艾倫出生於英國的布里斯托（Bristol），父親是聖公會牧師，他是五個兄弟姐妹中最小的一個。艾倫早年失去了雙親，卻獲得獎學金得以在牛津大學的聖約翰學院接受教育，並在利茲的聖職人員訓練學校（屬英國國教高派教會）就讀。
1892年，艾倫被按立為執事，次年成為英國教會的牧師。1895年，艾倫受海外廣傳福音會差派，到其轄下的中國華北差會開展工作。
1900年，正當他籌備在北京為中國的慕道友開辦一所新的神學院時，與其他外國人一起受到義和團的圍困。被外國軍隊解救後，艾倫就他的經歷撰寫了《北京公使館歷難記》（1901年）。
在回英國休假期間，艾倫與瑪麗（Mary B. Tarlton）結為伉儷。他們於1902年一起返回中國華北，第一個孩子就出生在那裡。但由於艾倫不久生病，全家只好返回英國。
艾倫在英國負責一個教區，直到1907年。由於教會定了一項原則，要求他必須為每一個帶到他面前的孩子施行聖禮，而不管父母是否是真誠的基督徒，他因此辭職以示抗議。
此後，艾倫一直未擔任正式職務，但繼續作一個義務牧師，以寫作和演講維持生計，直到將近40年後在肯亞去世。
由於其早期所經歷的危機，艾倫對自己的蒙召、西方教會的神學和宣教方法進行了激進、徹底的重估。他是早期的倪維思（Nevius）計畫積極擁護者，該計畫旨在一開始就建立自治、自養、自傳的教會。艾倫盼望教會的模式要適應當地的文化背景，而不是僅僅模仿西方的基督教。
要達到這一目的，傳教士就必須把責任轉交給當地的教會領袖，哪怕就專業訓練或能力而言，他們還算不上神職人員。艾倫批評傳教士的家長式作風和保護姿態，不相信聖靈能夠引導新生教會的發展。不過，他並沒有脫離安立甘宗，並堅持聖禮、信經和主教監督的重要性，它們可以維持紀律並使教會與普世教會保持聯繫。
1910年艾倫訪問印度，稍後在加拿大和東非從事研究，使他更堅定了這些看法。1912年出版了他最負盛名、影響也最久的著作：《宣教方法：是聖保羅的還是我們的？》。
第一次世界大戰後，艾倫與公理會信徒西德尼·克拉克（Sidney J. W. Clark）創辦的Survey Application Trust and World Dominion Press開始了長期的合作。在報社的協助下，他出版了其他一些書籍和小冊子，詳細闡述了他對基督教宣教的反思，其中較為著名的有《五旬節與世界》（1917年）、《教會的自發擴展及其背後的原因》（1927年）、以及《志願神職人員的案例》（1930年）等。
艾倫在世時，他的思想對教會和宣教差會沒有什麼影響。但正如他所預見的那樣，他的作品後來被重新發掘（1960年代），對許多地方的宣教學和教會論產生了越來越大的影響，即便在中國，其影響也不小。
