機構設定
市公安局設13個內設機構，8個直屬支隊，5個基層單位，4個分局。
內設機構
莆田市公安局指導、協調全市公安機關的警務督查工作，負責對本級公安機關所屬單位和下級公安機關及其人民警察依法履行職責、行使職權和遵守紀律情況的監督，受理民眾對公安機關及民警的控告、申訴。
（二）辦公室（下設4個科：綜合研究科、秘書科、信訪科、統計督查科）聯繫電話：2682040
負責掌握公安工作情況，協助局領導組織實施全局業務工作，承擔公安調研、統計、機要、檔案管理工作；負責公安重要會議會務；管理、督促查處民眾來信來訪和控告申訴。
（三）政治部（下設5個科：隊伍管理科、人事科、宣傳科、教育訓練科（與市人民警察培訓學校合署）、老幹部工作科）聯繫電話：2772520
為市公安局黨委主管公安政治工作的辦事機構和負責指導全市公安隊伍建設的行政職能部門。
（四）裝備財務科（聯繫電話：2772073）
負責全市公安業務費和專項經費的預、決算和計畫、申報、分配及經費的會計核算和財務管理；負責全市公安機關裝備建設和規劃及檢查指導；負責全市公安機關人民警察服裝計畫、調撥、發放工作；負責財務、基建、房產、辦公設備、裝備管理工作及幹警醫療保健生活等行政服務、後勤保障工作等。
（五）指揮中心（聯繫電話：2772041）
管理全市公安110報警指揮系統，接受民眾24小時報警求助，指揮調度全市“110”接處警，協調處理緊急警務。
（六）監所管理科（聯繫電話：2772018）
指導全市指導、檢查、監督全市的監所管理工作。
（七）出入境管理科（下設湄洲島口岸簽證處）聯繫電話：2682798
辦理全市公民因私出境（國）審批發照，負責對轄區的外國人及華僑、港澳台同胞的管理工作，
（八）戶政管理科（聯繫電話：2772030）
負責指導全市公安機關戶口登記、遷移審批和流動（暫住）人口等各類人口管理；負責指導全市居民身份證、臨時身份證的發放、管理和檢驗工作等。
（九）信息通信科（與科技科合署）聯繫電話：2772031
負責全市公安系統信息通信網路建設和科技建設項目，協調社會公共安全產品技術監督及安全技術防範工作。
（十）公共信息網路安全監察科（聯繫電話：2772802）
承擔全市公共信息網路和國際網際網路的安全保護工作，承辦和指導信息網路違法犯罪案件的查處工作。
（十一）對外聯絡辦公室
（十二）法制科（聯繫電話：2772737）
負責規劃、指導全市公安法制工作，實施內部執法監督，承辦本局行政複議、行政訴訟案件。
（十三）警衛科（聯繫電話：2772028）
負責組織實施本市的重大安全警衛工作。
根據有關規定設定紀委（與派駐的監察室合署辦公），按照《黨章》和《行政監察法》履行職責；機關黨委，負責局機關的黨群工作、理論學習和思想政治工作。
直屬支隊
（一）刑事偵查支隊（下設綜合科、6個大隊）（聯繫電話：2772770）
承擔全市刑事偵查工作的組織、規劃、指導、協調、服務和部分實戰職能。掌握、分析全市的刑事犯罪情況，收集、通報、交流全市刑事犯罪信息，研究預防、打擊對策；組織指導和監督全市公安機關偵查破案、打擊刑事犯罪工作；承擔各類微量物證的檢驗鑑定和疑難案件痕跡物證和覆核鑑定，為全市刑偵部門偵破疑難案件提供技術、情報和信息支援；指導全市刑事技術點建設，負責刑事專業技術人員的培訓，組織刑事技術的推廣套用。
（二）行動技術支隊（略）
（三）巡邏特警支隊（下設綜合科、2個大隊）（聯繫電話：2772059）
負責指導全市公安巡特警隊伍業務建設，指導、組織和參與指揮突發性治安事件處置和重大治安案件的查處工作，負責經常性的治安巡邏等工作。
