創建與重建
馬斯特里赫特的居民在聖瑟法斯墓上建造了一個小型的木製教堂。到550年，主教Monulfus和Gondulfus將這個簡陋的小教堂改為石頭教堂。這教堂被自豪地稱為'Magnum Templum'（拉丁文：大神殿）。
新教堂建成於750年左右。這教堂有一些偉大的贊助者，如查理·馬特和查理曼。在732年，在紀念聖瑟法斯去世時，查理·馬特擊敗了納博訥附近的摩爾人。馬特將他的勝利歸功於聖瑟法斯並建立該教堂以表感激。據信維京人在881年摧毀這個教堂。
公元1000年前後，Dean Geldulfus將教堂重建為一個合規矩的朝聖者的教堂，附帶聖瑟法斯墓周圍的地道。1039年，皇帝亨利三世在位期間（1039年－1056年），十二位主教為這座新的教堂舉行了落成典禮。
這個教堂僅僅獲得了極短的壽命。Geldulfus的繼任者，Dean Humbertus建了一個新的教堂，看起來更像是個羅馬長方形會堂。
詠禱司鐸班
荷蘭馬斯特里赫特 聖瑟法斯聖殿的宗座華蓋
從約750到1798年，聖瑟法斯教堂是一個擁有大量神職人員的教堂。在聖瑟法斯墓上面重複神聖的禮拜儀式是他們的責任。他們還照顧朝聖者的需要。為了以最好的方式完成自己的任務，這些神職人員組成了一個小區。雖然最初他們實際上過著一種小區生活，他們還是在1232年前後搬進了圍繞教堂的單獨的房子。從歷史上的這一刻起，這些神職人員稱自己是Canons（詠禱司鐸）。同時，他們組成了一個Chapter（詠禱司鐸班）。
Chapter是一個教會的、政治的、經濟的和文化的力量的中心。這是一個自由領域。這意味著它是直轄於皇帝的權力之下，並在馬斯特里赫特城中形成了一個小型的獨立國家。
Chapter中的一個重要的顯位就是總鐸（Dean）。總鐸代表了Chapter外面的世界。他支配著教堂、修道院、公共街道和廣場的秩序。其他詠禱司鐸每個都有自己的任務： 'Scholaster'負責教育和監督Chapter的學校;'Cantor'負責教堂音樂和舉辦彌撒合唱；'Camerarius'和首席財務負責財務管理和建築物；'Custos'看護財物庫。除了神職人員，大約250名俗人為chapter服務。
除了為Canons和朝聖者舉行的彌撒外，堂區會議也在西樓舉行。一段時間後，有人認為堂區彌撒和chapter彌撒不能再在同一幢建築物里舉行。為朝聖者舉行的彌撒數目以及不斷增加的教區活動的數目給建立一個獨立的教區教堂提供了理由。
教區教堂在約1200年時建立於聖瑟法斯教堂的自有街道中-它自己的管轄範圍之內。這就是為什麼教區教堂如此接近Chapter教堂。該教堂是專門獻給聖若翰洗者，一位在中世紀十分流行的聖者，非常適合擔任教區教堂的主保，在那裡洗禮將是最重要的事件之一。此外，聖瑟法斯自己是聖若翰洗者的遠房親戚。聖若翰教堂作為教區教堂一直用到1633年。當馬斯特里赫特落入三級會議(Estates General)手中後，教堂被新教會眾占有。
法國大革命後法國軍隊於1798年的占領標誌著Chapter的結束。神父和神職人員遭到迫害、逮捕和驅逐出境。這尤其影響了那些拒絕宣誓效忠法蘭西共和國的人，宣誓中包括宣誓聲明永久仇恨君主立憲制。在法國占領期間，聖瑟法斯教堂被用於軍事目的。在此之後，教堂逐漸恢復它以前的輝煌，直到它可以說恢復了其作為一個教區教堂和馬斯特里赫特城的主要教堂的功能。
教堂的修復
教堂在19世紀和20世紀被修復。最後一次全面修復正式開始於1981年6月27日，完成於1993年中旬。修復由聖瑟法斯教堂修復基金會籌劃和推進。為表彰其貢獻，該基金會被授予馬斯特里赫特城'Monumentenprijs '（古蹟獎）。
修復花費了5000萬荷蘭盾（約€23,000,000），其中700.0萬荷蘭盾（約€3,200,000)必須由該基金會本身提供。其餘的款項由國家、林堡省、馬斯特里赫特市以及其他官方機構補貼。許多個人也做出了貢獻。在每年舉行的'Preuvenemint'(馬斯特里赫特美食節)中，一大筆錢被攢起來。現在工作可以開始做了。對於馬斯特里赫特來說，一個寶貴的古蹟已被拯救——從宗教，文化，歷史和情感的角度看。教堂再次處於它全部的最初的禮拜儀式的輝煌 和榮耀之中。
教宗來訪
在1985年5月14日，聖瑟法斯日的一天之後，教宗若望·保祿二世訪問了聖瑟法斯教堂。訪問期間，教宗宣布已經將該教堂升級為宗座聖殿（Basilica）。
王子伉儷造訪
最近聖瑟法斯教堂歷史上的大事是威廉-亞歷山大·克勞斯·喬治·費迪南德王子和他的未婚妻馬克西瑪·索雷吉耶塔（Máxima Zorreguieta）小姐的造訪。 2001年10月，他們參觀了教堂以作為Máxima的荷蘭體驗之旅的一部分 。
