芝加哥河起源於密西根湖，流經芝加哥的中心——盧普區。
芝加哥河孕育了芝加哥市，它連線了五大湖和密西西比河水系。
20世紀初，為使芝加哥河的城市污水不繼續污染密西根湖水，芝加哥河水流方向被倒轉，通過運河向南匯入密西西比河水系。
芝加哥河共有三條分支，呈“Y”字形匯集於，芝加哥河平均流量16.5立方米/秒，其中主幹道平均流量為3.9立方米/秒。
芝加哥河北支流也被稱作“蓋瑞河”（Guarie River），它發源於距離芝加哥市中心北面40英里遠的帕克城，由東、中、西分流組成。
西分流發源於梅塔瓦（Mettawa），東分流（Skokie River）發源於帕克城（Park City）而中分流發源於倫道特（Rondout）。
東分流先沿著密西根湖畔向南流，與中分流在沃特斯米特森林(Watersmeet Woods)匯集成流形成初步的北支流，接著再和西分流於莫頓格羅夫 (Morton Grove)匯聚成最終的北支流。
經改道之後，芝加哥的主幹流由密西根湖流向沃爾夫波因特，與北支流一起匯入南支流流向西南面。
主幹流的源頭在密西根湖，河流的表面高程低於芝加哥市（平均海拔高度為176.63米）的高程0.15-0.61米。
而芝加哥的南支流以北支流和主幹流的交匯點沃爾夫波因特為起點，在芝加哥環境衛生和航行運河（Chicago Sanitary and Ship Canal）處為終點，與卡拉麥特河（Calumet River）交匯。
雖然芝加哥河的長度雖然只有251公里，但芝加哥河形成的全部流域覆蓋面積達674平方英里。
從大型哺乳動物土狼到細小的浮萍，芝加哥河流域孕育了上百種生物物種。