（四）經濟犯罪偵查支隊（下設綜合科、4個大隊）聯繫電話：2772023
指導或直接偵辦破壞社會主義市場經濟秩序和部分侵財性等犯罪案件。
（五）國內安全保衛支隊（下設綜合科、5個大隊）聯繫電話：2772712
維護社會政治穩定和國家安全、維護國家統一和民族團結、維護憲法確立的基本政治原則。
（六）治安支隊（下設綜合科、5個大隊）聯繫電話：2772015
指導和實施治安行政管理、特種行業管理等工作；受理和查處各類違反《治安管理處罰法》等法律、法規的治安案件以及由治安部門管轄的有關刑事案件。
（七）禁毒支隊（下設綜合科、3個大隊）聯繫電話：2772024
掌握全市毒品違法犯罪活動動態，研究擬定預防、打擊對策；偵破毒品犯罪案件，緝拿販毒、吸毒、製毒及種植毒品植株嫌疑人員。
（八）交通警察支隊（值班電話：2292347）
指導、監督、實施道路交通安全管理，分析研究道路交通形勢，開展交通安全宣傳教育，負責對駕駛牌證的管理工作。
基層單位
（一）莆田市第一看守所（聯繫電話：2682294）、莆田市第二看守所（聯繫電話：2690532）
承擔市、區兩級公安、檢察、法院等政法機關承辦的犯罪嫌疑人、被告人的羈押、管教任務及部分輕刑、拘役犯人的管教改造任務。
（二）莆田市拘留所（聯繫電話：2688932）
負責對被裁決治安拘留的人員進行教育和管理。
（三）莆田市公安局收容教育所（聯繫電話：2688932）
負責收押管教全市被收容教育的賣淫、嫖娼人員。
（四）莆田市強制戒毒所（聯繫電話：2682602）
依法通過行政強制措施，對吸食、注射毒品成癮人員在一定時期內，進行生理脫毒、心理矯治、適度勞動、身體康復和法律、道德等教育。
派出機構
市公安局派出機構為荔城分局、城廂分局、涵江分局和秀嶼分局等4個分局。
現任領導
陳楓（市政府黨組成員、市公安局黨委書記）：主持市公安局全面工作，主管辦公室工作。凌鄭平（局黨委副書記、副局長）：協助分管警務保障處、經濟犯罪偵查支隊、出入境管理處、警衛處、交警支隊、打私工作處，聯繫邊防支隊、邊檢站、海警二支隊、高速交警支隊，掛鈎城廂分局，帶班日期為每月日期尾數逢1日。
陳育煌（局黨委副書記、副局長）：協助分管國內安全保衛支隊、公共信息網路安全監察支隊、指揮中心（情報中心）、信通處、對外聯絡辦公室、維穩辦，負責市委維護穩定領導小組辦公室工作，掛鈎荔城分局，帶班日期為每月日期尾數逢6日。
吳建華（局黨委委員、副局長）：協助分管特警支隊、治安支隊、戶政處，聯繫興安公司、消防支隊、海關緝私分局、鐵路派出所，掛鈎秀嶼分局，帶班日期為每月日期尾數逢3日。
王宗雄（局黨委委員、交警支隊長）：主持交警支隊工作，帶班日期為每月日期尾數逢9日。
陳武（局黨委委員、副局長，掛職）：協助分管反恐辦，機要、保密、檔案、綜治平安、政府信息公開工作。
唐輝煌（局黨委委員、副局長）：協助分管刑事偵查支隊、技術偵察支隊、禁毒支隊、監所管理處、市第一看守所、第二看守所、拘留所、市局收容教育所、強制隔離戒毒所，聯繫市森林公安局，掛鈎涵江分局，帶班日期為每月日期尾數逢5、8日。
陳忠（局黨委委員、政治部主任）：主持政治部工作，協助分管機關黨委、市人民警察訓練學校，聯繫市見義勇為基金會、市警察協會、公安文學藝術體育聯合會，帶班日期為每月日期尾數逢2、7日。
柳建忠（局黨委委員、副局長、荔城公安局長）：主持荔城分局工作。
李洪忠（局黨委委員、紀委書記）：主持局紀委、監察室工作，協助分管警務督察隊、法制處（信訪處），掛鈎仙遊縣公安局，帶班日期為每月日期尾數逢4和0日。
