設立背景
我國的研究生（博士研究生、碩士研究生）學位體系分為傳統研究型的科學學位和面向技能型的專業學位。科學學位就是科學博士（Ph.D.）和科學碩士，偏向對科學的探索，實際上也就是偏向科研。而專業學位比如臨床醫學博士、臨床醫學碩士、口腔醫學博士、口腔醫學碩士、法律碩士、會計碩士、工商管理碩士（現今很熱的MBA）、工程碩士等，更偏向於實際套用。
以臨床醫學為例，本科生畢業後，可以報考專業學位和科學學位。科學學位享受全獎或半獎、享受國家助學金，可以參加研究生三助工作；而專業學位學費全額自理、不享受統一籌撥的國家助學金，原則上也不能參加學校供給的三助工作。在培養年限上，專業學位整體上相對於科學學位而言，培養時間較短。
在培養計畫上，醫學科學學位偏向於不脫離臨床工作的科研，而上臨床的時間相對較少，但畢業論文的要求就相對較高。而醫學專業學位更側重於臨床技能培養，對臨床科研的培養要求低於科研型，因此對畢業論文的要求沒有科學學位嚴格。因此，在醫學院校，科學學位稱為科研型，專業學位稱為臨床型（或技能型）。
在報考研究生時，臨床型（即專業學位）的要求更嚴格：必須是國內高等院校臨床醫學全日制本科畢業，取得執業醫師執照（以前還要求從事醫療工作3年或以上）方有資格報考，而科學學位的報考條件就是一般考研的資格。在選擇專業時，選擇某一具體學科（如“普外科（肝膽疾病科學）”）方向，則就是科學學位，而統一選擇“臨床醫學技能訓練與研究”則就是專業學位。
在就業上，目前科研型（也就是科學學位）更受醫療機構的歡迎，從而被學生戲稱為“一分錢一分貨”，而專業學位的學生就業壓力相對較大。
在我國長學制醫學教育中，七年制培養出來的醫學碩士，八年制培養出來的醫學博士，都屬於專業學位。當然，我國最古老最優秀的醫學院——中國協和醫科大學（北京協和醫學院）開設了八年制專業學位畢業後，再在實驗室進行三年科研，取得科學學位，從而擁有雙博士（臨床醫學博士專業學位+醫學博士科學學位）的高級臨床科研人才。
培養目標
1、擁護中國共產黨的領導，擁護社會主義制度，熱愛祖國，具有良好的醫德醫風，團結協作，身體健康，願為我國現代化建設和臨床醫學事業而獻身；
2、具有較嚴密的邏輯思維和較強的分析問題、解決問題的能力，熟練地掌握本學科的臨床技能，能獨立處理本學科常見病及某些疑難病症，能對下級醫師進行業務指導，達到衛生部頒發的《住院醫師規範化培訓試行辦法》中規定第二階段培訓結束時要求的臨床工作水平；
3、掌握本學科堅實寬廣的基礎理論和系統深入的專業知識；
4、具有從事臨床科學研究工作的能力，能緊密結合臨床實踐，選定科研課題，實施科學研究，完成一篇具有一定臨床套用價值的學位論文並通過答辯；
5、掌握一門外國語，能熟練閱讀本專業外文資料，具有一定的聽、說和寫作能力。
總結來說，就是要求培養具有較嚴密的邏輯思維和較強的分析問題、解決問題的能力，熟練地掌握本學科的臨床技能，能獨立處理本學科常見病及某些疑難病症，能對下級醫師進行業務指導的醫師
申請資格
（一）具有研究生學歷者申請臨床醫學專業學位
1、現行的臨床醫學研究生採取“分段連續培養、中期考核篩選、擇優進入第二階段、直接攻讀博士學位”的辦法培養。完成第一、第二階段培養者，可申請臨床醫學博士專業學位；完成第一階段培養但未升入第二階段者，經過一年臨床工作實踐，可申請臨床醫學碩士專業學位。
