過程中會經過一段漫長的過程，只有生物活性高的生物體才能有效。
菌藥的發展過程
第一代“菌藥”第二代“菌藥”時期20世紀及以前21世紀製備工藝以簡單原料為培養基的微生物發酵法以中藥配方為培養基的微生物發酵法特點效果單一效果全面
菌藥的套用
自90年代初以來，形形色色的菌藥風靡了整個世界。與此同時，“菌藥”的研究業已成為國際上的熱門研究課題。而“菌藥”的異軍突起給我們帶來了新的希望。通過不同的微生物在分子水平上的代謝轉化、修飾得到全新的結構，不但增加了新適應症，而且變廢為寶，從而擴大了治療範圍；另一方面通過微生物的發酵轉化，增加了藥物的活性，從而使藥效大大增強。
21世紀菌藥領域走在前列有寶曲，它是現在科學家利用特定微生物發酵產生的。寶曲是以三種中藥三七、川芎、銀杏葉為培養基，利用紅曲菌發酵獲得的，克服紅曲菌單一的降血脂特點，具有作用全面的優勢。
