（1）將培養24小時左右的枯草芽孢桿菌或其他芽孢桿菌，作塗片、乾燥、固定。
（2）滴加3—5滴孔雀綠染液於已固定的塗片上。
（3）用木夾夾住載玻片在火焰上加熱，使染液冒蒸汽但勿沸騰，切忌使染液蒸乾，必要時可添加少許染液。加熱時間從染液冒蒸汽時開始計算約4—5分鐘。這一步也可不加熱，改用飽和的孔雀綠水溶液（約7．6％）染10分鐘。
（4）傾去染液，待玻片冷卻後水洗至孔雀綠不再褪色為止。
（5）用番紅水溶液復染1分鐘，水洗至水為無色。
（6）待乾燥後，置油鏡觀察，芽孢呈綠色，菌體呈紅色。
注意
（1）選用適當菌齡的菌種，幼齡菌尚未形成芽孢，而老齡菌芽孢囊已經破裂。
（2）加熱染色時必須維持在染液冒蒸汽的狀態，加熱沸騰會導致菌體或芽孢囊破裂，加熱不夠則芽孢難以著色。
方法2、
（1）取二支潔淨的小試管，分別加入0．2ml無菌水，再往一管中加入1—2接種環的蠟狀芽孢桿菌的菌苔，另一管中加入1—2接種環的生孢梭菌的菌苔，兩管各自充分混合成濃厚的菌懸液。
（2）在菌懸液中分別加入0．2ml苯酚品紅溶液，充分混合後，於沸水浴中加熱3—5分鐘。
（3）用接種環分別取上述混合液2—3環於兩片載玻片上，塗薄，風乾後，將載玻片稍傾斜於燒杯上，用95％乙醇沖洗至無紅色液流出。
（4）再用自來水沖洗，濾紙吸乾。
（5）取1—2接種環黑色素溶液於塗片處，立即展開塗薄，自然乾燥後，油鏡觀察，在淡紫灰色背景的襯托下，菌體為白色，菌體內的芽孢為紅色。