2、通過研究生培養的途徑獲得臨床醫學碩士學位者，自獲得學位後在相應專業從事臨床工作三年以上，經學位授予單位考核，認為其臨床工作能力達到授予臨床醫學博士專業學位要求的水平，可接受其在職申請臨床醫學博士專業學位。申請人可免於提交住院醫師規範化培訓證書，其它需提交的材料，同第四條款（三）中的有關規定。
（二）在職臨床醫師申請臨床醫學碩士專業學位
1、申請人獲得醫學學士學位後，在本學科從事臨床醫療工作至少3年，完成二級學科臨床能力訓練，結束住院醫師規範化培訓第一階段並通過考核；
2、申請人須通過在職人員以研究生畢業同等學力申請碩士學位外國語課程水平全國統一考試，待條件成熟後將逐步增加專業課統一考試；
3、申請人需提供以下材料：
（1）個人簡歷及醫學學士學位證書；
（2）所在單位推薦意見（包括政治思想表現、醫德醫風、臨床工作能力等）；
（3）住院醫師規範化培訓第一階段考核成績；
（4）在職人員以研究生畢業同等學力申請碩士學位外國語課程水平全國統一考試成績合格證書；
（5）兩位臨床醫學副教授或副主任醫師以上職稱的專家推薦書，其中一位應是學位授予單位的臨床醫學研究生指導教師；
4、申請人應在學位授予單位相應學科、專業，在導師指導下從事不少於六個月的臨床工作，以考核其臨床工作能力，並由指導教師提出是否同意申請學位的意見。
（三）在職臨床醫師申請臨床醫學博士專業學位
1、申請人應已獲得臨床醫學碩士專業學位；
2、申請人已完成第二階段住院醫師規範化培訓；
3、申請人須通過全國醫學博士外語統一考試；
（三）在職臨床醫師申請臨床醫學博士專業學位
1、申請人應已獲得臨床醫學碩士專業學位；
2、申請人已完成第二階段住院醫師規範化培訓；
3、申請人須通過全國醫學博士外語統一考試；
4、申請人需提供以下材料：
（1）個人簡歷及碩士學位證書；
（2）所在單位推薦意見（包括政治思想表現、醫德醫風、臨床工作能力等）；
（3）住院醫師規範化培訓合格證書；
（4）全國醫學博士公共外語成績合格證明；
（5）兩位臨床醫學教授或主任醫師推薦書，其中一位應是學位授予單位的臨床醫學博士研究生指導教師；
5、申請人應在接受單位相應學科、專業，在導師指導下從事不少於六個月的臨床工作，以考核其臨床工作能力，並由指導教師提出是否同意申請學位的意見。
考核與學位授予
申請人必須通過學位課程考試、臨床能力考核和學位論文答辯。由學位授予單位的學位評定委員會審核批准授予專業學位。
1、學位課程考試：考試科目包括專業外語、專業課和基礎理論課，總門數不少於4門。由學位授予單位組織考試。
2、臨床能力考核與學位論文答辯：由學位授予單位按學科、專業組成考核答辯委員會，考核答辯委員會應由5至7位具有臨床醫學副教授或副主任醫師以上職稱的專家組成，其中半數以上應是具有臨床醫學教授或主任醫師職稱的臨床醫學專家（包括臨床醫學博士生導師和外單位專家1-2人）。
臨床能力考核：主要考核申請人是否具有較高的臨床操作技能和獨立處理本學科常見病和某些疑難病症的能力。
學位論文答辯：由考核答辯委員會按學位條例規定程式組織論文答辯。
臨床醫學博士專業學位論文的要求：
（1）論文課題緊密結合臨床實際；
（2）研究結果對臨床工作具有一定的套用價值；
（3）論文表明申請人具有運用所學知識解決臨床實際問題和從事臨床科學研究的能力。
