發表的文章
他畢生從事中國植物分類學研究，1919年他在浙江省天台、雁盪、松陽、龍泉、小九華山、仙霞嶺、遂昌、開化、建德、遂安、西、東天目山一帶採得大量植物標本。1920年，又去江西吉安、贛州、寧都、建昌、廣信及福建武夷山採集。他是繼鍾觀光後的又一位大規模植物標本採集者。他一生髮表植物學論文140餘篇,發現一個新科 6個新屬和一百幾十個新種。1940年他和美國古生物學家R.W.錢耐共同發表“中國山東中新世植物群”。1946年底收到鄭萬鈞寄來的薛紀如從四川萬縣磨刀溪採到的水杉枝、葉、花、果標本，進行研究並確定，它與日本古植物學家三木茂在1941年發表的兩種植物化石同為一屬植物。1948年 4月與鄭萬鈞共同發表給以新的種名( Metasequoia glyptostroboides Hu et Cheng)。這一發現使世界植物學界為之震驚。
編寫的書籍
1927～1937年，他與陳煥鏞合編《中國植物圖譜》5卷，包括250種中國特有植物的描述。1930～1934年與秦仁昌合編《中國蕨類植物圖譜》2卷，描繪中國重要蕨類100種。1948年編《中國森林樹木圖志》，記述了中國產的樺木科與榛樹科植物85種。1950年，他發表了“被子植物分類的一個多元系統和親緣關係系統圖”，同時在植物地理、植物區系、古植物和經濟植物學方面提出許多新的見解。1954年他出版了《植物分類學簡編》,該書內容翔實,在植物分類原理一章中，駁斥了蘇聯李森科關於物種的見解。1915年在美國與秉志等共同發起成立了中國科學社，並刊行《科學》雜誌。1930年被第五屆國際植物學會會議選為國際植物命名法規委員會的委員。1933年,他發起成立中國植物學會。1934年在廬山植物園召開的中國植物學會第一屆年會上當選為第二任會長和《中國植物學雜誌》的第一任總編輯。他是中國植物分類研究工作的開拓者之一 。
